基本この小説において、アニメ通りの部分は割愛ないし省略、簡略化しているため、読む際にいきなり話が飛んだりすることがありますが、読者の皆様が「アニメを見て大まかな流れは把握している」という前提で書いています。そして情景描写が薄いのは作者の力不足です、申し訳ありません。そこはアニメを見て脳内補完をお願いします。
・主人公
『武藤コナミ』
・年齢：実年齢は不明だが、自分で作った戸籍上は二十歳としている
・精霊：《ブラック・マジシャン・ガール》のマナ、《正義の味方 カイバーマン》など。マナは元々武藤遊戯の精霊だが、基本マハードは遊戯に、マナはコナミに付いていっている。
・詳細：武藤遊戯、海馬瀬人らが活躍した時代から生きる赤帽子赤ジャケットという風貌の青年。５歳の頃に童実野町に一人で倒れているのを双六が助けて、世話になることになる。その際に苗字を武藤にしている。遊戯とはすぐに仲良くなり、二人で童実野高校へ入学。いじめられる遊戯とは違い、コナミは城之内や本田とは仲良くしていたが、遊戯が強くなるためにといじめているのは見過ごしていた（やりすぎた場合は制裁を与えていたが）。城之内とは悪友であり、よくエロ戦車を使って女子のスカートをめくったりAVを貸しあったりと、表には出さないが内心では女子の胸や足を見ていたりとむっつりスケベな要素があるようだ。どういうわけか鍛えてもいないのに強靭な肉体をしていて城之内以上に喧嘩が強くその身体能力はかなりのものだった。出会ったほぼすべての仲間から「デュエルバカ」などと称されるほどデュエルが好きである。精霊の力を自由に使うことができ、カードを実体化させられるが、「使いまくると人生つまらないしあんま頼らない」という考えから無駄うちはしない。記録上に自分のことが目立って残るのを嫌うため、大きな大会ではわざと負けたり手を抜いたりと、舐めプをすることも多々ある。自身が精霊の力に目覚めてからは、その傾向が強くなり大きな大会には全く出ていない。
また恋愛方面に関しては経験がゼロである。というのも、彼の周りにいた女性は、杏子はアテムが好き、舞は城之内、静香はライクの意味だが城之内とその時代では相手すらできず。次にアカデミアでは、明日香は十代、レイも十代、ももえやジュンコはイケメン好き、鮎川先生は吹雪と今回もまた春は来ず。レイからは良き先輩として慕われていたが、十代をおとすためにうまく使われたり、なぜか「女の子にはこうやった方がいい」「こういうところがダメなんです」などアドバイスとダメ出しを受けまくった。結果、コナミここまで春は訪れず。長い期間傍にいるマナに対しては恋愛感情など微塵もなくとも女性としては見ているのでセクハラじみたことを多々行うがすべてマナにより鎮圧されいる。ちなみにマナ自身もコナミへの恋愛感情はゼロである。
また大事なところでミスをしたり活躍をしないことに定評がある。途中で一瞬輝くことはあっても最後の最後は遊戯やアテム、十代などに活躍の場を譲ったり取られている。結局華のある主人公勢には勝てないのだろうか……とコナミ自身もたまに考えることがあり「まさか自分は脇役か！？」と思うことが多々ある。しかしバクラから宿敵扱いされたり一部敵キャラから注目されたりと不運なことも多い。
性格：基本的に軽くふざける。一つのことからいろいろな可能性を考えたりと考え込むことも多い。ただ、ふざけてると言っても仲間思いで、自己犠牲の精神も持っていて相手のこともしっかりと考えている。考え込む癖はあるが、失敗や悲しい出来事を引きずることはあまりない。むしろそれをしっかりと記憶に残してそれを抱えて次のことを考える。自己嫌悪して塞ぎ込んだりすることはあまりない。そのため作中のアテムが消えたときも、悲しくはあるがそれを抱えて前を向いている。
