地球人伝来以前のZAC1978年～2028年には既にモルガ、ゲーターといったゾイドの存在が確認される。中央大陸戦争が勃発したZAC1980年には既にレッドホーンの運用も行われていたが、地球人の手によって改修措置がなされた。ZAC2029年の地球人到来後、ゼネバス帝国の軍隊はランドバリーによって整備され、指揮、統制、通信および情報処理を総括し高度な軍事行動を可能とするC4Iシステムの導入、ゾイドの持つ特性を活用した編成となっている。それはたとえ砲弾が炸裂しようとも周りの戦友が倒れようとも密集したフォーメーションを決して崩さず、決定した進路と進行速度は変更せず先鋒が被害を受けても立ち止まらずに味方の屍を乗り越えて敵を追撃し、指揮官の命令で散開、接近戦に移行するというものである。それはまさにファランクス陣形を彷彿させるような戦法であった。一方でゼネバス帝国は翼竜型や鳥獣型の生息域に恵まれず、航空戦力は脆弱だった。また、中央大陸戦争初期には装甲の頑丈さと機動性の兼ね合いから、小型ゾイドを多く配備していた。ゼネバス帝国の領土には地形の険しさゆえに、大型の野生ゾイドは少ないとされている。
【ゼネバス帝国ゾイド陸軍】
<レッドホーン>
ゼネバス帝国軍が開発した、「動く要塞」の異名を持つスティラコサウルス型の突撃戦用大型ゾイド。
改造される以前の野生ゾイド時は大人しい気性だったが、惑星Ziに住む人類の改造によって戦わされている。元々は中央大陸戦争開戦時から居たゾイドで、かのガンビーノ氏をはじめとする帝国軍高官の指揮官機として使用されていた。それが飛来した地球人の技術を組み込むことによってパワーアップを受け、現在の色々な武装を備えた重武装ゾイドへと生まれ変わった。
分厚い装甲や充実した火器、突撃能力など帝国軍の大型以上のゾイドらしく比較的万能に戦える。
<セイバータイガー>
ゼネバス帝国が開発したゾイド史上初の大型高速戦闘ゾイドで、ゾイド史を塗り替えた革命的な機体である。ヘリック共和国のシールドライガーが開発されるまでは大型陸戦ゾイドとしては最速のゾイドだった（小型ゾイドなら200km/hは普通に居る。マーダに至っては450km/h）。高速戦闘のほか奇襲攻撃や夜討ちも得意とし、同タイプの小型ゾイドであるヘルキャットを主な随伴機としている。開発当時、本機に対抗出来るゾイドは共和国軍にはおらず（流石にゴジュラスよりは弱いが、こちらは奇襲に失敗したら逃げて次の機会を狙うだけであるのに対し、ゴジュラス（初期）は鈍重なうえ砲撃も不得意なので追撃は苦手）、鈍重な共和国機を次々と屠っていく姿に共和国軍兵士からは「戦場の紅いイナズマ」と恐れられ、共和国軍司令部からは「極力戦闘を避けて空軍の援護を求めよ」との指示がでたほど。
〈アイアンコング〉
ゼネバス帝国が開発したゴリラ型ゾイド。元々は格闘戦用に開発されていたが、各領域や砲撃戦にも対応した万能型ゾイドとして完成し、ZAC2032年にロールアウトした。初出撃の折りはその巨体で共和国を山が動いたと震撼せしめた。当時ヘリック共和国軍最強ゾイドであったゴジュラスとは戦力比で1:1と肉薄しており、格闘能力では一歩譲るものの、砲撃力で凌駕し兵器的な総合力ではゴジュラスを上回る。その無敵時代を終わらせるとともに後のMk=Ⅱ開発競争の契機となった機体でもある。凶暴故に操縦性が悪いゴジュラスと違って大人しく操縦性も良好。
<モルガ>
中央大陸戦争時代にゼネバス帝国のガラモス大尉が設計を担当した昆虫型歩兵戦闘車ゾイドで、サイズは小型ゾイドに相当。強固な装甲が売りで、特に頭部は他の部位の2倍以上の厚さを持ち、その装甲の厚さを活かした突進攻撃と生存性の高さに定評がある。また、地面を掘削して地中に潜ることも可能。尾部はコンテナの役割を果たしており、搭載されているミサイルを降ろすことで兵員や貨物を輸送するカーゴスペースとして利用することも可能にしている。
【ゼネバス帝国ゾイド空軍】
<シュトルヒ>
中央大陸戦争期にゼネバス帝国がヘリック共和国の戦闘攻撃機型ゾイド・プテラスに対抗すべく開発したゾイドで、ゼネバス軍初の純粋な戦闘機ゾイドである。野生体は元々中央大陸の火族が古くから使役してきたゾイドである。性能的にはプテラスに匹敵し、空軍の主力を務めた。
<レドラー>
ゼネバス帝国軍が開発したドラゴン型戦闘機ゾイド。サイズは中型ゾイドクラス。シュトルヒと同様に当時空で猛威を振るっていたヘリック共和国軍の戦闘機ゾイド・プテラスに対抗して作られた。尻尾に備えられている「可変レーザーブレード」と脚部の爪「ストライククロー」によって高い格闘能力を有する。
【ゼネバス帝国ゾイド海軍】
<シンカー>
ゼネバス帝国軍が開発したエイ型水空両用攻撃機ゾイド。サイズは小型ゾイド。ロールアウトしたのは中央大陸戦争が行われていたZAC2031年。元々は海族が古くから家畜として用いていたもので輸送と伝達用の機体として運用されていたが後に戦闘用に改造された。
魚ゾイドなので水中・水上での戦いに特化しているが、なんと空を飛ぶことが出来たりする（実在するマンタなどのエイはときどきジャンプして空中を舞うことがある。もちろん飛んだりはしない）。この広い活動範囲を活かし、爆撃・奇襲・強襲など多くの任務をこなせる事が可能で、ゼネバス帝国軍最初の海上戦力・航空戦力である。
<ウォディック>
ZAC1980年において、暗黒大陸に亡命中のゼネバス帝国が開発した一人乗り用の魚型（ユーステノプテロンやディプノリンクス等の古代魚がモチーフと思われる）潜水艦ゾイド。サイズは中型に相当し、海中・海上以外に陸上でも行動可能な水陸両用機。