ここは何処かの別の空間のような場所。そこで１人の女が男と話している。
女
「ズァーク。あなた何をするつもりなの？」
ズァーク
「あ゛？レイ。お前には関係ないだろ？」
どうやら女の名はレイと呼び、男の名はズァークと呼ぶようだ。そしてレイはズァークに訴えかけるのであった。
レイ
「私たちは今こんなことしてる場合じゃないはずよ！？」
ズァーク
「関係ねぇって言ってんだろ！？いいか！？俺はただ自分が面白いと思った方向に走る。ただそれだけだ。」
ズァークはレイにそう言い放つと何処かへ消えてしまう。そして、その話を思い出しながらカードを見るフードの男。そう。彼こそがズァーク。このお話しでは暗黒次元の遊矢と言うことになる。
ズァーク
「なかなか派手に盛り上がってるな。後で混ぜてもらおうか。」
そして、レイと呼ばれる女は暗黒次元の柚子と言うことになる。彼女は今白髪で長髪の男の手によりカプセルに封印されている。
男
「まもなくこの私ドクトルの研究は完成する。あなたには私の研究の実験台になってもらいますよ？レイ様。」
程なくして、シンクロ次元とエクシーズ次元から瑠璃とリンが仲間を連れて暗黒次元へと到達する。リンは蟹のような髪型をした黒髪で顔にマーカーのような物を付けている男と一緒に来ており、瑠璃は兄の黒咲隼と神代凌牙の双子の妹である神代璃緒と共に来ていた。これで暗黒次元にスタンダード次元の柚子、融合次元のセレナ、シンクロ次元のリン、エクシーズ次元の瑠璃と４つの次元の柚子が揃うことになる。４人の同じ顔をした少女が暗黒次元に揃った時、カプセルで封印されて意識を失っていたレイがふと目を少し開く。すると、柚子、セレナ、瑠璃、リンのブレスレットが激しく光り出すと彼女たちは何者かに意識を乗っ取られたかのように器のような表情になってしまった。その様子をそれぞれの場所で一緒にいた仲間は誰もが驚いた。
赤馬
「柚子、どうした？一体何があった？」
柚子
「もうすぐ悪魔が目覚める。」
セレナ
「その前に、」
瑠璃
「何としても」
リン
「私の力を解放して。」
黒咲
「おい！瑠璃！！何があった？」
璃緒
「ダメよ、黒咲。瑠璃は今何者かに意識を乗っ取られている。」
黒咲
「どうすればいい？」
黒咲が璃緒に尋ねると、璃緒はバリアン形態へと姿を変えて答えた。
璃緒
「ここは私に任せて。」
黒咲
「なっ！？」
一方、赤馬零児一行。状況を冷静に分析している赤馬の前に吹雪が前へ出る。
吹雪
「さぁ。君の話は僕が聞こうか。」
そして、十代一行では。
ユベル
「十代。おそらく彼女はセレナではない。」
十代
「ああ。俺もそう思ってた所だぜ。」
そう言うと十代はセレナの前へと出る。
十代
「なぁ。アンタ、セレナじゃないだろ？」
そんな中、リン達の元ではたまたま近くにジャックが飛ばされてたのか、ジャックがホイール・オブ・フォーチュンに乗って姿を現す。
ジャック
「遊星！？お前遊星か！？どうしてここに！？」
男の名は遊星。本名、不動遊星。元は遊戯王デュエルモンスターズの数十年後の世界の人間である。またの名を5D's次元出身のデュエリストと言っておこう。彼の住む場所はネオ童実野シティと呼ばれており、童実野町の文明が発展し更なる進化を遂げた場所である。かつてはルドガー・ゴドウィンが引き起こしたゼロリバースによりシティとサテライトが分断されてしまったが、遊星とジャックとクロウがダークシグナー編のボスことレクス・ゴドウィンを倒したことによりサテライトとシティは１つとなる。その後はイリアステルの手によりシティが抹殺されそうになるも、その原因は破滅の未来を救うためにゾーンが警告するために行われたものだった。やがてゾーンを倒した遊星が科学者となりシティを変え、ゾーンの言う破滅の未来は回避されることとなる。そして、現在ではシンクロ次元のシティの再生にも力を貸しておりその関係でシンクロ次元のジャックやクロウ、イェーガーなども知り合いとなっている。
遊星
「ジャックか。話はあとだ。リンの様子がおかしい。」
ジャック
「リン！？何故お前がここにいる！？」
リン
「時間がない。早く私を目覚めさせて。」
遊星
「どうやら何者かに操られているようだ。」
ジャック
「ならば俺が正気に戻してやる！！リン！！俺とデュエルだ！」
リン
「コモンズ出身のデュエルキング、ジャック・アトラス。あなたなら私の力を解放してくれそうね。」
ジャック
「どうやら俺のことも知ってるみたいだな。」
リン
「さぁデュエルよ。かかって来なさい。」
ジャック
「フン。言われるまでもない！！」
ジャック
リン
「「デュエル！！」」
ジャック LP:4000
リン LP:4000
リン
「私から行くわよ。私は魔法カード 風を告げる鈴の音を発動。その効果で手札のWW(ウィンド・ウィッチ)アイス・ベルと同じ名前のモンスター１体をデッキから特殊召喚する。そして手札のアイス・ベルも通常召喚。このモンスターの召喚・特殊召喚に成功したターン、相手プレイヤーに500ポイントのダメージを与える。まずは１体目の効果発動。」
ジャック
「フン。」
ジャック
LP:4000→3500
リン
「続いて２体目の効果発動。」
ジャック
LP:3500→3000
