グランパキャニオンを出たサトシ達は化石を復元する施設に向かって旅を続けていた。
道中コジロウの実家をも訪れてそこのいざこざにも巻き込まれた。
シゲル「しかし、あのロケット団のコジロウがお坊ちゃまだったとはね。」
リーフ「うん、なんか意外。しかもロケット団になった理由が家のことに嫌気が差して自由を求めたからだっただなんて。」
シゲル「同情はするけどそれで悪さをするのはねえ。」
サトシ「まあ、あいつの人生はあいつのだし、俺達がどうこう言えないしな。」
カスミ「そうね。」
シゲル（それにしてもコジロウってガーディ持っていたんだね。）
タケシ（ああ。ガーディのガーちゃんは連れて行かなかったみたいだ。）
サトシ（同じ道を辿らせたくなかったんだろうな。）
リーフ「あ、見えてきたよ。」
リーフの声を掛けるととある施設が見えてきた。
カスミ「ここが化石を復元してくれる施設ね。」
シゲル「その通り。早速入るとしよう。」
早速化石ポケモンの研究所に入り、サトシとシゲルは顎の化石と甲羅の化石を研究員に渡して復元してもらうことになった。
リーフ「楽しみだね。」
サトシ「そうだな。」
アイリス「あ、皆！」
サトシ「アイリス！」
リーフ「どうしてここに？」
アイリス「ここに入るのを偶然見つけて立ち寄ったの。何しているの？」
サトシ「グランパキャニオンで発掘した化石を復元してもらってるんだ。」
シゲル「僕が甲羅の化石、サトシが顎の化石をね。」
リーフ「復元されれば、カブトとチゴラスになるの。」
アイリス「え、チゴラスってカロスの化石ポケモンでドラゴンタイプの！？」
タケシ「そうだぞ。」
アイリス「私も見てもいい！？」
サトシ「勿論。」
化石の復元を待っている間、アイリスを交えて今までどんな旅をしていたか話し合っていた。特にリーフは一時的とはいえ、アイリスがサトシと一緒に旅をしていたことにズルいと言うと逆にアイリスはドヤ顔をして自慢していた。
サトシ（今更セレナとヤマブキシティまで一緒に旅をしていたなんて言えないな。）
ピカーン
サトシ「あ！」
リーフ「卵が光り出した！」
カスミ「アタシのも！」
パカーン！
トゲピー×2「「チョゲップリィィイイ！！！」」
シゲル「トゲピーか。」
アイリス「可愛い！」
サトシ「あれ？フェアリータイプ大丈夫なのか？」
アイリス「ふふん！いつまでもそのタイプのポケモンがダメだと思ったら大間違いよ！」ﾄﾞﾔ
トゲピー1「チョキチョキ！」
カスミ「トゲピー、もしかして貴方・・・。」
トゲピー1「チョキ！」
カスミ「会いたかった！（涙）」
トゲピー1「チョッキ！」
タケシ「良かったなカスミ。」
カスミ「うん！」
サトシ「あっちのトゲピーはカスミのトゲピーで、記憶を持って帰って来たみたいだな。」
ピカチュウ「ピーカ。」
トゲピー2「チョキチョキ！」
サトシ「あーはいはい。」
サトシが持っていた卵から孵ったトゲピーがサトシに構ってほしくて鳴くとサトシは優しく頭を撫でた。そして気持ち良さそうに目を細めた。
リーフ「ねえ、取り敢えず今のうちにゲットしておいたら？」
サトシ「それもそうだな。」
カスミ「ええ。」
サトシとカスミはモンスターボールを取り出してそれぞれのトゲピーをゲットした。
研究員「お待たせ致しました！化石が復元できました！」
カブト「カブ。」
チゴラス「チゴ。」
サトシ「カブトにチゴラス。」
タケシ「どっちも育て甲斐があるな。」
カスミ「ええ。」
アイリス「チゴラスも可愛いーー！」
特にアイリスはドラゴンタイプのチゴラスを見て興奮していた。
サトシ「チゴラス、俺はサトシ、よろしくな。」
チゴラス「チーゴ！」ｶﾞﾌﾞ
サトシ「いててて！」
リーフ「サトシ！？」
チゴラスはサトシの頭に噛みついた。
シゲル「うん、これはサトシのフカマルがやってたのと似てるね。」
タケシ「ははは、気に入られたみたいだな。」
アイリス「いいなー。」
シゲル「さてカブト、僕のポケモンになってくれるかい？」
カブト「カブ！」
シゲルをモンスターボールを取り出してカブトをゲットした。
サトシ「チゴラス、お前はどうする？」
チゴラス「チゴチゴ！」
タケシ「サトシと一緒に行きたいみたいだ。」
アイリス「羨ましい。」
サトシ「じゃあよろしくな。」
チゴラス「チゴーー！」
