＜メガトロンのアジト＞
一行が進んでいる中、突然ライノックスのメタルスメモリが光りだした。
ラ「こ、これは！」
ライノックスは驚いた顔になった。
ダ「どうしたんだ？」
ラ「急ぐんだな！」
ビルボ「どうしたんだよ？」
ラ「実は僕のメタルスメモリにはいろいろわかるようにいろんな機能を施してあるんだな。」
ダ「だから、それがどうかしたのか？」
ラ「アリスがプロテクトを解除した。このままだと彼女が大変なことになるんだな。」
ビルボ「なんかよく分からないけど急いだほうがいいのか？」
さ「お願いします。」
ゴ「うおー！俺頑張る！」
ゴモロックは勢いよく壊しまくる。
ラ（間に合えばいいが・・・・）
一行は急ぐ。
＜メガトロン対アリス＞
メガトロンとアリスの交戦は長く続いていた。
メ「な、なんだこれは・・・」
メガトロンは思わぬ抵抗に驚いていた。ガルバトロンボディには相手の強さをガルバトロン基準に割り出すシステムを組み込んでいた。ほとんどのトランスフォーマーは変化することはない（合体戦士は除く）。しかし、アリスの数値が急に上昇をし、同時に彼女のファイヤーパターンが赤く発光したのだ。
ア「あなただけは・・・・あなただけは絶対に！」
アリスは、距離を置いた後武装をイオンブラスターに切り替え射撃を行う。対するメガトロンはミサイルに切り替え迎撃する。
メ「調子に乗りおって小娘が！メガちゃん怒っちゃったもんね～！トランスフォーム！」
メガトロンはドラゴンモードになりアンゴルモアファイヤーを放つ。アリスは避けながら射撃を行いメガトロンとの距離を詰める。
ア（この調子で・・・・・！？）
アリスは戦闘中にある違和感を感じた。
ア「何・・・これ？」
目がおかしい。アリスはよく知らなかったが外の世界の人間でいうセンサーのようなものが目に映っていた。武装によるものではない。それで動きを鈍らせたところをメガトロンは逃さずガルバアックスを投げた。アックスは頬を傷つけた。
ア「ちぃ！」
アリスは改めてイオンブラスターを構える。しかし、メガトロンは驚きの表情をしていた。
メ「お前・・・人間ではなくなったのか？」
ア「？何を急に。」
メ「だって、お前に顔から流れているのエネルゴンじゃん？ブルーベリーヨーグルトじゃないよ？エネルゴンだよ。」
アリスは自分の頬から流れる血をふき取ってみる。
ア「！？」
アリスは驚いた。血は赤ではなく、明るい紫色に光る奇妙な液体だった。以前コンボイが重傷を負ったとき同じ色の液体が流れていたのを思い出す。あまりのショックにアリスはその場で動けなくなってしまった。
？「アリスー！」
上空から魔理沙がフュージョンカノンをメガトロンに放つ。思わぬ不意打ちにメガトロンは怯む。霊夢がアリスのそばに駆け寄る。
霊「あんた一体・・・」
ア「なっちゃった・・・。」
霊「はあ？」
アリスの気が抜けたようなセリフに霊夢は違和感を感じたが彼女の顔を見るなり見当がついた。魔理沙は早苗と勇儀と一緒にメガトロンを相手にしていた。
ア「私、本当になっちゃったんだ・・・。覚悟はしていたけど・・・」
霊「・・・そう。」
ア「コンボイも殺された・・・私には・・・もう・・・」
アリスは、あまりのショックに涙が流れてきた。
霊「それでどうするの？」
ア「え？」
霊夢の一言にアリスは顔をあげる。
霊「確かにコンボイが死んだのも悲しいし、あなたが・・・なんて言うかトランスフォーマーっぽい奴になったのはショックだろうけどそれで泣いてどうにかなるの？」
ア「それは・・・」
霊「コンボイは私達の世界を救うために戦った。それを苦労を踏みにじるつもり？」
