サーベルタイガー軍団
ダニー・「タイガー」・ダンカン将軍率いるサーベルタイガーの軍団。帝国首都が共和国軍に包囲された際にもバレシア基地に駐留し続け動こうとしなかったが、これはゼネバス皇帝が暗黒大陸へ脱出するためにバレシア基地を守り続ける必要があったからである。残存勢力が集結しつつあるバレシア基地を共和国軍司令部はサラマンダー飛行隊に攻撃を命じたが、ダンカン将軍自ら陣頭指揮を執るサーベルタイガー軍団を率いて迎撃。低空を飛ぶサラマンダーを叩き落し返り討ちにする。この圧倒的な活躍からダンカン将軍は「空飛ぶ虎」とも呼ばれた。ゼネバス脱出の際、脱出に同行せず踏み止まり、ダンカン将軍以下、サーベルタイガー軍団は全滅する。
イグアン空挺部隊
フロスト中佐率いるイグアンの空挺部隊。国境の橋争奪戦において国境周辺を流れるバーナム川に架かるアルメーヘン橋を空から奇襲。奇襲は成功し、本隊のコングMK-II部隊の到着まで橋を確保する予定であったが、共和国軍の猛反撃で援軍の到着前に全滅。だが、コングMK-II部隊が到着しアルメーヘン橋は帝国軍のものとなった。
コングMK-II部隊
マークII限定型の部隊。国境の橋争奪戦の時、フロスト中佐率いるイグアン空挺部隊の増援として駆けつけたが、イグアン空挺部隊は既に全滅していた。だが、共和国軍のカノントータスの部隊を蹴散らしアルメーヘン橋は帝国軍のものとなった。その後、コングMK-II部隊を率いていたロバット中佐は、スケルトン部隊に編入された。
スケルトン
帝国軍兵士なら誰でも知っている歴戦の軍人たちを集めた特殊部隊。隊長はトビー・ダンカン少尉。隊員には、国境の橋争奪戦でアイアンコング・マークII限定型部隊を率いて橋を奪取したロバット中佐（後に大佐となる）、帝国陸軍士官学校の教官で「手持ちミサイルのフランツ」の異名を持つフランツ・ハルトマン大尉が所属した。この部隊を編成した目的は、動きが遅く発見されやすい大型ゾイドの大部隊よりも、敵陣地の隙間を槍のようなスピードで突き進む強力なゾイド「デスザウラー」による単独攻撃にあった。そのため、小型かつ少人数で、デスザウラーの手足となって偵察、補給、連絡、護衛、支援の任務に当たる24ゾイドのような少数精鋭で編成された。その成果は、ゴジュラス基地の壊滅、さらにはエリクソン大佐操縦のウルトラザウルスの撃破と大きなもので、ついには共和国首都陥落という結果を出した。
タイプMK-II部隊
「MK-II」で「マークツー」と読む。アイアンコング・マークII量産型を指揮官機とし、デスザウラータイプMK-II、グレートサーベル、ブラキオスNEW、ブラックライモスNEWによって編成される。アイアンコング・マークII量産型以外は、黒、赤、銀で統一された機体色が特徴。