サトシがモンスターボールを取り出すと、チゴラスは勢いよく頭をぶつけてゲットされた。用も済んだのでグレンタウンに向かおうとしたらロケット団が2体のトゲピーやカブト、チゴラスを奪いにやって来たが、サトシがピカチュウとリザードン、ゲッコウガで一掃してお星様にした。
アイリス「本当に懲りてないのね。」
リーフ「うん。」
シゲル「君達も大変だね。」
カスミ「まあね。」
タケシ「あいつらのことだからこれくらいで諦めるとは思えないがな。」
サトシ「じゃあ改めて！トゲピーとチゴラス、ゲットだぜ！」
ピカチュウ「ピ、ピカチュウ！」
トゲピー2「チョッキ！」
チゴラス「チゴーー！」
サトシ達はリーフとシゲルと一旦別れてグレン島に向かって旅を続けている。アイリスも目的地が一緒だったため暫く同行することになった。
その途中で立ち寄ったポケモンセンターで休んでいるとピカチュウが花瓶に入った花が咲いたことを教えた。
アイリス「うわぁ凄い。」
サトシ「そうか、ここは・・・。」
タケシ「不思議の園がある場所だな。」
アイリス「不思議の園？」
カスミ「外を見て。」
カスミに言われてポケモンセンターの外を見ると庭の花が次々と咲いていた。
アイリス「うわぁ。」
カスミ「フシギダネは、ある時期になるとどこからともなく集まって、進化のお祭りのようなことをやると言われているの。」
タケシ「どうやらそれは、星のめぐりとか、月の満ち欠けなんかが関係しているみたいで、毎年同じ季節とは限らないらしい。」
サトシ「そして進化が行われる場所は不思議の園って場所なんだ。」
アイリス「そうなんだ・・・サトシ達は行ったことあるの？」
サトシ「前の世界でフシギダネを追いかけて一度な。」
フシギダネ「ダネ。」
そんな中、サトシのフシギダネは俯いていた。
アイリス「サトシのフシギダネ、なんか元気が無くない？」
タケシ「そうだな。」
カスミ「これは多分・・・。」
そんなフシギダネにサトシが視線を合わせて話しかける。
サトシ「分かってるよ、お前が進化したくないことくらい。」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
フシギダネ「ダネ！」
アイリス「え、そうなの？」
タケシ「ああ、サトシのフシギダネは進化しないまま強くなることを決めたからな。」
カスミ「アタシ達もそうとも知らずに喜んでいたからね。」
サトシ「お前がフシギダネのままでいたいならトレーナーの俺はそれを尊重するよ。」
フシギダネ「ダネ～～。」ｳﾙｳﾙ
シュルシュルシュルシュル
フシギダネ「ダネ！？」
サトシ「フシギダネ！」
アイリス「これって蔓のムチ！？」
カスミ「あれ！」
トゲピー（カスミ）「チョキ！」
蔓の先には複数のフシギダネがいてサトシのフシギダネを捕えていた。そしてそのまま何処かに連れ去っていった。
アイリス「フシギダネがあんなに！」
サトシ「待てーーー！」
慌ててサトシ達もフシギダネ達を追いかけて前世でも訪れた不思議の園がある場所までやって来た。
アイリス「途中で蔓が動いてびっくりしたけど、これで今まで誰にも見つからなかったんだ。」
サトシ「ああ。」
カスミ「確かこの先に・・・。」
タケシ「間違いない。」
暫く進むと大きな広場に出た。そこには大量のフシギダネ達が集まっており、その奥に大きな大木があった。その中からフシギダネの最終進化系のフシギバナが姿を現した。
サトシ「フシギバナだ。」
アイリス「大きい。」
フシギバナの鳴き声と共に合わせてフシギダネ達も鳴き声を上げ、ついに進化が始まり、集まっていたフシギダネが、次々とフシギソウに進化していく。サトシ達はその光景を見て感激していたが、やはりサトシのフシギダネは進化を拒み身体を光らせている。
フシギバナ「バナバナ！」
フシギダネ「ダネ！ダネダネ！」
フシギバナはサトシのフシギダネが進化しないことに怒っていたが、サトシのフシギダネは頑に拒んでいた。
アイリス「怒ってる。」
タケシ「一方的に進化を拒否したからな。」
フシギバナ「フッシェ！」
フシギダネ「ダネ！ダーーネェ！」
フシギバナ「バナ！？」
フシギバナは蔓のムチでサトシのフシギダネを攻撃してきたが、サトシのフシギダネはジャンプして躱して密かに練習していたソーラービームで反撃してフシギバナにダメージを与えた。