・デュエルスタイル：カードの知識やコンボの知識などが豊富でその知識はGXの三沢をも凌駕していた。さらに昔から周りの人のことを観察していたために人間観察が得意なので、相手の僅かな反応から考えを読み取っていた。その二つを駆使して相手の行動を先読みしてプレイすることに長けていた。しかし決してデータ重視ではなく、時には思いのままプレイしたり直感的にプレイしたりと一辺倒なデュエルはあまりしない。ただ欠点としては、先を読み過ぎて考え込むために慎重になることである。
その他の特徴
・一度寝ると何か大きなことがない限り基本寝続ける
・家の鍵を閉めるなんてことはしない
・他者を見下す者には厳しい（自分は見下さないとは言っていない）
・赤帽子と赤ジャケットは部屋に５着、Dホイールの中に１着といくつかの予備を持つ
・ペガサスにシンクロ召喚のヒントとなることを呟いたりもしている
・決闘竜６体を持っている
・精霊の力により不老不死である
・時系列上のコナミの動き
ペガサスの開いた大会へは謎の体調不良に襲われて参加することはできなかった。この時に、コナミの中で眠る精霊が目覚めようとしていたためその副作用である。
バトルシティ編。コナミも一人の参加者として戦っていた。だがコナミは目立ったり記録上に自分の名前が残るのを嫌がったためパネルカードは６枚集めることなく途中で棄権した。それでもデュエルタクティクスはアテムや海馬も認めるほどで、二人からはライバル視されていた。バトルシップには仲間として乗り込みアテムたちのデュエルを見守った。またバトルシティ予選中に運悪くバクラと当たりフルボッコにしたため、バクラから激しく恨まれている。その後も、アテムを狙うついでのようにコナミも狙われまくった。
ドーマ編。遊戯の魂が奪われ絶望するアテムから離れず、何も言わず彼を守り続けていた。アテムが立ち上がった後は彼と共にドーマの刺客たちと戦う。ダーツとの最終決戦ではアテム・海馬・コナミの三人が組むということも起きた。
エジプト編。この時コナミは、遊戯達と共にアテムの記憶の世界へと飛び出した。アテムの名前を探すために向かった先でバクラと対したときは、遊戯と組んで２対１のデュエルをした。
アテム対遊戯の最後の戦い。二人のデュエルを、仲間たちと共に見届けた。そしてアテムが去るときに彼の使ったデッキを預かり、自分は赤帽子を送った。
アテムが去った後。コナミは双六の店を手伝っていた。そして高校卒業後、プロからの誘いを受けていたが断り、遊戯と共に世界を旅することにした。その旅先で邪神の力に遭遇し、邪神を操るデュエリストがいると思われる日本、童実野町へと帰った。そこで出会ったのは天馬月行と天馬夜行の二人。（漫画版遊戯王Rのアテムがおらずコナミがいるという変更点と一部ストーリーの変更で、基本はRと同じ。機会があればその話も書きたいと思っています）奪われた杏子の魂を取り戻すため、コナミたちは、邪神との戦いへ進んでいく。
邪神封印後。再び遊戯と旅を再開する。旅をしている時に自分の中に眠る精霊が目覚めて、精霊界でその精霊とデュエルをして見事勝利。その精霊のデッキをもらい、コナミはそのデッキを使うようになる。その日はちょうどコナミの二十歳の誕生日で、この日よりコナミは不老不死となり精霊の力をつかえるようになった。またコナミのデッキを巡り海馬と一悶着起きるのだがそれは割愛する。
旅から帰ってくると、海馬に自身の事情を説明する。すると海馬より命令され、デュエルアカデミアの実態調査という目的でアカデミアへと入学する。時期はちょうど三幻魔との戦いが始まる直前だった。コナミの意向でオシリスレッドへと入り、十代とはあっという間に仲良くなる。アニメと違い大徳寺先生の代わりとして七精門のカギを預かりコナミも三幻魔との戦いへ巻き込まれていく。
光の結社編。十代がエドに負けてカードが見えなくなって姿を消したとき、明日香たちと共にオシリスレッドの寮を守る。ちなみにコナミは、セクハラじみた行為を繰り返したりデュエルでは適度に手を抜いたりしていたためクロノスからの評価は十代並みであった。十代帰還後は光の結社の一員となっていた万丈目を倒して取り戻し、十代は明日香を取り戻した。その後十代が斎王と戦い勝利してコナミはその間見守るだけだった。
