ZOIDS ｰアニメ版ではバトルストーリーとは違ってニューヘリックシティを首都に持つ西方大陸の国家であり、現大統領の名前も「ルイーズ・テレサ・キャムフォード」としてプロイツェンとの関係も特になくなっている。ガイロス帝国（こちらも同アニメでは、西方大陸の国家という設定）とはアニメ開始時点で停戦条約を結んでいる。一方で、ガイロス帝国のギュンター・プロイツェン元帥の口頭から国家として認められない反乱軍として扱われている。物語開始当初はガイロス帝国に対して劣勢のまま膠着状態に陥っおり、レッドリバーの戦いでガイロス帝国側の策謀によって戦端が開いてからいくつかの攻防戦を繰り広げ、帝国摂政にして主戦派筆頭のプロイツェンの強行によってより一層追い詰められつつあったが、バン達の活躍もあってこれらの国難を乗り切る。帝国内でプロイツェン元帥による皇位継承権を巡る謀略が発生した際は、ルドルフ皇太子に味方をするホマレフ宰相によって共和国軍が迎え入れられ、帝国首都ガイガロスにまで進軍。破滅の魔獣デスザウラーと自称皇帝プロイツェンを相手に共和国軍は帝国軍と共同戦線を張り（バン・フライハイトの活躍もあって）撃退に成功した。
作中では二大陣営の一角であるが元々は帝国から独立したような経緯があるらしく、プロイツェンなどの帝国強硬派からは「反乱軍」として対等な相手と見られてない状態だったことが窺える。実際、ガイロス帝国に対し、各方面で大きく差をつけられているようで、戦争で押されがちであるばかりでなく、科学技術力・工業力の点でも「共和国製品」が「帝国製品」より質が悪く信用されていないというのが度々描写されているなど、何かと不利な点が多い。その点で、国力そのものでは最大勢力だったバトルストーリーとは大きく異なっている。
その後、帝国と正式な終戦協定を結び、両国間の問題を解決する超国家機関「ガーディアンフォース」を設立。功績のあったバン・フライハイトたちに対し帝国と共に全面的な支援を行い、帝国軍にも友好の証としてディバイソンやストームソーダーなどのゾイドを提供していた。第一部においては特に都市部には大きな被害を受けることは無かったが、第二部では古代ゾイド人の生き残りであるヒルツのデススティンガーによって次々と拠点を破壊され、さらに首都のニューヘリックシティを放棄する事態にまで追い込まれたため、巨大ゾイドのウルトラザウルスに軍の司令部を移している。