フシギダネ「ダネ！ダネダネダ！」
カスミ「何て言ってるの？」
サトシ「『俺はフシギダネのままで強くなると決めたんだ！進化を強制させられるのは御免だ！』だってさ。」
アイリス「なんかカッコイイ。」
タケシ「男だ。」
サトシのフシギダネがフシギバナに一矢報いたことでサトシ達はフシギダネのもとまで駆け寄った。
サトシ「迎えに来たぞ、フシギダネ。」
フシギダネ「ダネダ！」
フシギバナ「バナーーー！」
カスミ「フシギバナ、やる気みたいね。」
フシギバナ「・・・。」
タケシ「何もしてこないぞ？」
フシギバナ「・・・バナバナ。」
フシギバナは蔓を出してサトシのフシギダネに握手を求めた。サトシのフシギダネもそれに応じて握手した。
カスミ「フシギバナ、今のでフシギダネのことを分かってくれたのね。」
アイリス「良かったね。」
フシギダネ「ダネ！」
サトシ「これからも頑張ろうなフシギダネ。」
フシギダネ「ダネダ！」
コジロウ「その通り！」
全員「「「？」」」
ムサシ「自分の道は自分で決める！」
コジロウ「だから俺達悪の道！」
ムサシ「なぁにも人生生き急ぐことないわよ。」
ニャース「急がば回った甲斐はあるニャ！」
サトシ「ロケット団。」
ピカチュウ「ピカチュウ。」
フシギダネ「ダネ。」
カスミ「なによ、またあんた達なの。」
アイリス「こんな時に。」
ムサシ「なによ、またあんた達なのと聞かれたら！」
コジロウ「答えてあげるが世の情け！」
ムサシ「世界の破壊を防ぐため！」
コジロウ「世界の平和を守るため！」
ムサシ「愛と真実の悪を貫く！」
コジロウ「ラブリーチャーミーな敵役！」
ムサシ「ムサシ！」
コジロウ「コジロウ！」
ムサシ「銀河を駆けるロケット団の2人には！」
コジロウ「ホワイトホール白い明日が待ってるぜ！」
ニャース「いいからさっさとお仕事ニャ！！＃」
ムサシ「あーうるさいわね！！＃」
コジロウ「今ちゃっちゃかやろうと思ってたんだよ！！＃」
ムサシ&コジロウ「「とりゃ！！」」
ロケット団は気球に取り付けられた吸引機を使ってフシギソウ達を根こそぎ奪おうとしていた。
アイリス「もしかして！」
タケシ「ああ、あれでフシギソウ達を奪うつもりだ！」
サトシ「させるか！フシギダネ、ソーラービーム！」
フシギダネ「ダーーネェーーーー！」
ドカーン！
ムサシ・コジロウ・ニャース「「「うっそだーーーー！Σ(；ﾟДﾟ)」」」
ロケット団の気球ごと機械を破壊して籠だけが地面に落ちた。
「「「「フッシェ！！」」」」
ロケット団「「「嫌な感じ～～！！！！！」」」
キラーン✨
フシギバナ、フシギソウ達、サトシのフシギダネの蔓のムチを受けてロケット団はお星様となった。
サトシ「さて、そろそろ帰るか。」
カスミ「そうね。」
アイリス「うん。」
タケシ「長居は無用だな。」
フシギバナ「バーナ。」
ポケモンセンターに戻ろうとするとフシギバナが待ったをかけた。
サトシ「フシギバナ？」
アイリス「どうしたの？」
フシギバナ「・・・バーナァーーー！」
フシギバナは草タイプの究極技のハードプラントを発動した。
カスミ「これって・・・。」
タケシ「ハードプラントだ。」
フシギバナ「バナ、バナバナ。」
サトシ「『お前がフシギダネのままで強くなるなら、この技をものにしてみろ。』、だってさ。」
アイリス「フシギダネでハードプラントなんて無理があるんじゃ。」
フシギダネ「ダネダネ！」
タケシ「フシギダネはやる気みたいだな。」
サトシ「ならそれができるように頑張ろうぜ！」
ピカチュウ「ピカチュウ！」
フシギダネ「ダネ！」
新たな目標を見つけてサトシ達はポケモンセンターに戻り、その翌日に改めてグレン島に向けて旅を続けるのだった。
サトシのポケモン
ピカチュウ
ゲッコウガ
フクスロー
ニャヒート
バタフリー
ピジョット
フシギダネ
リザードン
ゼニガメ
クラブ
ゲンガー
カイリュー
コノヨザル
ベトベトン
ジバコイル
ガルーラ
ケンタロス×30
サイドン
ストライク
ニョロモ（隠れ特性）
ギャラドス（色違い）
顎の化石→チゴラス
ポケモンの卵→トゲピー
プテラ
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