少し数日前に話を遡る。
童実野町(どみのちょう)と言う町にある新しく出来たデュエルアカデミア童実野校で明日香は教師をしている。とは言うものの、彼女がアカデミアの教師になってからそこまで年数が経っていないのでまだまだ駆け出しではあるが。
ある日彼女が授業を終えて帰宅する時のことだった。ベレー帽を被った船の船員に近いような格好をした男３人が明日香を取り囲んだ。仮名として、この男３人をアカデミア兵と名付けよう。
明日香
「あなた達は何者？」
アカデミア兵
「我々は暗黒の次元より放たれた尖兵だ。まもなく全ての世界は我々により侵略の時を迎える。さぁ、今なら見逃してやる。抵抗するなら・・・。」
そう言うとデュエルディスクを構えるアカデミア兵３人
明日香
「いいわ。そこまで言うなら相手してあげるわ。」
明日香
アカデミア兵×３
「「「「デュエル！！」」」」
デュエルは明日香の１ターン３キルで決着が着いた。
アカデミア兵３人は黒い煙に包まれ消滅する。
明日香
「一体何だったのかしら？」
明日香は疑問に思いながら再び家路に向かう。すると、今度は巨漢の大男がアカデミア兵を大量に連れて現れた。その大男は刑務所の看守長の格好をし、太った体系で大柄で髭を生やしては時折鼻毛を抜いてはフッと息を吹いて飛ばしている。
明日香
「みっともないわね。」
？
「これは随分威勢のいいお嬢ちゃんだな？尖兵をまとめて倒しただけのことはある。」
明日香
「あなたもさっきの人たちの仲間？」
？
「まぁそうだ。俺は鷹栖。かつてネオ童実野シティの監獄で看守長をしていた男さ。」
明日香
「ネオ童実野シティ？意味が分からないわね。」
鷹栖
「ここより数十年未来の場所らしいからな。俺はある男にデュエルで敗れ職を失っちまった。どこにも行く宛がなく路頭に迷い、いつも人目のない場所をただひたすら歩き続けた。そんな時だった。１人の男が俺に声をかけてきた。」
鷹栖回想
鷹栖の前に現れるMr.T
明日香
「１人の男？」
鷹栖
「ああそうさ！ソイツに力を分けてもらった時は驚いた！！全身から今まで感じたことのないエネルギーが湧き出てきたからな！そこから俺の支配は再び始まりを迎えるんだ。さて、たっぷりいたぶってやるから覚悟しな。」
明日香
「くっ！」
明日香を襲おうとディスクを構える鷹栖。そんな時１つの一撃が鷹栖をぶっ飛ばしそれは周りのアカデミア兵たちにも及んだ。
鷹栖
「ぐあああああ！！」
消滅する鷹栖。周りのアカデミア兵たちも一瞬で消滅した。１人の男が明日香を救う。明日香はこの男の名を知っている。男は金髪の髪に赤の髪を交え、黒のタンクトップを着ている。
明日香
「あなたは確か・・・。」
男
「僕の名前を知ってるみたいだね。でもちゃんと自己紹介しなくちゃね。僕の名前は武藤遊戯。よろしく。」
武藤遊戯。それはデュエリストなら誰もが知っている伝説のデュエリスト。かつてデュエリスト王国でペガサスを倒し、バトルシティでマリクを倒し優勝して初代デュエルキングの称号を得た男だ。その名は明日香の母校デュエルアカデミアにも届いており、明日香たちの卒業デュエルでは賞品として彼のレプリカデッキが贈呈される程だった。
明日香
「何故あなたがここに？」
遊戯
「どうやら悪いヤツが世界を支配するために動き出そうとしているみたいでね。そのためにいろんな世界から心に闇を持ったデュエリストを見つけては漬け込んで兵にしているみたいなんだ。でもまだ黒幕の手掛かりは掴めてないから、僕の友達に頼んで手伝ってもらって情報交換をしてもらってるところさ。」
明日香
「それで何か情報は得られたのですか？」
遊戯
「ああ。奴等の居場所なら突き止めたところさ。これから友達と合流するために向かおうとしたら君が襲われそうになってたって訳さ。」
明日香
「十代。あなたがどこにいるか分かっていたらこのことを真っ先に伝えてあげたいわ。そうしたらきっとすぐ飛び出していくわね？」
遊戯
「どうやら君は十代君の友達のようだね。彼も自分の道を歩き続けている。この話を聞いたら迷わずに来ると思うよ？さぁ、時間がない。僕と一緒に行こう。」
明日香
「えっ？私もですか？」
遊戯
「またいつ狙ってくるか分からないからね。十代君ともう一度会えるまで僕が君を守ってあげるよ。」
そして、遊戯と明日香は暗黒次元に向かう
回想終了
遊戯、誰かと連絡を取っていて明日香に現状を伝える。
遊戯
「友達とは無事に連絡とれたよ。彼に頼んで何とか仲間は集められたようだ。もう直到着するってさ。」
明日香
「それは良かったです。ところで遊戯さんの友達の名前は何て言うのですか？」
遊戯
「連絡取ってた友達のことかい？彼の名前は藍神君。まぁ本当は違う名前だけど、こっちの名前で通してくれって言われててね。彼とも最初はいろいろあったけどね。」
明日香
「そうなんですね。遊戯さん、私何だか感じるんです。その恐いとかそう言うのじゃないんですけど。」
遊戯
「もしかして十代君？」
明日香
「はい。彼もここに向かってる気がして。」
ここから数十キロ離れた場所。十代たち一行は無事に暗黒次元に到着した。
十代
「ここが暗黒次元か。」
ゴーシュ
「何だかシケた場所だな。」
素良
「ホント。不気味すぎて嫌になっちゃうよ。」
藍神
「仲間との連絡は取れた。これから合流する。」
赤馬
「そうか。」
海馬
「フン。この俺様をこんなふざけた場所に連れてくるとはとんだ茶番だ。虫酸が走る。」
ペガサス
「そう、結論を急いでは行けまセーン。私達は一刻も早く榊遊勝を救出しなければなりませんから。」
十代たち一行が到着したことを遠くで確認する１人の紳士。彼は明るい色のハットとスーツを身に纏いオシャレな眼鏡をかけていた。彼の名は、Mr.ハートランド。かつてハートランドシティの市長を勤めていたが、その裏ではDr.フェイカーの側近として部下にナンバーズを集めさせたり、ベクターの元で地上世界をバリアン化させようとしたりとなかなかの悪党である。彼もまた消滅し暗黒次元にて邪悪なエネルギーにより暗黒次元の兵として蘇った者の１人である。
ハートランド
「さて、役者は揃ったようですね。では始めましょうか。イッツ、ショウターイム！！」
ハートランド、叫ぶと共にステッキを上空に掲げる。そして暗黒次元全域に邪悪な光が降り注ぐ！！
暗黒次元の戦いの火蓋が今、切って落とされた！！