ダークシティを後にしてネオンタウンという町の近くの森で前世でもよく絡んできた落書きプリンと遭遇した。前と同じようにプリンは喉の調子が悪く、上手く歌が歌えない状態だった。あまり関わりたくなかったサトシ達だが、後味が悪いと思い喉に良い薬を作り歌えるようにした。更にこのプリンは努力が嫌いで他者にスポットライトが当たるのが許せない性格をしている。
そしてネオンタウンで歌を歌ってもらうと、案の定町の人達は眠ってしまい、しまいにはプリンに落書きされてしまった。
サトシ「あのプリン、これからもよく現れるだろうな。」
ピカチュウ「ピカチュウ。」
タケシ「あいつにも困ったものだ。」
カスミ「まあ助かったこともあるけどね。」
サトシ「そういえばこの先はグランパキャニオンだったな。」
タケシ「ああ。」
カスミ「サトシはそこでトゲピーの卵を見つけたものね。」
サトシ「その卵を見つけたらカスミにやるよ。元々カスミのトゲピーだし。」
カスミ「ありがとう。」
シゲル「おや？サトシ達じゃないか。」
サトシ「シゲル！」
タケシ「シゲルも化石を発掘しにきたのか？」
シゲル「ああ。サトシはどんどんポケモンをゲットしているからね。僕も負けられないと思って珍しいポケモンをゲットするためにここに来たのさ。」
カスミ「ふーん。」
リーフ「あ、サトシ！シゲル！」
サトシ「リーフ！」
シゲル「君も来てたか。」
リーフ「うん。」
3人で集まるのはサントアンヌ号以来だと話し合いつつ、グランパキャニオンの採掘場に向かった。
採掘場に着くとサトシ達は早速化石発掘に取り掛かり、あっちこっち掘っていた。
サトシ「ん？」
サトシが掘っていた箇所から見たことのある石が出てきた。
サトシ「これって、まさかメガストーン！？」
カスミ「うそでしょ！？」
タケシ「だが見たことないメガストーンだな。」
掘り出したメガストーンは水色と黒模様のメガストーンだった。
ポーーーン！
ゲッコウガ「コウガ！」
サトシ「ゲッコウガ！？」
ゲッコウガ「コウガ。」
突然ゲッコウガがサトシのモンスターボールから出てきて掘り出したメガストーンを見つめていた。
サトシ「まさかこれ、ゲッコウガのメガストーンなのか？」
タケシ「ゲッコウガの反応を見る限り、そうみたいだな。」
カスミ「それってつまり、ゲッコウガがメガシンカできるってこと！？」
シゲル「それは凄い大発見だね。」
サトシ「シゲル！って、その持っているものって・・・。」
シゲル「ああ、甲羅の化石だ。後はこれを専用の施設に持っていけばカブトに復元してくれる。」
リーフ「サトシもシゲルも凄いね！」
それからもサトシ達は発掘作業を続けて、サトシはその後もピジョットナイト、XとYのリザードナイト、ゲンガナイト、ガルーラナイト、ハッサムナイト、ギャラドスナイトと今ゲットしているポケモンのメガストーンを入手した。
サトシ「まさかこんなにメガストーンをゲットできるなんて。」
ピカチュウ「ピーカ。」
タケシ「また戦力の幅が広がるな。」
サトシ「お、また何か出てきた。」
カスミ「またメガストーン？」
タケシ「いや、これは・・・。」
次にサトシが掘り出したものはメガストーンではなく、ポケモンの化石だった。
シゲル「ポケモンの化石で間違いないね。しかも顎の化石だ。」
タケシ「ということは、チゴラスの化石か。」
リーフ「やったねサトシ！」
サトシ「ああ！・・・あれ？」
カスミ「どうしたの？」
サトシ「なんかここで起きた大変な出来事を忘れているような・・・。」
ピカチュウ「ピーカチュウ。」
カスミ「そういえば・・・。」
タケシ「何だったかな？」
リーフ「ん？ねえ、あそこにいるのって・・・。」
リーフが指を指した方向に毎度おなじみのロケット団がいた。こっそり話を聞いているとダイナマイトを仕掛けたようだ。
サトシ「あいつらダイナマイトで爆発させて化石を分捕るつもりだ！」
リーフ「そんなことしたらゲットどころか、化石が粉々になっちゃうよ！」
タケシ「兎に角止めるぞ！」
シゲル「僕はジュンサーさんに知らせてくる！」
カスミ「アタシは皆を避難させてくる！」
サトシ達はロケット団をの企みを阻止するために行動に移した。
