たとえば原始時代の村人はゲートが存在する不思議山にて赤ん坊（キーノ）を拾ったと述べ、その言い回しから時代を越えてやってきた可能性を示唆するものの、作中それ以上語られることはない。
他にも、ラヴォスによってゲートが生まれたという説を作中語られたりするものの、ラヴォスが飛来する以前から既にゲートが存在することを掘り下げられていない。（過去にラヴォスが飛来した可能性が掘り下げられていない）
続編クロノクロスのドリストーンの設定がラヴォスの欠片となっていて、ドリストーンはラヴォス飛来以前から原始時代で拾えるというだけに、ラヴォスについて掘り下げられる余地がある。アザーラに未来予知能力がなかったとしても、ラヴォスにより破滅することを事前に知っているだけに、ラヴォスが過去にいた裏付けになっている。歴史的な言い伝え等があったはず。
恐竜時代なのにアザーラは鉄のような鎧やマントを装備する。そして行き来に不便だろう高台に城を所有している。恐らくテレポートを活用し、建設資材を運搬して城は建設された。未来予知の力をつかえば未来から科学の情報を引き出し、布や鉄の防具を作れることもさほど不自然ではないが、その未来視の凄さを作中語られることは全くない。
理の賢者のセリフ「生命の神秘、ヌウにはじまりヌウに終わる」
このセリフを深く掘り下げるのなら、DNA等の解析が古代人の時点で成立していたことになる。
考察サイトでは古代より前には魔族なキャラが登場しないことや、魔族の集落等が古代にないことから、ジールによって遺伝子操作で生み出されたとされる。古代のストーリーは掘り下げがいがあるのに全く魔族の歴史に触れられない。
作中ロボがラヴォスを遺伝子収集生物とのレッテルを貼るけれど、それをロボが知る為には全ての生物の遺伝子を採取して照合しないと真実がわからないだろう。
原始時代よりずっと以前から生きていたラヴォスが、ウイルス等を持っていて多くの生物に伝染していった場合、多くの生物に遺伝的にラヴォスとの共通点があってもおかしくない。遺伝子収集する化け物のレッテルを張るのは高性能AIを持つ者らしくなく、なんらかの意図的なミスリードがあるかもしれない。
作中、その正体がマザーブレインが送り込んだスパイと判明するが、その動機については一切語られることなく、またマザーブレインは何の為に人間をシュレッダーにかけているのかも謎にしたまま死んでしまう。
数えるとキリがない伏線のような設定がちりばめられて回収されることがないクロノトリガー
当時のプレイしてた小学生は子供だったから深くは考えもしなかったろうが、クロノトリガーは途方もない未回収の伏線だらけだった。
未来のアリスドームではルッカがコンピュータを操りゲートのありか（プロメテドーム）の存在に気付くが、ゲートについては未来人も研究していたということで、しかもそのゲートある部屋には電子ロックがかかり、そこを守るようにロボが鎮座している。マザーブレインが人世界に送り込んだスパイであるロボは一何の為にスパイをさせられていたのか。ロボがルッカに修理されて機能を復帰するが経年劣化から記憶が消えていて思い出せない事多々あるが、それは真実なのか。高性能なAIを搭載したスパイであれば記憶喪失の演技は簡単だろう。仮に演技でないとしたらロボは過去何をさせられていたのか。殺しもさせられていたか。 ルッカは人を襲わないように修理（プログラミング）したかのような事を言い、コンピューター自体を初めてみるのに簡単に操る。未来へ来たのは本当にこれが初めてなのだろうか。そうでないなら未来のスパロボを修理できる説得力ある物語とは？
例えば未来のロボシステムは全てのゴンザレスなAIシステムから派生したのでルッカでも対応できた。もしそうならルッカの技術が未来でもベースとなり、ロボとそっくりなのが製造されているかもしれない。ラヴォスとの戦いのまえ念のためとロボのバックアップデータを取っていたのを最果て世界に置いていたが、それら未来が変化しても消えてなかった。最果だからイレギュラーなのかもしれない。新品ロボデータをぶっこんで再開したりする展開等
