●『蒼穹のファフナー』勢
＜前提＞
『勇者である』側の世界に合わせた専用システムとして運用。勇者と同じ白兵戦を行う。開発元は現在明かせないが壁紙のロゴに『Alvis』の文字が見えるのが特徴。なお、いまだに明らかになっていない機構(作中で総士が示唆した)あり。
通常兵器に耐性があるバーテックスに対しても十分な効果はある。これはミールの欠片により兵器の性質が変化しているためである(勇者システムの神の力と同等)。
研究並びに改良の結果、現在はエインヘリアルモデル相当の追従性の実現に至っている。
本編では言及していないが世代別で言うと、
第1章～第2章時期：第3世代
第4章以降：第4世代
とする。
＜ファフナーパイロット＞
・真壁一騎(第1章～第2章)
ルガーランス(第1章第12話にて後期型に変更)、レールガン、デュランダル、マインブレード
・真壁一騎(第4章)
アップデート後のシステム。特殊兵装使用と対バーテックス・フェストゥムに対する防御強化のため、それまでの防護服から装甲を纏うパワードスーツ方式となった。
・真壁一騎(？？？？？？？モード)
当システムの切り札ともいえる形態。最終決戦にて解禁。『存在と痛みを調和する存在』を体として現す。
・皆城総士(通常時)
ガルム44、レイヴンソード、デュランダル、マインブレード
ジークフリードシステム
分離統括型全ファフナー指揮管理システム。今作品では総士のシステムに内臓されておりこれで読心を防ぐための思考防壁と張り、一騎らファフナーパイロットへクロッシングすることで指揮や意思疎通を行えるようになる。また、勇者システムへの接続も可能となっている。
・皆城総士(？？？？？？？モード)
当システムの切り札ともいえる形態。最終決戦にて解禁。『存在と無を調和する存在』を体として現す。ただし、このモードを使用時にはジークフリードシステムの使用は不可能。決戦時にはそれを引き継ぐ人物あり。
〈島のコア〉
・皆城乙姫
ブリュンヒルデ・システム
元は島の防衛機構を統括するシステムでコア型と言われる人とフェストゥムの独立融合個体である彼女ならではの専用システム。当作品ではこのシステムを介して使用される防衛兵器である『ノルン』の使用に特化したシステムとなっている。無数に際限なく使えるが、乙姫自身がミールのコアの役割を果たしているのとシステムのリソースのほとんどを使用しているためか彼女自身の防衛能力が皆無である。
また『ノルン』には原作の使用用途の他にファフナーの装備のひとつである『イージス』装備のデータを流用・昨日追加しており、当作品では障壁を足場にするなどで使われている。
なお、最終決戦時には乙姫にはもう一つの役目を課せられる。
〈ファフナーコア〉
・マークザイン
一騎が第1期途中で乗り換えたザルヴァートル・モデルと呼ばれる規格外クラスのファフナー。機体に使用されたコアはノートゥング・モデル『マークエルフ』のものを移植したもの。
今作品では神樹の手によりゆゆゆ世界に影響を及ぼさない力として作品に登場する精霊と同サイズにデフォルメ化されている。現在は力に制限をかけられているが敵の攻撃を受け止め防いだり、SDP『増幅』などの能力でサポートしている。
日常でも一騎を手助けすることが多く一騎曰く「おとなしいけど器用で色々助かる」らしい。
・マークニヒト
ファフナー作中で敵側に回り一騎ら島のファフナーに立ちはだかったザルヴァートル・モデルと呼ばれる規格外クラスのファフナー。機体に使用されたコアはノートゥング・モデル『マークフィアー』のものを移植したもの。EXODUSでは総士が搭乗し圧倒的な力を披露した。
今作品では神樹の手によりゆゆゆ世界に影響を及ぼさない力として作品に登場する精霊と同サイズにデフォルメ化されている。現在は力に制限をかけられているが敵のワームスフィアをあっさりと弾いたりと制限されてもその力は健在である。
日常では不気味な印象が強いのかよくわからないが精霊『牛鬼』だけは過敏に反応している模様。他の一面は現在判明していない。
・？？？？？？？？？？
最終決戦前にある人に託されるファフナーコア。
●『勇者である』勢
〈前提〉
『勇者システム』自体には対フェストゥムの機能はなく、ファフナー勢からの恩恵を受けることで強化。話が進むたびにその恩恵を受ける。
〈強化項目〉
1.ジークフリードシステムのクロッシング許可
フェストゥムの一番の特徴である読心能力を防ぐ恩恵の付与、思念によるシステム内での通信手段の確保、感覚共有による連携力の強化。
ゆゆゆの勇者システムは戦う意志を固めた状態でアプリをタッチすることで霊的回路を接続。神樹と繋がり勇者の力を借りるという方式…俗に言えばファフナーとのクロシングにある意味で似通っていることから採用に至る。
強化項目はあと２つ実施予定。一つは最終決戦前に、もう一つは最終決戦時に条件を満たす。