前回、リータイトの罠により異世界へ飛ばされた門矢士と小野寺ユウスケは飛ばされた世界、通称『清き世界』にはもう1人の斉木楠雄と出会う。しかし飛ばされた2人にメトリダツ、コヴォルト、リータイトのサーライドヴィランズの追手が迫るがこの世界の斉木楠雄と協力しなんとか2人を追い返しコヴォルトを撃破！
門矢士と重症小野寺ユウスケは奪った平行指輪で元の世界に帰ろうとするが…
着いたのは別の世界だった
「ここは…戻ったのか？」
門矢士と重症の小野寺ユウスケはとある空き地にいた
「うぅ…」
「ユウスケ！大丈夫か？」
腹から血を流すユウスケを心配する士。急いで病院へ運ばないといけない状態だった
「早く病院に行かないと…」
士はそう言うとユウスケを肩に担ぎ病院へ向かおうとした
そこへ1人の短髪で高校生位の男がやってきた
「おや？大丈夫ですか？ そこの担がれている人。」
「おい、ここら辺に病院は無いか？ 急いでいかないと大変なんだ！」
「なるほど…そうですか。あ、私の名前は明智透真と言います。 私はこの地区の警備を任されてます 突然ですが、あなたは超能力者ですか？超能力者で無ければ即刻粛清対象となりますのでお2人方がそうでなければ死刑を私自らが行いますが…まあ、手っ取り早くライダーになってもらうのが良いのですが……」
「長い！」
「え？長いとは何の辺が…？」
「全部だ！ 何が言いたいのか分からないし、 何をしたいのか分からない！ 分かったのはお前の名前だけだ！」
「そうですか…よく言われるんですよね…分かりました！では簡潔に言いましょう!! あなた方が超能力者では無ければ即刻死刑です！」
「はぁ？」
「なん…だと…？」
明智透真の思わぬ一言に士は驚きユウスケも声を漏らした
突如、黒いカブトゼクターが飛んできて明智透真に掴まれた
「変身！」
《HENSHIN》
明智透真はマスクドフォームになった
「嘘だろ…」
「超能力者では無ければ…死刑です！」
「戦いは避けられないようだな！変身」
《KAMEN RIDE DECADE》
士は仮面ライダーディケイドに変身した
「なんだライダーになれるんですか、なら貴方は超能力者ですね！」
「俺の世界じゃ超能力者＝ライダーじゃないぜ！」
「それは変わった世界ですね…」
「この世界が変わってるんだよ！」
ディケイドは透真にライドブッカーを剣に変え斬り掛かるが透真はゼクトクナイガンで防ぐ
何度も斬り合い、埒が明かないと思ったディケイドは電王 アックスフォームに変身した
「硬い装甲にはパワーだ！」
《FORM RIDE DEN-O AXE》
「一気に決める！」
《FINAL ATTACK RIDE DEDEDEDEN-O》
ディケイド電王はジャンプし斧でダイナミックチョップを繰り出した
「キャストオフ」
透真はゼクターホンを倒し上半身についてる装甲が吹き飛んだ
《CAST OFF》
吹き飛んだ装甲がディケイド電王を直撃した
「グハｯ！」
《CHANGE BEETLE》
「クロックアップ」
《CLOCK UP》
ディケイド電王の斧が当たる直前、ダークカブトになった透真はクロックアップで目にも留まらぬ速さで躱し何度も斬りつけた
「何！？ ｶﾞﾊｯ ゴハッ！」
《CLOCK OVER》
ディケイド電王は倒れ元の姿に戻ってしまった
「そういうの、あるぜ！」
《KAMEN RIDE KABUTO》
ディケイドはディケイドカブトになった
「あ、私と同じ！」
《ATTACK RIDE CLOCKUP》
《CLOCK UP》
クロックアップの世界に入り、2人は壮絶な戦いをした
「グハッッ！！」
「痛！ 」
両者、刃を交えた状態でクロックオーバーしていた
「やるな…」
「戦いで盛り上がってるところ悪いのですが…そのお連れの人、大丈夫ですか？」
「何！？ ユウスケ!!」
ディケイドは戦いを放棄し、ユウスケの所へ歩み寄った
《1…2…3…》
ディケイドカブトが背を向けてるところにダークカブトはカウントをしながらゆっくりと迫ってきた
「終わりですよ…異世界のライダーさん」
「何！？」
《RIDER KICK》
ダークカブトの言葉に思わず後ろを振り返るがもう既にダークカブトはディケイドカブトに蹴りかかっていた
ﾄﾞｶﾞﾝｯ
「ぐわァァ！！」
ライダーキックが直撃し倒れ落ちたディケイドカブトは変身が解除された
「貴方が言うようにライダー＝超能力者で無ければこの世界にいては困りますね…お引き取り下さい。 この世界は貴方方を拒絶する…病院はほかの世界を当たってください」
「…クソ！平行指輪！俺達を俺の知っている斉木楠雄のいる世界に飛ばせ！！」
士とユウスケは光に包まれ別世界へと転送された
「面白い人ですね」
ダークカブトは変身を解き明智透真に戻り警備に回った
この出来事をここから離れた場所で感じていた人物がいた
彼は東京スカイツリーの展望台にただ1人バイオリンを持ったまま下の景色を眺めていた
「士…とうとう来たか。この世界に！ だがこの世界の支配者はもう決まった！今度はこの俺自らが排除してやろう！ この紅音也がな！」
そう言うと紅音也はバイオリンで心地よい音楽を奏でた
(奏でよう…第2のネガの誕生の為に…)
後に門矢士が旅することになる世界…
『絶望の世界』
この出来事は序章に過ぎなかった……
パラレルワールド……それは無限の可能性により誕生した分岐した存在
絶望の世界 それは超能力者＝仮面ライダー が当たり前の世界。
果たしてこの世界で起こる最大のΨ難とは？