◎
コンピューターからの映像でラヴォスに破壊される世界のシーンが見れるが、それが記録されたデータはラヴォスをピンポイントで撮影し、記録している。このようなことができるのは衛星からの撮影データであるだろう。その映像は途中で途切れるとはいえ、プロメテドームの位置を教えてくれる際の映像はラヴォス日以降の荒廃して数百年たった映像であるので、衛星が荒廃した未来にて未だに飛んで運用されているということ。誰がそのシステムを管理してるのか、衛星を使えばクロノ達の行方は随時監視できる。監視されているとしたらいつからだろう。
ロボをクロノらの仲間にさせれば、時を越えながらもスパイとしてクロノ達のデータを収集できるが、もしそうから何を目的としたデータ収集なのか。
◎
黒の夢に最上階でのジールとの戦闘はよくみると雲の上であり、地平線どころか巨大な月さえも見える。空気は薄いし、氷点下は数十度だ。どうやって戦うのか？
年号表記のA.DやB.Cはキリスト誕生年を軸とする。
月とキリストから、クロノトリガーは我々地球を舞台とするパラレルワールドであることが想定されるが、ならばどうして世界線が分岐することになったのか。
我々の地球とは異なり言語が統一され、ワールドマップの構造も異なり、ボーションやエーテルような直ぐに回復できる奇跡なアイテムが遥か原始時代から普及していること。
そこに至るまでの理由があるはずだ。例えばボーションやエーテルは遥か未来の技術であったのだが、何かをきっかけにその技術が原始時代へと持ち込まれて店で売買されている。
化石についてもそう。
リアル世界での恐竜絶滅期の地層で恐竜人や人間の化石がないとしても、恐竜人や人間が居なかった断定はできない。当時の人は化石になる素材のカルシウムリンを身体に留めない体質。いわゆる骨や歯がない！気力のようなもので身体を支えて骨格の代わりとしていた。だがラヴォスによって世界から気力が奪われ身体を支えられなくなりやむ無く骨を生み出だす羽目になった。6000万年かけて骨が発達した為に人類化石が発見が700万年前で止まってる。それより以前化石は骨が細いかスカスカの問題で化石として残りにくいのだ。
あるいは人の細胞は一つごとのミトコンドリアには1ボルトを貯める電池のような器官があるらしい。細胞60兆もある人間は60兆ボルトのエネルギーを持っているから骨細胞がなくても、似た機能を60兆ボルトからのエネルギーに代替すれば人として機能し、化石な残らない人間がいても不自然ではない！
クロノトリガーにおいては魔法を得る進化で氷河期を乗り切るが魔法の才能もなく食糧も調達できない環境がリアルに訪れたとしたら身体としては臓器を優先に守る為に筋肉や骨から退化していくだろう。それが骨が必要無し方向へと進化するキッカケになったら、このケースでも化石が残らない人種のできあがりである。
恐竜が絶滅するほどの隕石飛来時は、大量の地面が蒸発し、微粒子が巻き上げられ万年日光が届かないという。
それはリアルでは紀元前6600万年に起こったが、この時、もしも日光を殆んど必要とせず、骨もほとんど必要としない特殊な生物（骨無し人間や恐竜人等）が既にいたとして、そこから100万年経つ頃がラヴォスが飛来してくるタイミングになる
クロノトリガーの原始時代には恐竜人が多く登場していても恐竜はほとんど登場しない。ラヴォス衝突よりも100万年前にて私達の地球と同じタイミングで巨大隕石で衝突して絶滅したと解釈するのが妥当でありながら、しかしプテラやティラノは数は少ないものの恐竜人や人間の領域で存在する。彼らが100万年間恐竜の保護をし続け、恐竜の絶滅を阻止していたというリアリティある設定があるはずが、その一端でさえ物語では紹介されない。クロノファンでさえ知らない人が多いと思う。
