14人の仮面ライダーと「クライシス帝国」、「フォッグ」の同盟の戦いも彼らが滅ぼされた事で終結できた。
――だが、それも次の新たな戦いの始まりだった。その前兆として一旦一息入れる14人の仮面ライダーに突如その者が姿を現した。彼はディケイド――「世界の破壊者」である。
彼によれば実は仮面ライダー達がいる世界とは別に様々な世界が並行して存在しているという。それぞれ分岐して独立している故にバランスを保っている筈の平行世界だが――
――ある者の出現により数多くの世界を巻き込む大戦争が勃発してしまった。
全ての世界を支配するという烈しき野望を抱くその者に感化されてある世界を征服する、破壊しようとする者達の出現により激化してきた事で今時点で存在している全ての世界が1つに融合しようと動くようになった。
だが、それは正確には融合できる訳でもない。にも関わらずに融合しようとするとかえって崩壊する結末になってしまうというのだ。
ディケイドはそれを防ぐ為に様々な世界を破壊し回っているらしい。そして、そんな彼が仮面ライダー達がいる世界に姿を現したのは神として恐れられる程の強大な力を持った「JUDO」との戦いの余波と異次元世界である怪魔界からの接続の影響でその世界の吸引力が強まり、多くの世界を招いているからだという。
このままいけば――さらに多くの世界が崩壊してしまうのだろう。だからこそ、彼はこの世界を破壊する為にやってきたのだという。
――その事情は理解できる、だからって自身達の世界を破壊させる訳にはいかないとディケイドを止めようとする14人の仮面ライダーだが……「世界の破壊者」といわれるだけはあって、それに恥じない程の異様な強さを持つ彼には敵わなかった。
ディケイドからの強大な力を身に受けた仮面ライダー達はその余波でそれぞれ――様々な世界に飛ばされていった。
――そして、実はそこにも「仮面ライダー」が存在していた。
飛ばされた仮面ライダー1号――本郷猛が目にしたのはまるで炎を象徴するかのような赤い戦士――「仮面ライダークウガ」が怪人と戦っている光景だった……
仮面ライダークウガもまた自身達と同じ心を持って戦っているのを感じ取れた猛も奮闘している彼に力を貸そうと「仮面ライダー1号」に変身し、その戦いに参戦していった。
一方でそんな彼のように仮面ライダー達もそれぞれ飛ばされた世界で戦っている仮面ライダーに助太刀していた……
――そして、それこそがディケイドの思惑であった……
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本郷猛、五代雄介――「仮面ライダー1号」、「仮面ライダークウガ」と怪人の戦いが終盤にかかろうとするところに突如謎の少年が姿を現した。その名は――常磐ソウゴという。
記憶喪失の少年だが――そんな彼を怪人が容赦なく襲い掛かろうとする途端にその姿が変えられた。そう、ソウゴも変身したのだ。それこそが――「仮面ライダージオウ」であった。
だが、その姿を目にした怪人達は妙な事に恐怖に慄いた。
とりあえず怪人達を倒した事で戦いを終えた1号とクウガとジオウ――猛と雄介とソウゴだが、その途端に3人揃って違う世界に飛ばされてしまう。
そこでやはりというか――怪人と戦っている新たな仮面ライダーとも遭遇する。
――そして、様々な世界で戦っている仮面ライダー達も同じように戦いを終えた途端に違う世界に飛ばされ、そこでの新たな仮面ライダーと出会う。
そのまま――平行世界の間で繰り広げられる大戦争に巻き込まれていく……
そこには仮面ライダー達を平行世界に飛ばした張本人のディケイドの姿もあった。
そして――全てを支配しようと侵略を繰り出す「魔王にして時の王者」オーマジオウも君臨していた……