ヒナ（相棒は色違いリザードン）
初期能力
・波動
・ポケモンの懐きやすさ
今作の主人公。前作メインキャラであった【サトシ】の妹。
初期ポケモンはリザードンとピチュー。リザードンは子供のころにミュウから貰ったたまごが孵化したときに出会った。ピチューはイッシュ地方で捨てられていたところにいた。スーパーマサラ人としての力は無自覚。アーロンの弟子でもあるため、波動の力は軽く使える。ヒビキやシルバーを一緒に抱えて歩くことぐらい簡単にできる程度の力の持ち主。
相棒であるリザードンは頼れる姉的な存在。そしてピチューはたまにツッコミ役でいろいろと苦労したりフォローしたりできる器用貧乏。
前作にて、アクロマの作り出した双子にいろんな意味でトラウマを刻まれている。そのため、リザードンやピチューは仲間や家族を傷つけるために攻撃したくない。守る意味で強くなりたいと誓っている。そしてこの事件が原因で、悪党は許すことができずにいる。だが攻撃を仕掛ける前にシルバーがいた場合、先に彼が暴走してしまうのではないかと心配してしまうぐらいは心に余裕があるはず。
ヒビキ（相棒はゾロアーク）
初期能力
・ツッコミ
・苦労人
今作のライバル。前作では憧れであったサトシの妹であるヒナにちょっかいを出したり苛めたりしていたせいでヒナの相棒でもあるリザードンの進化を促してしまった。その一件はある意味黒歴史。気になる子をいじめちゃう小学生的な思考だっただけのこと。
相棒であるゾロアークはイリュージョンを駆使したいたずらっ子。ジョウト地方時代、ヒビキを落とし穴に落とすのは当たり前。
一応マサラ人だが、トレーナーになるまでの四年間ジョウト地方にいたせいか、たまに別地方から来たトレーナーだと思われることもある。ツッコミと苦労人なのは主にシルバーが鍛えてくれたせいでもある。イリュージョンでヒナたちのフォローに回ったり、事件を解決するために手伝ったりと、何かとお人好しな面もある。
シルバー（相棒はチルタリス）
初期能力
・ポケモン知識
・暴走の破壊人
今作のライバル。前作ではジョウト地方の学校にてヒナやヒビキと出会った。ポケモンの知識はかなり持っているため、育成やバトル戦略に優れた行動をする。だがそのせいでチルタリスに過剰な攻撃能力を与えてしまったため、彼のポケモンによる【はかいこうせん】は文字通り破壊光線。前作にて大きな船が沈んだこともあるぐらい力は強い。ある意味サトシと似ている部分もある。
相棒であるチルタリスはシルバーと同じくボケ。はかいこうせんで何が起きても気にしない。勝てばいいんだ勝てば。
父親が元悪党の集団であったロケット団のボス。だが前作にてサトシが金儲けとポケモン収集を別の形で昇華させてしまったため、大発展した企業に変化した。そのせいで悪を望む新生ロケット団が誕生してしまった。シルバーはロケット団に悪しきイメージを植え付ける新生ロケット団を憎んでいる。そのため奴らが目の前で悪事を働いていたら問答無用ではかいこうせん。全部吹っ飛ばす勢いで攻撃を仕掛けるそれはまさに疾風怒濤。
サトシ（相棒はピカチュウ）
初期能力
・ポケモンマスター
・最強ではない最恐
今作ではボス的存在。いろんな地方を駆け巡る忙しい人。一応シロガネ山を家として過ごしてはいる。
前作にて、伝説ポケモンに対してポケモンではなく自分の拳で一撃必殺しちゃった経歴の持ち主。もはやこいつ自身が伝説ポケモンなのではないかと皆が疑っている。
様々なポケモンを育てて強くしているが、正直まだまだ限界が見えていない。新しい技があれば試して、自身でも新しく製作したりする。ポケモンマスターになったけど、トレーナーとして未熟な部分がたくさんあるのだと考えてはいるが、それはどうなのだろうかと妹たちは思っている。そしてポケモンマスターであるサトシには嫁と娘がいるらしいけど…？？？？
いろいろと謎が多いトレーナーでもある…はず。
ティナ（通称、ギラティナ）
初期能力
・変人
・伝説だけど伝説と言えない
今作では人間にもポケモンにもなるいつも通り変わらない変人な伝説ポケモン。というか出番はあまりないかもしれない。
サトシやヒナと同じポケモンがゲームやアニメ媒体だった世界から転生した。人間だった頃の記憶は忘れることはないけれど、サトシのせいでフラグがぶっ壊れることが多々あったため意味はない。
アーロンとは悪友。でもいつだって殴られる。ヒカリやポッチャマには呆れられ、シェイミとルカリオにはツッコミ入れられること多し。ヒナと共に旅をしていた時期も似たような感じだった。変人だけど孤独を嫌うため、わざとやることもしばしば。
昔、ポケモンとしての存在意義を突っぱねたことによって反転世界が崩壊しかけたことがトラウマとなっているため、世界崩壊の危機やディアルガやパルキアの喧嘩のせいで反転世界が汚れることを嫌う。というか激怒すること間違いなし。
まあつまり、伝説とは言えない伝説ポケモンである。