巧妙に隠れ過ぎている設定に関して、それが後付け設定だとしてもリアル世界との調和がとれてる。
作者はこれを意図的に作ったのか単なる偶然なのか。意図的だとしたら、どうしてそこまで調和を隠さなければいけないのか、表にだせなかったのか、
元々クロノトリガーは魔王を倒すまでが本筋のシナリオだった。魔王城に突撃したらそれでエンディングであり、魔王がラヴォスを異世界から召喚するのを阻止するストーリーで終了するはずだった。なぜか横やりが入り、ラヴォスが天からふってきた設定が加わった。理由はボリュームが少ない等の単純ものだが、本当にそうなのか？ 宇宙人の介入とかありえませんかね？
クロノトリガーの世界観はリアルな地球の設定をベースにしてもリアリティありきに解釈できるような創造の幅がある。フィクションだが、リアリティを持たせる演出が可能であり、二次創作クロノはその潜在力が爆発的に強い作品だと思う。
そういったことを、あれここら考えながらクロノ世界に向き合うと、クロノへの楽しみが増えるかもしれない。この物語もそういった楽しみ方を推奨します。
「ラヴォスにテレパシーで干渉してはいけない。繋げれば私も思考を破壊され論理的でなくなるだろう。」
この問題について深く説明するには私の未来視の力も説明しなければならない。私の未来視は未来の誰かの意識へ接続することでその者の得ている視覚や嗅覚、記憶、思考等の感覚を受信できる力。つまり未来の私へと接続すれば未来の私が知っている事を知れる。
未来の私は壊れていた。思考は穏やかでなく支離滅裂でありラヴォスの飛来からも逃げず民もろともを巻き込んで心中すらしていた。テレポートもテレパシーも使えるのに死ぬ事を選んでいる。
なぜ未来の私は上手にラヴォスに抗えなかったのか。調べていくと赤く輝く星を見つけた前後に原因がありそうだった。
未来の私も今の私も星を探索するのが好きだった。夜空を見上げて星を見つけたとき、その方角に向けて接続するとその星に生きている人々の生活や文化を楽しめる事がある。それは私の趣味であるが、未来の私は赤く輝く星（ラヴォス）へと繋げてから急激に思考が壊れていったのだろう。そう思い、私はラヴォスへの接続を諦めた。その決断以降からだろう。私が壊れる未来は見えなくなった。
◎猿人の未来は興味深い。
遥か未来には時を飛べる技術（タイムトラベル）があるのだが、猿人は過去の世界に未来の技術を持ち込み、文明の進歩速度を加速するような事をする。
そのやり方は極端で例えばラヴォスが生み出した赤い石が資源になるらしく、それを採掘する為に機械が地殻に大きな穴を空けたりするのだが、海や大地の形を大きく変化させている｡ そのせいで歴史が変わり、元々あった国が消えたり、あるいは新たに増えたりもした。
例えば栄華を誇っていたアメリカという国や、あるいは100以上の様々な言語があったはずの国々がそもそも生まれない状態になったりする。最終的には全ての言語も国も一つに統合されたような世界（ガルディア）が作られた。
猿人が作り出す歴史の変化を観ているととても興味深くある。
◎私の能力「テレパシー」について
テレパシーは言語の壁を変えてコミュニケーションができる技であるが、未来人にそういった力を扱える者が全くいないのが不思議であった。私の時代でもテレパシー力には種族によって差があったとはいえ、全ての種族が少なからずの受信能力は備えていた。あの猿人種であってもテレパシーは受信できた。
なぜなのだろう。
テレパシーがあるからこそ、多くの種族を束ねることに成功する。国を大きくできる者にはテレパシーが扱えることが必須条件になるはずだが、未来にて大きな国を持つ者達に、その力がなかった。未来人は能力（テレパシー）が退化しているのだろうか…