デストロイア
バーニングゴジラとの戦いに敗れたが、死ぬ直前に魂のみが分離して幻想入りを果たす。
最初は素性を隠し生活していたが、時が経つにつれ、少しずつ本性が現れていく。妖怪でも鬼でもないその力は幻想郷の住民達が見たこともないようなもの。
怪獣形態を新聞のネタとして載せられた際には、住民に疑いを掛けられたりした。その結果姿を見せないように各地を飛び回ることになった。
人間の姿になってもその破壊力は健在で、『オキシジェンデストロイヤー・レイ』や『ヴァリアブルスライサー』などを使う。
ビオランテ
幻想入り当初、風見幽香に拾われ、花の世話をしていたが、一輪の花をダメにしたことが原因で追い出されてしまう。野宿していたところをレミリア・スカーレットに拾われる。デストロイアが幻想郷にて初めて会った怪獣である。今作での呼び名は『ビオラ』。
ラドン
白玉楼に住み着いた空の大怪獣。呼び名は『白亜 翼』。
ソニックブームを主な攻撃手段とする。空を音速で飛ぶことが可能で、飛行時の衝撃波でその場を蹴散らす。
ガイガン
地霊殿に住み着いたサイボーグ怪獣。呼び名はそのまま、『鎧雁』。星熊勇儀の酒を飲み干した罪で首を絞められ首が取れ、再改造で復帰するもあまりの防御力の無さに敗北。以降は勇儀とともに酒を飲み合う仲となる。
X星人と仲間たち
X星人のモデルはゴジラFWのあの人。
アンギラス、キングシーサー、エビラ、へドラ、クモンガと共にレミリア達を迎え撃つ。へドラとエビラに関しては劇中同様の倒され方をされる。アンギラスには裏切れ、その後モンスターXを召喚するが、駆けつけたスーパーメカゴジラと戦わた後撤退する。
スーパーメカゴジラ
呼び名は『超機竜呉』。ガルーダといつも一緒。
レミリア達の助っ人として参戦。
劇中同様の技で応戦するが逃げられてしまう。
スペースゴジラ
メテオライトケーブに隕石として落下した。全て紫の計画によるもの。
3式機龍
MFS-3、機龍。彼の参戦により親戚同士の戦い（のようなもの）になった。
［本編未登場］
カマキラス
『矢桐蟷 迅』と名乗り、『獣寿司 きりかま屋』という怪獣界での料理を提供する怪獣。…という話を作りたかったが都合上本編未登場。愛称はキリちゃん。
へドラ
怪獣形態からの登場。博麗霊夢らにより退治。
『平泥 硫』に改名すると、硫さんと呼ばれるようになるが、彼自身は『硫酸』と聞こえているため少々気にしている。
［怪獣じゃないけど］
荒神竜也と覇鏡幻夢
荒神竜也は、高校1年生。不慮の事故で、乗っていたロードバイクとカバンと一緒に幻想入りを果たす。
覇鏡幻夢は、別作からの出演。物語の壁を越えて来たのだという。