メインキャラクター設定
ハーロック
（宇宙海賊キャプテンハーロック、わが青春のアルカディア、銀河鉄道999より）
【プロフィール】
本名：ファントム・D・ハーロック
異名：キャプテン・ハーロック、海軍最大の汚点
肩書き：元海軍本部中将、ハーロック海賊団船長
所属：アルカディア号
懸賞金：３億ベリー（海軍脱退後）
誕生日：11月30日（本作の設定）
星座：射手座
年齢：25歳（海軍脱退時の年齢）
身長：200cm （本作の設定）
出身地：偉大なる航路
戦ってみたい相手：エドワード・ニューゲート、シャーロット・リンリン、カイドウ、シキ、ゴール・D・ロジャー、モンキー・D・ガープ、センゴク、ゼファー、つる、クザン、ボルサリーノ、サカズキ、ジュラキュール・ミホーク
覇気：武装色、見聞色、覇王色
武術：六式
武器：レーザーサーベル、戦士の銃
家族に例えると：長男
本作の主人公。元海軍本部中将でハーロック海賊団の船長。15歳で海軍に入隊すると一兵卒から実力で階級を上げていき、下士官の頃に六式と覇気を習得。20歳の若さで中将の階級となり、当時は『海軍の超新星』と言われるほどの実力だった。そんな中、パンクハザードを訪れた際に無二の親友となるトチローや彼の恋人であるエメラルダスと出会い、意気投合する。その後も中将としてロジャーや白ひげを筆頭とした伝説級の大物海賊を相手に活躍するも同時に天竜人の護衛任務にも就くようになり、世界政府の闇の部分を知っていく。また、南の海にあるとある国の女王と出会い相思相愛の中となっていく。
そして、24歳の時に南の国にある二つの国へのバスターコールに招集されるもその標的の一つが奇しくも自身が愛した女王の国になってしまう。当初は上司であるセンゴクにバスターコールを反対するも強引に押し切られてしまい、遂には女王が納める国を守るべく、その国とは兄弟国と呼べる帝国と海軍の艦隊との戦争となる。自身は最後まで諦めずに女王との交渉を進めていた。またその時に自身の右目を自ら潰すことでその国とは兄弟国とも呼べるその国の総統から唯一信頼できる世界政府の人間として認められる。
最終的には女王が世界政府に降伏を宣言するが実際には島ごと自分ごと自爆させることでハーロックは愛した女性を失ってしまう。しかし，自爆前にその国の科学力の一部を密かに彼女から渡されていた。
世界地図から抹消されたその国への世界政府の仕打ちに遂に世界政府や世界政府に逆らえない海軍の正義の現実に失望。海軍からの脱退を決意すると親友であるトチローにこの話を打ち明ける。奇しくも考えが同じだったトチローから世界政府と戦う自分達の理想の船『アルカディア号』の建造中と聞き、アルカディア号が完成したら世界政府及び海軍を脱退し、海賊になることを共に誓う。
しかし、25歳の時にアルカディア号が完成する直前にトチローの恋人であるエメラルダスが天竜人への障害事件を起こしたことで彼女への逮捕命令が下ったことでやむも得ず、まだ未完成のアルカディア号を発進させるーーー。
トチロー
（宇宙海賊キャプテンハーロック、わが青春のアルカディア、銀河鉄道999より）
【プロフィール】
本名：大山トチロー
異名：ベカパンクの右腕、ハーロックの相棒、メガネの怪人
肩書き：元海軍特殊科学班（SSG）副班長、ハーロック海賊団技師長
所属：アルカディア号
懸賞金：2億ベリー
誕生日：10月31日
星座：さそり座
身長： 160cm （本作の設定）
年齢：23歳（SSG脱退時）
出身地：偉大なる航路『未来国バルモニア』
覇気：武装色、見聞色
家族に例えると：次男