サトシ「ロケット団！」
ムサシ・コジロウ・ニャース「「「げ、ジャリボーイ！」」」
リーフ「貴方達何考えてるの！？」
タケシ「ダイナマイトなんて使ったらお前達も無事では済まないんだぞ！」
ムサシ「へん！化石が手に入ればどうってことないのよ！」
コジロウ「邪魔はさせないぜ！」
ニャース「そうニャ！」
サトシ「兎に角好きにはさせないぞ！ゼニガメ、君に決めた！」
ポーーーン！
ゼニガメ「ゼニ！」
コジロウ「こっちの台詞だ！マタドガス、ヘドロ爆弾！」
マタドガス「マータドガス！」
ピカチュウ「ピカ！？」
サトシ「ピカチュウ！」
ピカチュウ「ピーカチュウーーーー！」
サトシ・タケシ・リーフ・ムサシ・コジロウ・ニャース「「「「「「あ・・・。」」」」」」
ゼニガメ「ゼニ・・・。」
ピカチュウ「・・・・・・チャー。」
ゼニガメを繰り出してダイナマイトを消火しようとしたがマタドガスのヘドロ爆弾がピカチュウの顔に当たり、視界を遮られたピカチュウが反射的に10万ボルトを放ってしまってダイナマイトに引火してしまった。そして、
ドカーン！
サトシ「うわぁーーー！」
ピカチュウ「ピカーーー！」
タケシ・リーフ「「サトシ！」」
ゼニガメ「ゼニゼ！」
ロケット団「「「嫌な感じ～～！！！！！」」」
案の定大爆発が起きて地面が崩れ始めた。タケシとリーフとゼニガメは咄嗟に近くの岩に捕まったことで難を逃れたが、サトシとピカチュウはロケット団と共に地下に落ちてしまった。
サトシ「大丈夫かピカチュウ？」
ピカチュウ「ピーカ。」
サトシ「波導の力を会得しといて良かったぜ。こうやって波導のバリアを張って静かに降りられたし。」
サトシは波導のお陰で、怪我を負わずに済んでいた。だが落ちた穴が土石で塞がってしまって脱出できない状況だった。
サトシ「初めてグランパキャニオンに来た時もこうだったな。」
ピカチュウ「ピーカ。」
サトシ「あの時もピカチュウがダイナマイトに10万ボルトしてこうなったけど、今回は不可抗力だったな。」
ピカチュウ「ピカチュウ(´・ω・｀)」
サトシ「まあまあそう落ち込むなよ。今はここを脱出することを考えるんだ。」
ピカチュウ「ピカ！」
ムサシ「ちょっとアタシ達のこと忘れてるんじゃないわよ！」
サトシ「勿論忘れてないさ。もとはと言えばお前らがダイナマイト仕掛けた所為でこんなことになったんだからな！」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
コジロウ「なんだと！」
サトシ「なら今すぐピカチュウの10万ボルト喰らうか？」
ピカチュウ「ピーカ。」ﾋﾞﾘﾋﾞﾘ
ムサシ・コジロウ「「ひっ！」」
ニャース「え、遠慮しておきますニャ。」
コジロウ「もう二度とダイナマイト使いません。」
サトシ「それでよろしい・・・といっても先ずはあいつらを何とかしないとな。」
サトシは先程から何かの視線を感じて振り向きロケット団も同じ方向に向くと、この地下に住んでいた化石ポケモンのオムナイト、オムスター、カブト、カブトプスが怪しい目つきでサトシに向けていた。よく見ると全員目が充血していた。
サトシ「どうやら住処を荒らされたと思って怒っているようだな。行くぞピカチュウ！」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
ポーーーン！
ゲッコウガ「コウガ！」
リザード「リザ！」
サトシ「お前達もやってくれるのか？」
ゲッコウガ「コウガ！」ｺｸﾘ
リザード「リザ！」ｺｸﾘ
サトシ「よし、頼むぜ！ピカチュウ、10万ボルト！ゲッコウガ、水手裏剣！リザード、雷パンチ！」
ピカチュウ「ピーカチュウーーーー！」
ゲッコウガ「コウッガ！」
リザード「リザ！」
それぞれが化石ポケモン達にダメージを与えて倒していくが、何体倒しても直ぐに別の化石ポケモンが出てくる。
サトシ「くそ、キリがないな。」
ピカチュウ「ピーカ。」
化石ポケモン達「「「！！」」」
すると突然化石ポケモン達が戦闘を止めて辺りをキョロキョロし始めた。そして一目散に撤退していった。
コジロウ「どうしたんだ？」
ムサシ「さあ。」