リン
「私のフィールドにWWが２体以上存在する時、手札からチューナーモンスターWWスノウ・ベルを特殊召喚できる。私はレベル３のアイス・ベル２体にレベル１のスノウ・ベルをチューニング！真冬の風よ、雪も氷も我が力として吹き抜けよ！！シンクロ召喚！！現れよ！！WWウィンター・ベル！！」
WWウィンター・ベル
ATK:2400
リン
「ウィンター・ベルのモンスター効果！！１ターンに１度墓地に存在するレベル４以下のWW１体を選択しその効果を発動する。私はアイス・ベルを選択し、相手プレイヤーに500ポイントのダメージを与える。」
ジャック
LP:3000→2500
リン
「私はカードを１枚伏せてターンエンド。さぁ次はあなたのターンよ。」
ジャック
「フン。貴様の凍てついた魂など俺のバーニング・ソウルで溶かしてくれる！！俺のターン！！まずはカードを１枚伏せる！！そしてチューナーモンスター レッド・リゾネーターを召喚。レッド・リゾネーターの召喚に成功した時手札から攻撃力を半分にしてレッド・ウルフを特殊召喚！！俺はレベル２のレッド・リゾネーターにレベル６のレッド・ウルフをチューニング！！王者の咆哮、今天地を揺るがす。唯一無二なる覇者の力をその身に刻むがいい！シンクロ召喚！荒ぶる魂、レッド・デーモンズ・ドラゴン・スカーライト！」
レッド・デーモンズ・ドラゴン・スカーライト
ATK:3000
リン
「罠発動！！迷い風！！レッド・デーモンズ・ドラゴン・スカーライトの効果を無効にし攻撃力を半分にする！」
ジャック
「カウンター罠 レッド・バニッシュ！！自分フィールドにレッドモンスターが存在する時このカードはセットしたターンに発動することが出来る！！」
リン
「セットしたターンに罠！？」
ジャック
「相手が魔法罠を発動した時、その発動を無効にし破壊する！！」
リンが発動した迷い風が無効にされ破壊されたことによりレッド・デーモンズ・ドラゴン・スカーライトの効果と攻撃力は現状のままとなる。そしてジャックのターンは続く。
ジャック
「レッド・デーモンズ・ドラゴン・スカーライトの効果発動！このカード以外の、このカードの攻撃力以下の特殊召喚されたモンスターを全て破壊する！その後、破壊したモンスターの数×500ポイントダメージを与える！アブソリュート・パワー・フレイム！」
リン
LP:4000→3500
ジャック
「自分フィールドにシンクロモンスターが存在する時、このモンスターは手札から特殊召喚できる。俺はチューナーモンスター、シンクローン・リゾネーターを特殊召喚！！俺は、レベル１のシンクローン・リゾネーターにレベル８のレッド・デーモンズ・ドラゴン・スカーライトをチューニング！！深淵の闇より解き放たれし魔王よ！！その憤怒を爆散させよ！！えん魔竜 レッド・デーモン・アビス！！」
えん魔竜 レッド・デーモン・アビス
ATK:3200
ジャック
「バトルだ！えん魔竜 レッド・デーモン・アビスでリンにダイレクトアタック！深淵の怒却拳(アビス・レイジ・バスター)！！」
リン
「きゃああああ！！」
リン
LP:3500→300
ジャック
「えん魔竜 レッド・デーモン・アビスのモンスター効果！！このカードが相手に戦闘ダメージを与えた時、自分の墓地のチューナー１体を対象として発動できる。そのモンスターを守備表示で特殊召喚する。俺はシンクローン・リゾネーターを特殊召喚！！速攻魔法 バトル・チューニング！！バトルフェイズ中に特殊召喚したチューナーを素材としてシンクロ召喚を行う！！俺は、レベル１のシンクローン・リゾネーターにレベル９のレッド・デーモン・アビスをチューニング！！泰山鳴動！！山を裂き地の炎と共にその身を曝せ！！えん魔竜 レッド・デーモン・ベリアル！！」
えん魔竜 レッド・デーモン・ベリアル
ATK:3500
ジャック
「バトル！！レッド・デーモン・べリアルでダイレクトアタック！！割山激怒撃(グレート・サミット・ブレイカー)！！」
リン
LP:300→0
しばらくして意識を取り戻すリン。彼女の前には遊星とジャックがいた。
リン
「遊星。ジャック。」
遊星
「気が付いたようだな。」
リン
「あれ？私は一体何を。」
ジャック
「お前は意識を操られていた。おそらくソイツはレイと呼ばれる女だろう。」
リン
「レイ。」
遊星
「ああ。ジャックとのデュエルが終わった時に彼女が名乗ったそうだ。」
回想
デュエルが終わり、ジャックとリンは精神世界へと移される。横たわるリンの前にはレイの姿が。
ジャック
「お前がリンを操っていたのか。」
レイ
「ジャック・アトラス。ありがとう。これで私の力は解放されるでしょう。だけど私の封印を解くには残り３つの魂を解放しないと行けないわ。でもその心配はない。」
ジャック
「お前は一体何者なんだ？」
レイ
「私の名はレイ。今は暗黒次元のリンと名乗っておくわ。」
回想終了
ジャック
「暗黒次元のリンか。」
リン
「レイ。ひょっとしたら私はその人に呼ばれたのかもしれない。」
リンのブレスレットの光が何処かを目指して一直線に指している。
遊星
「あそこへ向かえと言うことか。」
ドクトルの研究室。レイを封印しているカプセルに少しヒビが入る。