初期の共和国軍は「重装甲・重火力による圧倒的な防御」から、ゼネバス帝国との戦訓を経て「圧倒的な機動性と高火力による一撃離脱・包囲殲滅」へと大きく近代化されました。
<デストロイヤー兵団>
ガイロス帝国との戦いに決着をつけるため、ヘリック共和国本国から呼び寄せた最強軍団に大統領専用機であるウルトラザウルスを組み入れ編成された部隊。「ウルトラザウルス・ザ・デストロイヤー」を中心に、「デストロイド・ゴジュラス」2機と「ゴジュラス・ジ・オーガ」が護衛役を務め、RZ-029 ストームソーダーが上空から援護、「プテラスレドームスペシャル」が砲撃目標の位置の伝達を担当する[26]。西方大陸戦争において共和国軍に勝利をもたらしたあと、配属されたゾイドはそれぞれ個別の部隊に再配置されている[27]。なお、ウルトラザウルスは後に戦闘空母ウルトラザウルス・ザ・キャリアへ改装された。
<閃光師団（レイフォース）>
ゾlガイロス帝国本土である暗黒大陸（ニクス大陸）進出のため、本隊と遠く離れ高速機動戦を展開するための特殊部隊。レイ・グレック中尉、セレス・アルドワーズ中佐、シシリー・ヴォルタ少尉という3名のレオマスターに加え、ウィナー・キッド少佐、サヤカ・クーイン中尉、ナイト・バイケルン曹長らエース級のパイロットが結集している。RZ-041 ライガーゼロ（およびライガーゼロイエーガー、ライガーゼロシュナイダー、ライガーゼロパンツァーの各形態）をはじめ、RZ-042 コマンドウルフAC、RZ-046 シャドーフォックス、そして移動基地としてホバーカーゴを運用する。高速ゾイドが多数所属している特殊工作師団とは命令系統が別なので独立部隊とも言える。
暗黒大陸での戦いに活躍したが、鉄竜騎兵団との戦闘で壊滅的な損耗を被り、一時的に高速戦闘隊に改編。その後、鉄竜騎兵団指令ヴォルフ・ムーロア大佐を取り逃がした責を問われ、懲罰部隊に降格。キマイラ要塞都市の攻城戦では凱龍輝部隊の到着まで敵軍の矢面に立たされるなど生存率の低い危険な戦いを強いられ、多数の犠牲を出す悲惨な結果となったが、彼らの努力により同要塞の陥落に成功した。
<レイフォースエンジェルス>
閃光師団内の一部隊。主に女性隊員で構成され、通常軍事のほか、機密諜報部隊、遊撃、救護、後方支援を担当するとされる。ファイアーフォックスが配備される予定だったが、その直前にファイアーフォックスはネオゼネバス帝国に奪取されている。「RZ-064 ゴジュラスギガ」を運用する。
<チームシャドー>
閃光師団内の一部隊。遊撃、先行、隠密などの支援を担当するとされる。「シャドーフォックスS」を運用する。
<ブルーパイレーツ>
超小型ゾイドの機動力を生かし、常に小部隊でゼネバス帝国軍の背後を突き、ゲリラ戦や撹乱で帝国軍を悩ませ続けました。戦力：「ショットダイル」や「ガイサック」、「ゲーター」などの「アタックゾイド」を馬のように乗りこなし、山岳地帯や森林戦では無類の強さを誇りました。拠点のドクロ岩：中央山脈の山岳地帯にある「ドクロ岩」という天然の要塞を秘密の根城としていました。
<高速機動戦隊>
ヨハン・エリクソン大佐率いる、シールドライガー、コマンドウルフからなる混成機動部隊。デスザウラーが開発されている帝国軍の研究所を襲撃したが、研究所は爆破され跡地には巨大な足跡が残されているのみであった。
<大統領親衛隊>
ヘリック大統領の警護を任務とする部隊。のちに大統領夫人となったローザ・ラウリ大尉が所属したことで知られている。ZAC2100年の西方大陸戦争でも前線に派遣されたことが記述されている。
<ディバイソン突撃隊>
ゼネバス帝国軍のEPZ-06 デスザウラーに対抗するための編成シミュレーションであり、ディバイソン6機、RHI-8 アロザウラー30機、RMZ-11 ゴドス15機、RHI-6 ベアファイター15機によって編成される。ZAC2046年に共和国軍が中央山脈へと撤退した際は、デスザウラーの前進を阻止している。
<MK-II強襲部隊>
「MK-II」で「マークツー」と読む。コマンドウルフMK-IIタイプ、シールドライガーMK-IIタイプ、ゴジュラス・マークII限定型、ディバイソンMK-IIタイプが配備されている。
タイプMK-II部隊
「RPZ-07 シールドライガー・マークII」商品パッケージに記載。「MK-II」で「マークツー」と読む。ウルトラザウルスを指揮官機とし、ゴジュラス・マークII量産型、シールドライガー・マークII、コマンドウルフNEW、ベアファイターNEWによって編成される。ゴジュラスMkII量産型とウルトラザウルス以外は、白、青、金で統一された機体色が特徴。ZAC2048年9月ごろ、セシリア市から西へ100km離れた共和国研究所へ向かう橋を守備している様子が確認できる。
なお、ゼネバス帝国軍もタイプMK-II部隊を編成してい、双方激突している。
<サラマンダー洋上部隊>
エントランス湾沖に建設された洋上基地を本拠とし、ロイ・ジー・クルーガ中尉が所属するサラマンダーF²の飛行隊。ZAC2054年2月、ギル・ベイダーの登場によって共和国軍はたちまち劣勢に陥り、クルーガの戦友もギル・ベイダーと交戦し大空に散るが、その貴い死と引き換えにクルーガはギル・ベイダーの基地割り出しに成功した。エントランス湾空爆後、基地へ帰還するギル・ベイダーをホワイト大佐率いる基地潜入部隊のキングライガーと共に追撃。だが、ギル・ベイダーの撃破に失敗し、潜入部隊は全滅。クルーガ操縦のサラマンダーF²も基地の外に待機中だったマッドサンダーをかばって被弾。クルーガは墜落寸前に脱出し生還した。
<独立第十一機甲大隊>
ロブ・ハーマン大尉（ZAC2099年当時、ZAC2101年の舞台では中佐）率いる。RZ-001 ゴジュラスが配属され、西方大陸戦争初期の全面会戦において勇敢に戦ったが、戦力差を埋められず各個撃破されてしまった。この部隊に転属していたトミー・パリスがコマンドウルフACによって警護を行っていたが、ライガーゼロイクスの攻撃によって撃破。その後、ロブ・ハーマンが駆るケーニッヒウルフによってゼロイクスは迎撃されている。
<独立第二高速大隊>
エル・ジー・ハルフォード中佐率いる、シールドライガー、コマンドウルフからなる独立部隊。共和国軍エウロペ派遣軍総司令部の命令によりオリンポス山山頂へ向かい制圧、もしくはいかなる犠牲を払ってでも山頂の古代遺跡破壊の任務を帯びる。山頂へ向かう途中、帝国軍の特別警戒部隊に発見されセイバータイガーと交戦、辛くも撃破した。そして山頂で密かに復活の研究をされていたデスザウラーを発見するが、本能による暴走を始めたデスザウラーが自己崩壊し、オリンポス山山頂は炎の中に消えていき、唯一生き残ったトミー・パリス中尉を除いて全滅した