サトシ「・・・！何か来る。」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
リザード「リザ！」
ニャース「え？」
プテラ「プテーーー！」
洞窟の奥の方からプテラがやって来た。
サトシ「プテラだ！」
ムサシ「もしかして！」
コジロウ「こいつが怖くて逃げたのか！？」
サトシ「みたいだな。」
プテラ「プテーーー！」
サトシ「危ない！避けろ！」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
リザード「リザ！」
プテラ「プテーーー！」
サトシ「なに！？うわぁ！」
ピカチュウ「ピカピ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
リザード「リザ！」
プテラはピカチュウ達が避けた隙を狙ってサトシを足で掴み、土石を破壊光線で破壊して地上へと飛び立った。
リザード「リザ、リザーーー！」
ピカーン！
ピカチュウ「ピカ！？」
ゲッコウガ「コウガ！？」
リザードがサトシを助けたい気持ちが高まり、進化の光に包まれた。
リザードン「グォウ！」
ムサシ「リザードが！？」
コジロウ「リザードンに進化した！？」
ニャース「ニャニャ！？」
リザードン「グォウ！」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
リザードンがピカチュウとゲッコウガに背中に乗れと促し、乗ったのを確認するとプテラを追って全速力で飛び立った。
ロケット団「「「ああ！！置いてかないでーーーー！！！；」」」
プテラ「プテーーー！」
サトシ「くそ、離せ！」
プテラはサトシを掴んだまま外に出て、サトシは必死にもがいていた。
リーフ「サトシ！」
ゼニガメ「ゼニゼ！」
シゲル「あれはプテラ！」
カスミ「また捕まったのね！」
タケシ「どうやって助ける？」
採掘場で人々がプテラの登場でパニックになっている中、リーフ達がサトシが無事だったことに安堵したがどうやってサトシを助けようか考えていると・・・。
リザードン「グォオオオオーーー！」
リーフ「え！？」
シゲル「あれは！」
タケシ「リザードン！」
ピカチュウ「ピカピーー！」
ゲッコウガ「コウガ！」
カスミ「背中にピカチュウとゲッコウガが！ということは！」
サトシ「遂に進化したんだな！」
リザードン「グォウ！」
サトシ「よし！雷パンチだ！」
リザードン「グォウ！」
プテラ「プテ！」
サトシ「今だ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
バシャン！
プテラ「プテ！？」
ピカチュウ「チューピッカ！」
バコン！
プテラ「プテ！？」
リザードンがプテラに雷パンチを繰り出すが、プテラはそれを躱し、その隙をついてゲッコウガが水手裏剣をプテラの頭に放ち、ピカチュウがアイアンテールでプテラを殴り飛ばした。それによりプテラはサトシを思わず離し、リザードンがサトシを含め全員を背中に乗せて地上に降りた。
サトシ「ありがとう皆。」
ピカチュウ「ピカ！」
リザードン「グォウ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
リーフ「サトシ！」
シゲル「無事だったか！」
サトシ「ああ。だけど、まだ終わってない。」
プテラ「プテーーー！」
プテラは未だにサトシを標的にして睨んでいた。
サトシ「皆、ここは俺に任せてくれ。あいつと決着をつける。」
カスミ「分かったわ。」
タケシ「絶対勝てよ。」
サトシ「分かってる。」
改めて目の前のプテラと向き合う。
サトシ「よし、行くぞ！」
ピカチュウ「ピーカ！」
リザードン「グォウ！」
ゲッコウガ「コウガ！」
果たして勝負の行方は！？
サトシのポケモン
ピカチュウ
ゲッコウガ
フクスロー
ニャヒート
バタフリー
ピジョット
フシギダネ
リザード→リザードン
ゼニガメ
クラブ
ゲンガー
カイリュー
コノヨザル
ベトベトン
ジバコイル
ガルーラ
ケンタロス×30
サイドン
ストライク
ニョロモ（隠れ特性）
ギャラドス（色違い）
顎の化石