ゼネバス皇帝(ゼネバス・ムーロア)
ヘリックII世に負けず劣らず勇猛果敢で、一介の戦士としても指揮官としても非常に優秀であった。
ヘリックII世は幼少時の恩義もあってか共和国軍の司令官に彼を任命している。
生来、非常に優しい心の持ち主でありプライベートでは思いやりがあってとっつき易い、好人物だった。
その思いやりの強さは幼少時、自分の制止を無視して父のゾイドを無断操縦した末に大事故を起こした兄を、「自分が事故を起こして兄を巻き添えにした」と嘘を吐いてまで庇ったことからも分かる（この時の恩義から兄は、父が母にプロポーズした際に送った腕輪をゼネバスに譲っている）。
しかし、その一方で武人・軍人としてのプライドも非常に強く、ヘリック共和国軍のトップに据え置かれてからは常々戦闘の機会を虎視眈々と狙い、立場故に常々外征論を主張したり理屈抜きで戦いを求めるような発言を繰り返すなど公では好戦的過ぎた。
ガンビーノ
元々は地底族族長ガイロスの家臣。主君ガイロスの信任厚くいかなる敵にも決して背を見せない猛将と名高かった。部族間戦争終結後、ヘリックI世王の希望でゼネバスとその母を守る親衛隊長の任に就く。ゼネバスの追放にも同行したが、それはヘリック大統領に逆らうわけではなく地底族の人間は生涯を主君に捧げ仕えることを運命付けられていることに従っただけである。中央大陸戦争のきっかけとなったレッドリバーの戦いの際、特殊部隊を率い、かつての部下であったターナー中尉の守る砦を攻撃。陥落できなかったが、多数の損害を与えた。ZAC2032年、部下が引き起こした皇帝の館占拠のクーデター事件の時、ゼネバスから反乱の鎮圧を命じられたが、その際は犯人たちを館から逃がした後、共和国との和平とクーデター犯の助命を嘆願する遺言状を残して自害した。
乗機：レッドホーン
ダニー・「タイガー」・ダンカン
ゼネバス帝国の将軍でサーベルタイガー軍団を率いる。
自身が操縦したサーベルタイガーで低空飛行のサラマンダーを叩き落し「空飛ぶ虎」の異名を呼ばれた。
ゼネバス脱出の際、脱出に同行せず踏み止まり、ダンカン将軍以下、サーベルタイガー軍団は全滅する。
乗機：サーベルタイガー
ガラモス
ゼネバス帝国軍大尉。特殊工作隊の指揮官でどんな状況でも陽気に笑いを絶やさない男であると有名。火族出身で爆発物のプロフェッショナルとしてゲリラ戦で活躍したとされる。なお、彼こそモルガの制作発案者である。
メツラー
ゼネバス帝国軍中佐。カミソリメツラーの異名をとる。ガンビーノ将軍率いる特殊部隊がレッドリバーの砦を攻撃中、分隊を指揮し敵首都を目指したが、共和国のグライドラーによって発見される。対空兵装を持たないメツラー分隊は反撃できず敗走しガンビーノの部隊と合流。この敗走は彼にとって屈辱的なことであった。
ランドバリー
太陽系第三惑星（地球）の宇宙探索・開拓船であるグローバリーIII世号の乗員の一人で、宇宙開発で一攫千金を狙う冒険商人の中心人物。グローバリーIII世号が惑星Ziを発見した反乱を起こして不時着の一因を作り、ゼネバス帝国に捕らえられた後は皇帝に接近し、ゾイドの近代化や軍備の拡大を促した。墜落寸前に脱出用シャトルを奪って脱出し一足早くゼネバス帝国領に着陸していた。その後、運良く人目に触れることなく帝国民間人になりすまして惑星Ziをつぶさに観察。好戦的なゼネバス皇帝の性格を見抜いて取り入り、莫大な資金の代わりに帝国軍の兵器を強化する契約を結んだ。それに伴って発言力を強め、帝国軍の軍事ドクトリンにも口を出すようになり戦乱を拡大した。
ローウェン・コーヴ
帝国軍遊撃部隊少佐。かつてはサーベルタイガー（セイバータイガー）を愛機とし、それにヘルキャット部隊を率いた高速ゾイド戦闘隊の隊長であったが、共和国軍の042特務部隊の攻撃を受けて隊は全滅、自身も片目と片足を失う重傷を負う。しかし、一ヶ月で軍に復帰し、グレートサーベル開発のアドバイザーに選ばれ、その完成祝賀会の際にゼネバス皇帝に前線復帰を直訴。それが認められると自らグレートサーベルに乗り、帝国軍補給線「ゼネバスロード」を攻撃していた共和国派の山岳民族リルベット族のベアファイター隊を単騎で全滅させ、そして、そこにやって来たかつて自分の部下を奪った042特務部隊を部下達の名前を叫びながら駆逐して行った。
乗機：サーベルタイガー（セイバータイガー）グレートサーベル
ウォル・ガーレイ
本来はヘリック共和国の同盟国であったベルナ国軍の大尉であり、同盟国の中で初めてコマンドウルフを与えられた優秀なパイロットであった。しかしZAC2044年にベルナ国は戦争に巻き込まれて荒廃し、ゼネバス帝国への降伏を余儀なくされた。
このとき彼と部隊の同胞たちは上層部の命を反故にして故国へ急行したため、共和国軍からも裏切り者の烙印を押されてしまう。しかし当時のゼネバス軍の責任者であったディー・ローザット少将に実力を認められ、ベルナ国を降伏以前の状態にするという条件を受けてゼネバス軍に転属。愛機であったコマンドウルフもゼネバス伝統の赤に塗り替えて再配備された。その後、ベルナ戦時の上官であった共和国のロフ・モーバ中佐に襲撃を掛けて雪辱を果たしている。
マーガレット
帝国研究所司令の娘で、トビー・ダンカンのガールフレンドであったが、滞在していた研究所がZAC2043年のシールドライガー、コマンドウルフら高速部隊の襲撃を受けた際に自爆する。