霊夢の問いにアリスは答えられなかった。
霊「まあ、私が言えるのはこれくらいね。」
そのとき、魔理沙から通信が入る。
魔「霊夢！合体だ。少なくとも今よりはマシになる。」
霊「わかったわ。・・・と言う訳だから私も行くわ。後はあなた次第よ。」
霊夢はアーマーを切り替えその場から去る。
ア「私次第・・・。」
そのとき、アリスは近くに転がっていたコンボイの亡骸を見る。
≪機体照合確認、識別コンボイ。レベル大破。スパーク消滅。コレハモウダメダナ～。≫
ア「・・・・・・。」
アリスは立ち上がりコンボイの亡骸を抱き上げる。コンボイの体はあちこち弾傷でへこんでおりマスクも歪んでいた。
ア「ごめんなさい、コンボイ。私の事を大切に思ってくれたのに・・・。」
アリスはそっとコンボイの口に口づけした。もう一度会いたい。その気持ちで胸がいっぱいだった。最初に会った時、一緒に生活していた時、告白したときを思い出す。
ア「え？」
そのとき、光がアリスを包み込んだ。
＜マトリクスゾーン＞
コンボイは何もない空間を漂っていた。
コ「私は・・・負けたのか・・・。」
コンボイは恐怖というものはなかった。かつて自分はここへ何度か来たことがある。かつては地球で、かつてはオラクルの導きで。
やがて光が集まるところにたどり着いた。すべてのスパークはここで生まれ、死ねばここへ帰ってくる。
コ「・・・・還る覚悟はできている。」
コンボイは光の中へ進んでいく。
？「本当にそれでいいのか？」
コ「むっ！？誰だ！」
コンボイはあたりを見回す。しかし、誰もいない。
？「ははは、ここだよ、ここ。」
光の渦の中からだ。コンボイは警戒する。
？「そう警戒しなくてもいい。私は君の敵ではない。」
光の中から何かが現れた。
コ「あ、あなたは！」
コンボイは驚く。赤いボディ、旧サイバトロンのエンブレム、そして自分と同じマスク顔。
コ「初代コンボイ！」
その姿はまさに自分の偉大なる先輩でありサイバトロンのリーダー、初代コンボイその人だった。
初コ「君の活躍はここで見させてもらっているよ、コンボイ。私と同じ名を持つものよ。」
コ「さ、先ほどは失礼しました！」
コンボイは頭を下げる。
初コ「気にしなくてもいい。しかし、コンボイ。本当にこのままここへ来てもいいのかい？」
コ「それはどういうことですか？」
初コ「君はまだやり残したことがあるだろ？」
初代コンボイの言葉にコンボイは驚く。
コ「そこまで知っておられるのですか？」
初コ「君の幻想郷での戦いも知っているよ。（ガルバトロンまでいるのは驚いたけど・・・）」
コ「でも私は・・・」
初コ「ああ、君は確かに死んだ。そしてここに来た。でも、もうすぐ迎えが来るよ。」
コ「迎え？」
初コ「君を大切に思っている人だよ。」
初代コンボイの言葉にコンボイは混乱した。アリスは人間ではないがトランスフォーマーでもない。だからここへ来ることはない。それは当たり前の事だ。だが
？「コンボイ！」
聞き覚えのある声が聞こえた。振り向くとそこにはアリスがいた。
コ「アリス！どうして・・・」
コンボイが言い終わる前にアリスは抱き付いた。
ア「もう会えないと思った・・・。」
コ「初代コンボイ、これは一体・・・！」
コンボイはライノックスの言葉を思い出した。
コ「私のせいだ・・・。私のせいで君は・・・」
ア「言わなくていい、私が選んだ道だから。」
アリスはコンボイを責めなかった。それからしばらく落ち着いて訳を話した。
コ「そうだったのか・・・。」
ア「ごめんなさい。あなたの気持ちも考えないで。でも、私は後悔なんてしていないわ。こうして、あなたを連れ戻すことができたんだから。」
