サファリゾーンから新たな仲間を加えて旅を続けるサトシ一行。途中で隣町まで薬を届けてほしいとジョーイに頼まれ自転車を借りてサイクリングロードを駆け抜けた。道中自転車に乗った暴走族に絡まれたが、ピカチュウとゲッコウガで一掃したことで事なきを得た。そして前回のように嵐に巻き込まれることなく無事に薬を届けることができた。
更に旅を続けるとモノマネ娘のイミテとそのパートナーのメタモンことメタちゃんと出会い、メタモンの顔だけがメタモンのままであるという困った癖を一緒に治すことを手伝った。ロケット団の妨害もあったが、ロケット団のパワハラ特訓のお陰でメタモンは完全な変身をものにしてロケット団をお星様にした。
オーキド博士『サトシよ、前の時よりポケモンが増えておるな。』
現在一行はとあるポケモンセンターでオーキド博士と通信していた。
サトシ「俺もまさかここまで増えるとは思ってませんでした。でも、また皆と会えて良かったと思っています。」
オーキド博士『うむ、ケンタロス達は研究所に着いたら早速庭を走っておるぞ。』
サトシ「それで、ガルーラは？」
オーキド博士『普段はハナコさんと過ごしているが、昼間はフシギダネの手伝いをしておるぞ。お前さんのギャラドスも水ポケモン達を纏めておる。』
サトシ「そうですか。」
オーキド博士『それに皆暇があればバトルの特訓もしておる。いつでもお前さんに呼ばれるように気合いを入れておるようじゃ。』
アイリス「サトシのポケモンって頑張り屋さんなんだね。」
サトシ「まあな。・・・あ、そうだ、忘れるところだった。博士、今からこのデータを送るよ。」
オーキド博士『なんじゃ？・・・な！？ら、ライコウのデータじゃと！？お前さん、エンテイに続きライコウとも会ったのか！？Σ(；ﾟДﾟ)』
サトシ「うん、いきなりだったけど。」
カスミ「本当にびっくりしたわ。」
オーキド博士『これは研究が捗るぞ！』
そう言ってオーキド博士は通信を切った。
タケシ「これで残りはスイクンだな。」
サトシ「できればハテノの森であったスイクンに会いたいな。」
カスミ「そうね。」
ピカチュウ「ピカチュウ。」
そしてアイリスとは一旦ここで別れてそれぞれ旅をすることになった。
旅を再開し、次の町を目指していると首輪に繋がれたイーブイと出会った。サトシ達はこの先はストンタウンという町ということと、このイーブイはタイチという少年のポケモンを思い出した。
サトシ「3人のお兄さんに進化をせがまれて仕方なくここで育てていたんだったな。」
タケシ「彼はイーブイのままでいてほしいらしいが、そのお兄さん達が初バトルの前に進化させて初勝利をもぎ取った故にタイチ君にも進化を進めてきて何に進化させるかで誰にタイチが憧れているかアニキとして譲れない戦いをしていたな。」
カスミ「少しは弟の言い分聞いてあげたらいいのにね。」
サトシ「あれ、カスミはシャワーズに進化させようとしたんじゃなかったっけ？」
カスミ「その話はいいのよ！」
取り敢えずサトシ達はイーブイを連れてストンタウンを目指した。ストンタウンは進化の石で有名らしく、石で進化するポケモンを連れたトレーナーがよく訪れるらしい。イーブイの首輪の住所を探しているとガーデンパーティーが開かれていた。その中には進化の石で進化するポケモンが多くいて賑わっていた。サンダースを連れたライゾウ、ブースターを連れたアツシ、シャワーズを連れたミズキがサトシ達とイーブイに気づき、連れてきてくれたことにお礼を言ったが、その弟のタイチには怒られた。
ライゾウ、アツシ、ミズキの3人は何に進化させるかせがむがタイチはイーブイのままいたいようだが、中々勇気を出せず言えないでいた。
それを見かねたカスミは今回も任せてほしいとピカチュウと一緒にタイチを勇気づけることにした。それなら安心と思っていると、
リーフ「あれ、サトシ？」
サトシ「ん？リーフ！」
タケシ「久しぶりだな！」
リーフ「うん！皆はどうしてここに？」
サトシ「旅の途中でここに寄ったんだ。リーフは？」
リーフ「手持ちに入れているナゾノクサがクサイハナに進化したから太陽の石でキレイハナにしたの。」
ポーーーン！
キレイハナ「ハナ！」
サトシ「そうだったのか。」
ポーーーン！
レアコイル「リリリ！」
