PC
・ジョン・カーターの秘密：
実はプライズに関してはもう少し詳細な説明を受けている。
『正倉院に収められているのは、地球外生命体が乗船し不時着したといわれている宇宙船である可能性が高い。より早く宇宙開発の力を合衆国が得るために、なんとしてでも我らの手元にそれがほしいのだ』
貴方の本当の使命は【地球外生命体が搭乗したとされる宇宙船を奪取し、合衆国へ輸送する】ことだ。
またあなたはプライズ【輸送機】を所持しており、ED時にどのような状態であっても日本からは問題なく出国できる。
・ジョン・カーターの変更後の秘密：
ジョン・カーターはカグヤの話を聞きカグヤの願いをかなえたいと願った。
元より自分の祖国が行った空襲や原爆投下で傷ついた彼女を、どうしてこれ以上傷つけられようか。
パールハーバーは満州事変など、日本も相応の所業を行ったがそれとこのカグヤの願いは無関係だ。
なら自分も祖国がカグヤを傷つけた罪滅ぼしとして、カグヤの願いをかなえるべきだろう。
ジョン・カーターの本当の使命は【カグヤを正倉院から奪取し、2030年に友人に会える状態にする】ことに変更される。
・簪の秘密：
実は簪の実家は『酒寄家』という名を消された忍界の元名家である。
だが太平洋戦争の折「明らかに日本軍は暴走しており、倒すべきは合衆国ではなく日本軍である」と声高に唱えてしまったため非国民の烙印を押され、家ごと忍界につぶされた。
ほかの一族は記憶処理を受けたうえで忍者としての力を封じられ離散。
簪は事情を知る者の見せしめとして、罪人の呪印をうなじに刻まれており、厳島 朱鷺の指令を受けてジョン・カーターの動向をスパイしている。
だが内心ははらわたが煮えくり返っており、何とかして呪印を解除し日本から逃げ出そうと画策している。
貴方の本当の使命は【呪印を解除し、ED時にジョン・カーターに頼んで日本から逃げ出す】ことだ。
また呪印がある間、あなたが獲得した秘密は厳島 朱鷺へと自動的に共有される。
このことはこの秘密が公開されるまで、他人物には通知されない。
・簪の変更後の秘密：
PC2は不死によって呪印を解呪され自由の身になった。
ならばあとは恩を返すだけである。
貴方の使命は【PC1の使命達成に協力し正倉院からプライズを出すこと。そして、日本から逃げること】に変更される。
・厳島 朱鷺の秘密：
ジョン・カーターに接触した謎の生命体――不死の正体をあなたは知っている。
毛の生えたウミウシーー不死の正体は正倉院内部に眠る地球外生命体宇宙船『筍』の内部に眠る姫『カグヤ』の眷族であり、七千九百余年より以前から、日本を見守ってきた不死の生命体である。
幼少のころ忍の才能がないと陰口をたたかれ泣いていたあなたを慰め、導いてくれた存在でもありずっとそばにいてほしいと願っていた存在でもあった。
その存在がなぜかCIAとともに行動をしている。
何を考えているかなどどうでもいい……彼女を守るのは日本の国是だ。
どんな事情があれ、合衆国になど渡すものか！
PC3の本当の使命は【地球外生命体宇宙船『筍』を死守し、日本から出さない】ことだ。
また今回の任務のためあなたは罪人である簪を使いジョン・カーターの内偵を行っている。
PC2は呪印を所持しており、その呪印がある間簪が獲得した秘密は厳島 朱鷺へと自動的に共有される。
このことは簪の秘密が公開されるまで、他PCには通知されない。
・厳島 朱鷺の変更後の秘密：
カグヤの切なる願いを聞いて、PC3は覚悟を決めた。
彼女がそばからいなくなるのは寂しい。
寂しいが、それが彼女の幸せになるのであれば是非もない。
ずっと一緒にいてほしいという願いはひめ、彼女が会いたいと願った友人のもとにカグヤを送り出すべきだろう。
PC3の使命は【カグヤを正倉院から奪取し、2030年に友人に会える状態にする】ことに変更される。
・山口平次郎の秘密：
不明
NPC
・輸送機のHO
・設定：
戦果取得・受け渡し不可。
CIAが用意した航空輸送機。
ED時これを手にしているPCは日本を出てアメリカへ行くことができる。
また任意のキャラクターを同乗させることができる。
・不死の秘密：
実は不死は地球外生命体『カグヤ』が外界と意思疎通するために派遣した式神である。
現在カグヤは正倉院内部のプライズに封印されており、自由に外に出ることはできないらしい。
また地球外技術を持っているため、地球の術式に別角度からのアプローチが可能であり、呪術の解呪などを得意としているらしい。
不死の本当の使命は【カグヤの願いをかなえる】ことだ。
この秘密を誰かが獲得した時HO「カグヤ」が公開される。
・正倉院内のプライズの秘密：
実は月に住む地球外情報生命体「月人」が作り出した宇宙船兼タイムマシンである。
本来は2030年の日本を目指して宇宙旅行に旅立った。
だが地球に渡航する際事故にあい破損。目標年代2030年からが8000年ほど前にずれてしまい、原始時代の瀬戸内海に不時着した。
月人の肉体を地球環境にあわせて構築する機能も不死を作ったのちに失われており、内部には月人――カグヤが封印されている状態となっている。
この秘密を知ったPCはクライマックス時は正倉院内部での戦いとなり、いくつかの制約を受けることを知る。
・カグヤの秘密：
拡散情報
実はカグヤは一度2030年の日本に渡航した経験がある。
その際で来た友人に再び会いたくて、月人社会でやるべき仕事をすべて終え地球へと旅立ち――七千九百余年前の日本に不時着してしまった。
友人に会う。ただそれだけの願いを胸に七千年の時を様々な友人を作り駆け抜けたが――第二次世界大戦の折、友人とともに過ごした東京が火の海となり、広島長崎で行われた原爆による大量虐殺に絶望した。
もしかしたら友人の先祖はこの戦いで死んだかもしれない……。
そんな絶望が脳裏をよぎる中……それでも、友人をあきらめきれない。
『あの子にまた会いたい』
そう願ったカグヤは、友人に会う一縷の希望をかけ正倉院から飛び出し外に出ることを決意した。
カグヤの本当の使命は【正倉院から外に出て友人に会うための準備を日本で整える】ことだ。
・キャプテンステイツの秘密：
不明
・比良坂ナキメの秘密：
実はナキメと玄老斎はこの事件が起きる一週間ほど前に、カグヤに正倉院から出してほしいと打診されていた。
だが、仮にもカグヤの宿るプライズは国宝の類であり、重要な異界遺産でもある。
出してほしいといわれてはいそうですかというわけにもいかなかった。
正直PC3の気持ちはわかるが、カグヤを外に出せないというのは上層部の決定でもある。
裏切った以上落とし前は必要だろう。
サイクル終了時、ナキメはPC3に社会戦を使用する。
なおクライマックス時、戦闘が苦手な比良坂ナキメは登場せず代わりに玄老斎が落とし前を付けに現れる。
なお、このHOの秘密と居所は玄老斎のものと扱ってもよい。