プロフェッサーコブラによるデスデュエル～異世界編。体力お化けのコナミはいくらデュエルしてデュエルエナジーを吸われようと関係なく、大好きなデュエルを思う存分満喫していた。だが事の重大さに気づくと、十代達と共にコブラを探し研究所へと向かう。コブラ対十代のデュエルを見守り、みんなと共に異世界へと飛ばされる。いつも見る精霊界とは別の異世界のためコナミは戸惑ったが、特に問題はなく、持ち前の体力を生かして何体もモンスターを出して力となった。十代達がアカデミアを出てる間は、万丈目達と共にアカデミアを守る役になる。次々と仲間がゾンビ状態になる中、コナミはデュエルせずひたすら殴って鎮圧していった。その後ユベルに操られたマルタンと戦う十代とヨハンをまたしても見守り、十代達と共に元の世界へと戻る。
ヨハンを取り戻すため異世界へ～覇王十代編。無事元の世界に戻ったコナミ。だがヨハンを犠牲にしたことに傷つく十代を励まし、仲間たちと異世界へと向かう。一人突っ走る十代に不安を覚えるが、彼に付いていき彼の良き相棒として戦っていた。だが、《暗黒界の狂王ブロン》との戦いで明日香・万丈目・吹雪・剣山が消えてしまい、絶望する十代。その時のコナミは、遅れてその場に到着したため巻き込まれず、闇に堕ちていく十代を見つめていた。そして、覇王となった十代。覇王として世界を侵略をしていくその傍らでは、コナミがその右腕として共に戦っていた。
覇王十代が敗北し元の十代に戻り、カイザー・エド・翔と共にヨハンを探していく。融合をつかえなくなった十代と戦い、コナミは彼を本当の意味で元に戻すことに成功する。そして十代対ユベルに操られたヨハン。コナミも参加し二対一となる。そしてユベルが出て来るとデュエルを十代に託し自分はデュエルを降りる。
ダークネス編。この時のコナミは十代の帰りを待ちながら、寮の自分の部屋でだらだらと生活を送っていた。十代帰還後、ミスターTと名乗る男に絡まれ久々のデュエルに力を出したコナミにワンキルされる。そして過去にアカデミアにいた藤原という男のことを知り、十代と共にダークネスとの戦いへ巻き込まれていく。藤原VS十代・ヨハンが繰り広げられている時、コナミは童実野町で伝説のデュエリスト三人と共にダークネスの刺客と戦っていた。
アカデミア卒業後。クロノスの勧めで教員免許を取得している。その後コナミは十代と旅を初めて、一段落すると双六の店で働き始める。子供たちにデュエルを教えたりする傍らで、強者とのデュエルを求めてプロデュエリストたちにデュエルを挑み勝利し続ける。そしてデュエルに満足できなくなり闇堕ち寸前の所を、カイバーマンによりカードが見えなくなるという荒療治で救われる。なお、もしそのまま闇落ちした場合はTF４でいうところのダグナールートまっしぐらである。この時から、コナミはデュエルの時にはソリッドヴィジョンに映る自分のカードは見えなくなった。
ゼロリバースによりシティとサテライトへと分断されるとき、コナミは店をサテライトよりへと移転させていたため、サテライトで店をやっていくことになる。なお店へのゼロリバースからの被害はコナミが《聖なるバリア ―ミラーフォース―》を発動したことでゼロだったが、それにより店の周りの被害は増大した。
その後遊星、ジャック、クロウ、鬼柳達チーム・サティスファクションと出会いメンバーに加入し、デュエルはできないため実践要員として活躍した
そして現在。コナミは千年パズルを見つけ、アテムと共に新たな戦いへと身を投じていくことになる。
『武藤遊戯』：言わずと知れたデュエルキング。現在の所在は不明だが、基本精霊界や十二世界を旅して調査しているので精霊界の影響によりあまり年を取っていないようである。
『アテム』：言わずと知れたデュエルキングにして３０００年前のエジプトのファラオ。なぜかネオ童実野シティとなった現在に甦り、コナミと共に行動する。
『遊城十代』：アカデミアの生ける伝説。コナミ以上に精霊の力を使いこなしていたと思われる。圧倒的なドロー力で多くのデュエリストと激戦を繰り広げてきた。
