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戦いは終わらなかった。
仮面ライダー達のもたらした勝利は一時の安寧をもたらしただけにすぎず、未だ海や世界は争いの中にある。
新任少尉が舞鶴鎮守府へやってくる。
「菅沼翼です。階級は少尉。短い期間ですがよろしくお願いします」
短い期間の研修。新人育成のため、伝説が残る舞鶴鎮守府へやってくる。
しかし、既に伝説は廃れていた。
「いいかい？こいつらは只の兵器なんだ。人の形をしているのは本当に無駄なものだ」
嘗ての栄光を失い、廃れていくだけの鎮守府となり果てていた。
「フォーリングローリー、噂は本当だったわけか？」
「ブラック鎮守府は今も存在している。その影響は全てに及んでいるわ」
彼へ語られる最悪の戦況。
終わりがみえるどころかより雲泥の戦地。
「私は姉妹の……みんなの為に頑張らないといけないのデス！」
「人間は信用できない……できないの。私は…姉妹を守らないと」
仲間を、家族を、守らないといけない。
様々な悪意の中で生きる少女達。
彼女達を蹂躙しようと迫る深海棲艦。
そして。
「こんな兵器に頼るだけの時代は終わった。私はより上位の存在に至る。これはそのための力なのだよ」
平和を求める純真な少女達を踏み潰そうとする悪意が牙をむく。
「無理だ…こんなの、勝てるわけがない」
「嫌だよ、嫌だ、沈みたく……ない」
「ごめんなさい、私が…私が…ごめんなさい！」
訪れる絶望の中、ソレは現れる。
「ったくよぉ、俺はこんなの背負いたくないのに」
「嘘…」
「深海棲艦を真っ二つ！？」
「俺は人の命なんか背負いたくないんだよ。そんな覚悟もない…持ちたくないんだよ」
どこまでも絶望が支配する中で輝く小さな――。
「神に挑もうなど愚かな」
「神様なんて言うものがいるならこの世界はもう少しマシなものになっているはずだ。だから、この世界に神様なんていない。いるのは醜い人間だけなんだよ」
「馬鹿な！？この私を凌駕する者がいるだと！？ありえない。そんなことありえるわけがない！！」
「知るかよ」
艦娘を、世界を救う者達がいなくなった世界。
そんな世界に生まれる新たな戦士。
「俺は…もう一度、仮面ライダーとして…戦う」
「ただ、戦うことから逃げていたのかもしれない。でも」
「私はちはるの願いを果たす…これが私の望みでもあるから！！」
「……俺は、人間じゃない。でも、この力で何かを手にできるなら」
“彼ら”がいない世界で、新たな“仮面の戦士”はどこへ進もうとするのか。
「変身」
「改造人間……」
「仮面ライダー…と俺を呼ぶな」