ハーロック海賊団の技師長を務める男でハーロックの無二の親友。両親は違法出国したワノ国出身。幼い頃から発明好きでベカバンクが去った後のバルモニアにある彼の研究所で兵器の研究をしていた。15歳の時にバルモニアに里帰りしたベカパンクに出会い、その発明の腕を見込まれる。その後はベガパンクの助手として雇われる形で海軍特殊科学班（SSG）へ所属する。
SSG内ではベカパンクと共にパンクハザードで兵器の研究に携わり、主に船の設計や兵器開発で『ベガパンクの右腕』と呼ばれるほどにその腕を振るった。また、20歳の時に無二の親友となる海兵時代のハーロックや自由貿易商時代のエメラルダスと出会い、意気投合していく。中でもエメラルダスとは彼女の為にエメラルダスの専用の船『クイーン・エメラルダス号』を設計してプレゼントするほどの相思相愛の中になる。また、海軍のおつるからは実の息子のように可愛がれていた。しかし、人身売買の黙認や傍若無人の限りを尽くす天竜人の存在などの世界政府の闇を知り、自分の上司である世界政府の正義に疑問を抱くようになる。
そんな中、22歳の時にハーロックが参加したとある国でのバスターコールの惨劇を知ると世界政府や海軍の正義に失望。ハーロックから離反の話があった際には直ちに同調し、彼と共に世界政府からの謀反を決意。同時に世界政府と戦う為の自分達の理想の船である『アルカディア号』の建造をパンクハザード内にて開始する。またアルカディア号にはハーロックが参加したバスターコールで滅びた国から密かに彼に渡されたある技術を導入しようとしていた。
しかし、23歳の時にアルカディア号の完成まであと一歩という段階で恋人のエメラルダスが天竜人への障害事件を起こしたことで海軍にエメラルダスの逮捕命令が下ったことをハーロックから知るとまだ未完成であるアルカディア号でハーロックと共に旗揚げを決意するーーー。
エメラルダス
（クイーン・エメラルダス、わが青春のアルカディア、銀河鉄道999より）
【プロフィール】
本名：ラー・アンロドメダ・D・エメラルダス
異名：クイーン・エメラルダス、大海原を彷徨う無法の女
肩書き：ラーメタル王国元王女、自由貿易商、エメラルダス海賊団船長
所属船：クイーン・エメラルダス号
懸賞金：2億ベリー（初頭手配時）
誕生日：2月17日
星座：水瓶座
身長： 185cm（本作の設定）
年齢：25歳（初頭手配時）
出身地：北の海『ラーメタル王国』
戦ってみたい相手：ボア・ハンコック、シャーロット・リンリン
覇気：武装色、見聞色、覇王色
武術：六式
武器：レーザーサーベル、戦士の銃
家族に例えると：長女
エメラルダス海賊団の船長。彼女の姿を見た者は死ぬと噂から多くの人々に恐れらている。後述の過去のこともあり、ハーロックやトチロー以外の世界政府や海軍出身の人間は信用していない。
北の海にて「長寿の国」と呼ばれる世界政府非加盟国「ラーメタル王国」の双子の王女として誕生するが15歳の頃に神の騎士団が王国に襲来し、ラーメタル王国は滅亡。両親は暗殺され、エメラルダス自身も双子の妹と生き別れとなり、国外へ逃亡。素性を隠していくこととなる。
その後は生き別れた妹を探すことと生活費を稼ぐためにどの組織にも属さない賞金稼ぎ兼自由貿易商として活動していたが、嵐で船が大破した状態でパンクハザードへ辿り着く。そこで海軍特殊科学班（SSG）に所属していたトチローや海兵時代のハーロックと出会い、意気投合する。特にトチローとは深い愛情で結ばれ、彼から自身専用の船『クイーン・エメラルダス号』を設計してもらうほどである。
25歳の時にクイーン・エメラルダス号で航海の途上、天竜人に攫われる民衆を救おうと障害事件を起こすーー。