『不動遊星』：シグナーの１人で元チーム・サティスファクションメンバー。《スターダスト・ドラゴン》をエースモンスターとしてジャンクシリーズを操る。
その他の主な登場人物
『十六夜アキ』：シグナーの１人。サイコデュエリストというカードの力を実体化してプレイヤーにダメージを与える力がある。コナミ曰く「過去最高のボディを持つクール美女」。《ブラック・ローズ・ドラゴン》をエースモンスターとして植物族モンスターを操る。
『ジャック・アトラス』：シグナーの１人でシティに君臨する絶対王者、キング（元）である。《レッド・デーモンズ・ドラゴン》をエースモンスターとしてドラゴン族を基本にパワーデッキを操る。
『クロウ・ホーガン』：後のシグナーの１人。《ブラックフェザー・ドラゴン》をエースモンスターとしてBFシリーズを操る。
『龍可』：シグナーの１人。デュエルはあまりしないが、精霊の姿を見ることができる。
『龍亜』：龍可の双子の兄。《パワー・ツール・ドラゴン》をエースモンスターとしてD（ディフォーマー）シリーズを操る。
『マナ』：《ブラック・マジシャン・ガール》の精霊で、その正体は三千年前のエジプトに生きたマナの生まれ変わりである。最初は遊戯の精霊だったが本人の意志でコナミの方へ付いていく。コナミからよく胸を触られかけるがすべて阻止ししている。
ヒロイン枠
『宮田ゆま』：アカデミアの生徒。ヒーローデッキを操るまるで十代の女の子版のような子。コナミに何度も危機を救われ、コナミを自身のヒーローのように思っている。
『藤原雪乃』：アカデミアの生徒。高校生とは思えない大人っぽさと妖しい言葉遣いで男を手玉に取る。コナミのデュエルに惹かれてコナミをマークしている。デッキは《終焉の王デミス》を切り札としたデミスワンキル。
『ツァン ディレ』：アカデミアの生徒。ここまで登場回数は一回だが一応ヒロイン候補である。WRGPからはさらに登場するはずである。六武衆シリーズを操る。
ライバル・敵
『バクラ』：ダークシグナーとして甦ったアテムの宿敵。バトルシティでコナミにデュエルで完敗して以来コナミをアテム並みに敵視している。使用デッキは不明だが、現在は三邪神を操るデュエリストである。
作中用語解説
・精霊：デュエルモンスターズの精霊の事である。限られた人にだけ見えて大体そういう人には自身の持つカードから精霊がいる。
・精霊の力：万能、ご都合主義の塊である。この力を完璧に使えるのはコナミ・十代・遊戯・アテムぐらいであろう。ディスクにカードをセットすればそれを実体化させることができる力のこと。ただし好きに何枚も使えるわけではなく、一枚使うたびにかなりの体力を消費する。コナミでも、使えて２０枚が限界である。ただしカードの種類によっても体への蓄積疲労は変わるので、一概に「この人は○枚使える」と決めつけはできない。ライフ回復系のカードを使うと、人の目に見える傷などを治すことは可能だが、出ていった血や骨の復元などはできない。また心臓病やがんなどの病気を治すことはできない。ただし普通の傷などに使えば治せるが、使いすぎると人間の自然治癒の力を弱めるため使いすぎることは後々響くので注意が必要。
精霊界：《正義の味方 カイバーマン》が王となって統治している世界には、コナミはすきに行くことができる。他にもいろいろな世界があり、全てを探すのは不可能ともいわれる。この世界では、精霊の加護で成長速度が遅くなるのでずっと過ごしていると浦島太郎状態になってしまうかもしれないので注意が必要。そのため遊戯は未だ３０になっているとかなっていないとか。
宝札シリーズ：《天よりの方札》《命削りの宝札》《運命の宝札》などの大量ドロー効果を持つシリーズ。その強すぎる効果から生産中止となっていて入手は困難。そのために制限止まりなのでアテムやコナミからすればラッキーである。
以上が２６話現在での設定です。何か抜けてる気しかないんですが、随時更新していくと思います。次にキャラ設定または時系列整理などをするのはダグナー編終了またはWRGP開始ぐらいを考えています。