２０５０年初頭今までの細胞とは違う作りの細胞「オラクル細胞」が発見された。それらは急速に進化し地上のあらゆるものを取り込みやがて人類に牙をむけた。オラクル細胞の捕食能力の前に既存の兵器は通用せず人類は徐々に追い詰められた。そんな中生化学企業フェンリルがオラクル細胞を使用した武器「神器」を作り人類は荒ぶる神に対抗する力を持つ神器 に選ばれし者を、神を食らうもの「ゴッドイーター」と呼んだ。これは彼らゴッドイーターたちの話である。
ここフェンリル極東支部管轄サテライト拠点「フミヅキ」は世界で唯一アラガミ出現前の建造物、文化を残している支部である。アラガミ出現よりも早く藤堂カオル、通称学園長が開発した菌などの浸食にとても強い抵抗を持つ装甲の開発に成功していたおかげによって初期のアラガミの捕食活動の影響をほぼ退けることができた。装甲が利かなくなり始めたころ第一世代型神器が開発されひとまず安息の日々ができた。その後学園長は自分が経営する文月学園で神器に適合する生徒を探したり、オペレーターなどができる生徒の育成に力を注いだ。そのほかにも一般人が使える対アラガミ用兵器を作った。これは簡単に説明すると昔の軍隊が使ってた銃にアラガミの細胞でコーティングしたものである。殺傷力は極めて低いがダメージを与えることができる。そして本日ここフミヅキ初の
第二世代型神器使いが誕生する。
学「緊張するほどあんたは賢くないさね、さあ大の前に立ちな」
？「・・・はい」
学（ふうん、学園一のバカでもきんちょうするものかね）
？（痛み的にはパッチテストくらいっていうけど・・・パッチテストってなに？）
彼の名前は吉井明久、学園一のバカである。彼の姉はここ初の神器使いでその驚異的な適合力で第一世代型神器使いでありながら、フェンリル極東支部独立支援部隊「クレイドル」部隊にスカウトされた。その影響なのか彼も神器との適合力が高い。
明（まあとりあえずやるか・・・大切なものを守るために）
彼は台座の上に手をのせると両サイドから腕輪がつき装着された。
明（あれ？全然痛くないや）そう思った矢先、天井にあった不思議な機械からドリルが出てきて彼の腕輪に突き刺さった。そのとたん、彼のからだじゅうを鋭い痛みが駆け巡った。
明「ぐあああああぁぁぁぁ！」明久はたまらず叫ぶ。
明（なにこれ、痛みがすごくて新境地を切り開いてるよー！）
しばらくすると痛みが治まり神器を自由に動かせるようになった
学「おめでておう。あんたがここ初の新型神器使いさね」
今日僕は神器使いになったよ。今度こそ守って見せるよ。
優子、秀吉
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