新たな地球において人類は、未知なる可能性を秘めた地上・海底・高空そして宇宙の各領域をさらに開拓する計画として「プロジェクトＲｅスフィア」を立ち上げた。
この計画は、枯渇し始めた資源に代わる新しい資源の発見・確保と、人間の生活領域の拡大を目的としており、人類の明るい未来を見つめて世界規模で実行される一大プロジェクトであった。
この計画が考案された要因のひとつに、世界連盟科学技術推進機構によって開発された駆動骨格「フレームアーキテクト」（Ｆａ）の存在が挙げられる。Ｆａは人間を拡大させた姿の特殊汎用重機で、ほぼ完全に人の動きをトレースすることを実現し、装備を追加することにより様々な領域での行動を可能とした画期的なメカニズムであった。
試作型Ｆａは世界各国・様々な環境下で10年の歳月を掛けてトライ＆エラーが徹底して検証され、世界共通規格の汎用特殊重機「Ｆａ／TYPE001」として完成を見ることとなった。
Ｆａ／TYPE001では、人間型の大型重機として運用するに留まらず、各部位に動力・燃料電池を搭載することで独立して稼動させることも可能としており、状況に応じてはコントロールソフトを変更することで、人間型以外の形態や部分的に使用することさえも考慮されていた。そのため通常の重機ユニットとしても部品は生産され、数年の内には街中でも見受けられるぐらい一般的な重機として人々の生活に浸透することになった。
この限界を見せぬ人類の新たな道具「Ｆａ／TYPE001」が人の開拓心を動かし、「プロジェクトＲｅスフィア」が動き出すことになったのは必然であったのかもしれない。だが、この大きな試みは実行されることは無く、Ｆａ／TYPE001は「戦争」という真逆の行為に利用されることになる。
月面に作られた基地からの連絡が途絶え、Ｆａ/TYPE001の開発者も姿を消した。そして、ある時に月からは武装を携えたＦａ/TYPE001が現れ、地球に侵略を開始したのだ。
「アント」と呼ばれるそのフレームアーキテクトに対し地球は防衛軍を組織し応戦を繰り返す。
だが、物量差で負けている防衛軍はこのままでは敗北は必須。そこで防衛軍はＦａ/TYPE001に装甲をつけて戦わせることを計画し、実行。
戦闘においてもまた、Ｆａ／TYPE001は高い能力を持っており、戦闘能力を向上させるユニットを追加することにより、人型戦闘兵器として機能したのである。
人類の未来を開く道具「フレームアーキテクト」は、人類の存亡を掛けた兵器「フレームアームズ」に生まれ変わることを余儀なくされた。
戦火は地球全域に広がり、死者、負傷者は増加。多くの難民や孤児が生まれた。
都市は破壊され、人は殺される。そんな暗い世界で人々は必死に生きていた。
そして、これは何の因果か運命に目をつけられた独りの少年と1機のFAの物語である。