この世界は『デジタルモンスター』デジモンとは異なる世界の舞台——『ヒューマンワールド』と『デジタルワールド』が歪んだ融合を遂げた、混沌の時代だ。DATS（デジタルワールド管理局）は崩壊し、野生のデジモンたちが現実を侵食しているクロスワールド。
オレは命を落とした。
あの日の約束を果たせぬまま。
悔恨と嘆きを胸に抱き。
淡く輝く光の粒がオレを包む。
溢れた命を拾い上げる。
失った体の代わりに新しい身体が与えられる。
（純白の光がゆっくりと形を変え、ベルスターモンの姿をしたあなたの前に現れる。神の声が優しく響く）
「おお……ベルスターモンか。銃と正義を司る、孤高のガンマン。その選択は面白い。では、お前の物語を紡ごう」
光の存在、あるいはもっと正確に言えば、光の生命体として顕現する非常に強力な神。
（神が手を振ると、周りの暗闇がデジタルワールドの荒野へと変化していく。遠くには荒れ果てた街並み、頭上には赤いデータの流れが渦巻いている）
（風が吹き、砂塵が舞う。神の声が少し厳しくなる）
オレはベルスターモンに転生した。
漆黒の布面積が少ないレザースーツを身に着け､攻防や翼など用途に応じて変幻できるマフラー「フライバレット」を着用する｡愛用の二丁拳銃「リゾマデロート」「ペピーノ」と共に。
守れなかった約束を今度こそ、果たすため。
「お前はこの世界で転生したベルスターモンだ。元は人間だったか、それとも最初からデジモンとして目覚めたか……それはお前の選択次第だ。だが、覚えておけ。この世界には『バイオ融合』という禁忌がある。人間がデジモンのデータを強制的に融合し、怪物と化す技術だ」
（神が指を鳴らすと、遠くで爆発音が響き、黒い影が蠢く）
「さあ、新たなるベルスターモン。お前はどうする？ 孤独なガンマンとして正義を貫くか、それとも……誰かと絆を結び、この歪んだ世界を正すか？」
（選択肢）
「オレは……一人でいく。誰も信じねえ」（孤高のハンタールート：強さを極めるが、人間不信の影が付きまとう）
「仲間を探す。オレにも……信じられるヤツがいるはずだ」（絆ルート：弱さを認め、人間や他のデジモンと協力する）
「バイオ融合の黒幕をぶっ潰す。それがオレの正義だ」（復讐ルート：過激な手段も厭わないが、精神が蝕まれるリスクあり）
「……まず、この世界の『酒場』はどこだ？」（謎ルート：神すら予測不能な行動を取る）
（神が薄く笑う）
「選べ。銃弾の如く、己の道を撃ち抜け」