とある企業にてから始まった。
某企業
社長室
社長「おい、例のあれはちゃんと進んでいるか。」
女社員１「はい、順調に進んでおります。」
社長「あれを進めたら一気にクーデターを起こしてやるんだ。」
女社員１「そのクーデターですと？」
社長「知らなかったのか？ワシはクーデターを成功させたら国の支配者になるんだ。」
女社員１「支配者になるのですか。」
社長「ああっ、そうだ。社長に就任してから数十年間積み重ねて来たのだよ。国内の全ての工場は民間用品と表を向けて裏ではクーデターのためのロボットを作り上げているのだ。」某企業の社長は国内でクーデターを実行するために国内の工場に製造されている民間用品と見せかけて、裏ではクーデター実行用のロボットを製造をしていたのだ。
社長「もう国内の全ての工場にはクーデター実行用のロボットはすでにいつでも実行出来るように整っているのだよ。」
女社員１「いつでも出来るようにですか？」
社長「ああっ、国内全体の工場からロボットを出動させて首都と地方全体を同時に制圧して我が物になるのだ。」
女社員１「そうですか？」
社長「喜べ、支配が完了したらワシらの物になるぞ。」
女社員１「残念ですが、お前の野望は達成されない。」
社長「はあ？何バカな冗談を言っているんだ。」
女社員１「お前はここで終わりだ。」スーツを突如脱ぎ出した女社員は、何と軽量らしきアーマーを身に纏った姿だったのだ。
社長「何だ貴様は？！」
チェーニ「私の名はキュアチェーニ。国連の秘密諜報機関ＷＪＧ（ワールドオブジャスティスガーディアン）所属だ。」彼女は国際連合の秘密諜報機関ＷＪＧ所属、キュアチェーニと名乗った。
社長「ＷＪＧだと？！」
チェーニ「裏で企む悪人を私達が取り締まる。」
社長「国連の手先なら容赦はなしないぞ。今ここで国内全ての工場内からロボットを出動させれば。」
チェーニ「どうかな。」
社長「何？！」
コード「はい、残念！！たった今あなたの国内全ての工場にあるロボットは一機残らず全て停止しましたー！！チェーニが収集した情報のおかげよ。」チェーニと同じ秘密諜報機関ＷＪＧ所属のキュアコードが現れたのだ。
社長「どうやってだ。」
ステルス「こいつらのおかげでだ。」
チェーニマウス、コードバット、ステルススパイダー「・・・・。」二人とまた同じく秘密諜報機関ＷＪＧ所属のキュアステルスが現れたのだ。某企業の全工場にあるロボットを全て停止させたのかは、彼女達３人の持つ小型サポートロボ、チェーニマウス、コードバット、ステルススパイダーがチェーニマウスは口からウィルス、コードバットは頭から音波、ステルススパイダーはジャミング機能により、全てのロボットを停止させたのだ。
社長「おのれー、貴様ら！！」
チェーニ「お前の負けだ、諦めて投降するんだ。」
社長「投降してたまるか！！」３人に全工場のロボットを停止させられてしまって追い詰められた社長は机から拳銃を出して３人に向けて射撃を行ったのだ。
チェーニ「そんな豆鉄砲なんかお見通しだ！！」社長が撃った弾を目ですぐに見切りながらナイフ型のチェーニメタルナイフで切り払ったのだ。
社長「何？！」
チェーニ「終わりだ！！」両脚を飛んでキックで社長の頭に蹴り込んだのだ。
社長「うわぁー！！」チェーニに頭を蹴られてあっさり倒れたのだ。
コード「ミッション完了ね。」
ステルス「後は後処理だな。」
チェーニ「そのようだな。」エージェントとして活躍を見せる３人、その名はシークレットエージェントプリキュア。彼女達３人の物語が今ここから始まるのだ。
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