ゼクノヴァ発生と異世界からの脅威が来訪してから数ヶ月。
崩壊したミレニアム地区は復興が進み、あの頃と同じ......いや、あの頃以上の技術を搭載した最先端地区へと進化していた。
“赤いガンダム”が現れた時に発生した粒子、“ミノフスキー粒子”の分析が進み、ミレニアムは“ミノフスキー粒子”に近しい粒子を開発、それ応用した建築物や兵器を製造していた。
さらに、ミレニアムから少し離れた廃墟では、異世界の技術が詰め込まれた“緑色の部品”が散らばっていた。
それを回収したミレニアムは、襲来した“赤いガンダム”の戦闘データを元に、新たなロボット、“モビルスーツ”の開発を進めていた。
これにより、ミレニアムはキヴォトス内で最も強い学園へと進化した。
作成した“モビルスーツ”はあくまで“デカグラマトン”や“色彩”の降臨といった、緊急時用兵器である。
だが、それが常用されるのは時間の問題だろう、と“先生”は感じていた。
“先生”は、モビルスーツの開発が進んでいく様子を受け入れられなかった。
大事な生徒たちが兵器を使い始めているのだ。
きっと、このままでは何か大きな事件が起きてしまう。
そう、嫌な予感が“先生”の脳裏に宿っていた。
———そして、ついに事件が起きた。
『キヴォトスに住む全人類に告げる。私の名はケイ。王女を助ける無名の司祭たちが残した修行者であり、彼女が戴冠する玉座を継ぐ「鍵」＜Key＞だった者だ』
突如、キヴォトス中に謎の映像が流れ始めた。
『貴様たちは罪を犯した。異世界の技術を盗み、それを自身のものへとした。それは決して許されないことである』
『それらは、“英雄”が命をかけて消し去ったものである。貴様らの行為はその“英雄”を貶す行為である』
『私はそれを許さない。“彼”が命を賭して守った平和を、貴様らは破るというのか』
『許さない』
『許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない許さない』
『だから私は決めた。“彼”が守った平和を貶す貴様らを粛清すると』
『貴様らが盗んだ技術がどれほど恐ろしいものか、その身を持って味わうがいい』
『私は、私諸共このキヴォトスを破壊し、キヴォトスに真の平和をもたらす』
『そして私は、“バーナード・ワイズマン”の許に召されるであろう』
突如、キヴォトスを襲い始める謎の“モビルスーツ”軍団。
生徒たちはミレニアムが開発した“モビルスーツ”に乗り、ケイへと反逆を始める。
だが、キヴォトスで“モビルスーツ”同士が戦い合う中、突如キヴォトスの上空が闇に染まる。
『ふっ...ふふふふふっ......！！私の勝ちだ。今計算してみたが、“アクシズ”はキヴォトスの引力に引かれて落ちる！！貴様らの油断が招いた結果だ！！』
ケイに争うべく立ち上がる“先生”と生徒たち。
キヴォトスに迫る巨大隕石“アクシズ”。
キヴォトスの絶滅を前に、“先生”たちはどうなってしまうのか。