西暦2009年、地球人類はゼントラーディと呼ばれる異星巨人種族達との戦争があった。一年余りになる戦いで地球は死の星へと変貌し人類は絶滅の危機に発展したその大きな戦争を『第一次星間大戦』と言われた。
その大きな戦争を乗り越えた人類は荒廃した地球環境の再生を目指しまた、星間戦争の再発に備えて全宇宙への種の保存、拡散を目的とした「銀河播種計画」を立案。巨大な居住艦を中心に大規模移民船団が次々と結成され、人の住める惑星を探して銀河のあちこちへと旅立ったのである。
そして、西暦２０５９年、旗艦アイランド1を中心に大小数千隻もの宇宙船で構成された第２５次新マクロス級移民船団マクロス・フロンティアは、１０００万人規模もの居住民を乗せて銀河の中心を目指す航海をする中、ある日、第２１次新マクロス級移民船団マクロス・ギャラクシーより、トップシンガーのシェリル・ノームがコンサートツアーのためフロンティアに来訪する。
このライブに美星学園航宙科の高校生早乙女アルトはステージ演出のエア・アクロバットに参加し、観客として来ていたランカ・リーと出会うのであった。
シェリルのコンサートに人々が熱狂している頃、謎の巨大異星生命体バジュラがフロンティアへと迫っていた。新統合軍のバルキリー隊の迎撃が奏効せぬ事態を受けて、フロンティア行政府は民間軍事プロバイダーS.M.Sに出動を要請しす。最新鋭可変戦闘機VF-25（メサイア）を擁するスカル小隊とエンジル小隊が迎撃に向かうが、バジュラはついにアイランド1居住区にまで侵入し破壊の限りを尽くす。
そんな 混乱の中、 早乙女アルトはバジュラによって殺されたバルキリーパイロットのギリアムに代わりＶＦ－２５Ｆへ搭乗し逃げ遅れたランカを救ったのち、S.M.Sに入り、スカル小隊に配属され同じ美星学園航宙科の ミハエル・ブラン、 ルカ・アンジェローニ達と出会い戦いへと赴くのであった。
そしてこの物語は早乙女アルトがSMSに入る少し前にスカル小隊から他の小隊へと転属命令を受けた少年が戦いの中でいろいろ出会いをして成長する。
西暦２０５９年
バジュラ母星最終決戦
「隊長、指示を！」
「でも、俺…」
「大丈夫！アイリさんが、貴方に隊長の資格があるから指揮権をゆだねたのだからもっと自信を持ちなさい！」
「…分かりました。」
そして、隊長は、小隊各機に命令を出す。
「フゥ～、エンジェルリーダーよりエンジェル各機へ、『スカル4』がバトルギャラクシーにランカちゃんを迎えに行く。邪魔する奴等を一掃して道を開け！何が何でもみんな無事に帰ります！」
「全機、アタック～！！」
「エンジェル2了解、隊長が気合い入れたんだ！堕されないでよアンタ達！」
「エンジェル3了解、そんな簡単には堕ちませんよ！ツグミさん、隊長命令なんですから！」
「エンジェル5了解、そうだよお姉ちゃん！これでも生き残って来たんですから最後までやれるよ！」
そして、リーダーの命令で『スカル4』突入ルート確保の為エンジェル小隊は先行する。
本編できしだい投稿します