アリスは涙をふき取りながら嬉しそうに言う。
初コ「彼女の言う通りだ。もし、彼女がここに来なければ君は帰ることはなかった。」
コ「しかし、私の体は・・・」
初コ「これを開放するんだ。」
初代コンボイは胸の装甲を開けある物を取り出す。
コ「それは！」
初コ「そう、リーダーの証のマトリクスだ。」
初代コンボイは光輝くマトリクスをコンボイに渡す。
ア「綺麗・・・」
初コ「さあ、マトリクスを開放するんだ。」
コ「はい。」
コンボイはマトリクスを開こうとする。しかし、マトリクスはビクともしなかった。
コ「やはり、私にはそんな資格は・・・」
初コ「私は君一人に解放しろとは言っていない。彼女と一緒に解放するんだ。」
ア「私と？」
アリスは恐る恐るマトリクスに振れる。するとマトリクスはこれまでにないほど輝きを増す。
コ「アリス・・・。」
ア「うん。」
二人はマトリクスに力を込める。するとマトリクスは開き始め光が二人を覆いこんだ。
初コ「後は君たち次第だ。頼んだぞ。」
＜デストロンシティ＞
霊夢たちは戦闘中に合流したスパイチェンジャーと共にメガトロンと交戦したがメガトロンは更に魂を吸収、巨大化し、アンゴルモアファイヤーで焼き払った。
メ「全く、貴様らの抵抗が激しいせいでこのデストロンシティももう見る影もなくなってしまったではないか。立て直すのに苦労したんだぞ～もう！」
メガトロンは残念そうに言う。
魔「つ、強すぎる・・・。」
早「もう、動けません・・・。」
ロードシーザーは強制的に合体が解除され三人は倒れた。
アート「おい、ファイヤーコンボイはまだか！」
スパイチェンジャーのリーダーアートファイヤーは言う。
イーグル「それがブラックコンボイとの戦いでのダメージが予想以上に酷くて・・・」
サブリーダーのイーグルキラーが言う。
アート「彼が来るまで持ちこたえるんだ！」
スパイチェンジャーたちは再び攻撃を始める。
メ「ふん、そんな攻撃が・・・・？」
メガトロンはアリスがいた辺りが光に包まれているのに気がつく。あそこにはコンボイの亡骸もある。
メ「あれは一体なんだ？」
メガトロンは光の方へ向かっていく。
霊「いけない！あそこにはアリスが！」
霊夢は変形し、移動しながら攻撃する。
メ「小賢しい！メガトロン、トランスフォーム！」
メガトロンはドラゴンモードに変形し
メ「アチョー！」
アンゴルモアファイヤーを放った。霊夢は炎に包まれ動けなくなる。
霊「このままじゃ・・・」
メガトロンは光の目の前に来た。
メ「あの子娘め、一体何をしているかわからんが・・・・」
メガトロンは拳を振り上げる。
メ「眩しすぎて何も見えんわー！」
光に向かって拳をつきだした。全員が目を瞑る。それと同時にライノックスたちがたどり着いた。
ラ「みんな大丈夫かなんだな！」
霊「アリス！」
誰もが沈黙した。しかし
メ「あれぇ！？」
メガトロンは驚いていた。光の中から自分よりも一回り大きい拳が自分の拳を受け止めているのだ。光は徐々に晴れその全貌が明らかになっていく。
赤と青でまとまった巨大な体。そして、紅いが見覚えのある顔。しかし、マスクは既に展開されていた。
こ「コンボイおじさん？」
早「コンボイさん？」
メ「コンちゃん！」
一同は目を丸くした。そこには巨大化したコンボイ？が立っていたのだ。
コ「待たせたな、メガトロン。」
コンボイはゆっくり顔をあげる。それには怒りの感情が現れていた。
コ「これからが本当の・・・・」
ア「私たちの・・・・・・」
コ・ア「「戦いだ！」」
デジモンストーリー続編できるのを望む。