サトシ「レアコイル！？」
リーフ「サトシの新しいポケモン？」
サトシ「ああ。」
突然サトシのレアコイルがボールから出て、それぞれの進化の石が置いてあるテーブルに向かい、雷の石に興味を示していた。
アツシ「雷の石に反応しているな。」
ミズキ「ああ。」
サトシ「一体どういうことだ？」ｽｯ
スマホロトム（サトシ）
『レアコイルに雷の石を使うとジバコイルに進化させられる。』
サトシ「え！？雷の石を使ってジバコイルに！？」
タケシ「それは俺もここ最近聞いたな。」
リーフ「レアコイル、もしかして進化したいのかも。」
サトシ「どうするレアコイル、進化したいか？」
レアコイル「リリリ！」
サトシ「じゃあお願いします。」
ライゾウ「ああ。」
レアコイル「リリリ！」
ピカーン！
ジバコイル「ジババ！」
レアコイルに雷の石を使うとジバコイルに見事進化した。
サトシ「進化おめでとう、ジバコイル。」
ジバコイル「ジババ！」
リーフ「良かったね。」
キレイハナ「ハナ。」
それからサトシ達はアオプルコで別れてからどんな旅をしたのかを話し合った。アイリスと一時的に旅をしていたことを聞くとリーフは嫉妬を含めた視線をサトシに向けていた。バッジのことを聞くとリーフは既に7つ集めていてリーフのフシギダネもフシギバナに最終進化していた。
暫くしてカスミや進化を嫌うピカチュウの説得を聞いてタイチとイーブイが3人の兄に物申す勇気を持ってやってきた。のだが、
ムサシ・コジロウ「「ナーハッハイ！」」
サトシ「この声は・・・。」
リーフ「まさか・・・。」
ムサシ「『この声は・・・。まさか・・・。』と聞かれたら！」
コジロウ「答えてあげるが世の情け！」
ムサシ「世界の破壊を防ぐため！」
コジロウ「世界の平和を守るため！」
ムサシ「愛と真実の悪を貫く！」
コジロウ「ラブリーチャーミーな敵役！」
ムサシ「ムサシ！」
コジロウ「コジロウ！」
ムサシ「銀河を駆けるロケット団の2人には！」
コジロウ「ホワイトホール白い明日が待ってるぜ！」
ニャース「にゃーんてニャー！」
リーフ「・・・相変わらず付き纏われているのね。」
サトシ「まあな。」
ムサシ「兎に角！ここのポケモン達纏めて頂くわよ！」
コジロウ・ニャース「「おう！」」
サトシ「ピカチュウ、さっさと片付けるぞ。」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
タイチ「僕もやる！」
イーブイ「イブイ！」
サトシ「タイチ？」
タイチ「よく分からないけど、イーブイでバトルすればもっと自信がつける気がするんだ！」
サトシ「分かった。ピカチュウ、イーブイをフォローしてやれ！」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
ムサシ「生意気な！」
コジロウ「イーブイのままで俺達に勝てると思ってるのか？」
ニャース「やってやるニャ！」
サトシ「ピカチュウ、10万ボルト！」
ピカチュウ「ピーカチュウーーーー！」
ロケット団「「「あばばばばばば！」」」
サトシ「今だ！」
タイチ「イーブイ、体当たりだ！」
イーブイ「イーーーブイ！」
バコーン！
ロケット団「「「嫌な感じ～～！！！！！」」」
キラーン✨
ロケット団はいつも通りお星様となりタイチは改めて3人の兄に向き合った。
タイチ「兄ちゃん達、僕・・・。」
ライゾウ「分かってるよ。」
タイチ「え？」
アツシ「俺達もお前の意見を聞かないで悪かったな。」
ミズキ「お前はイーブイのままでいてほしいんだろ？」
タイチ「うん。」
ライゾウ「だったらそれを見守るのが俺達の役目だ。」
アツシ「頑張れよ。」
ミズキ「応援してるぜ。」
タイチ「兄ちゃん達・・・うん！」
サトシ「良かったな。」
カスミ「ええ。」
タケシ「ああ。」
リーフ「うん。」
サトシ達もそれを微笑ましく見守っていてこれにて一件落着となった。
サトシのポケモン
ピカチュウ
ゲッコウガ
フクスロー
ニャヒート
バタフリー
ピジョット
フシギダネ
リザード
ゼニガメ
クラブ
ゲンガー
カイリュー
コノヨザル
ベトベトン
レアコイル→ジバコイル
ガルーラ
ケンタロス×30
サイホーン
ストライク
ニョロモ（隠れ特性）
ギャラドス（色違い）