司令官 山本五十六大将
第1戦隊：長門、陸奥
第24戦隊：報国丸、愛国丸、清澄丸（いずれも特設巡洋艦）
第4潜水戦隊：名古屋丸 ※1941年12月2日～1942年4月10日にかけて南遣艦隊へ増援
第18潜水隊：伊53、伊54、伊55
第19潜水隊：伊56、伊57、伊58
第21潜水隊：呂33、呂34
第5潜水戦隊：りおでじゃねろ丸 ※1941年12月2日～1942年4月10日にかけて南遣艦隊へ増援
第28潜水隊：伊59、伊60
第29潜水隊：伊62、伊64
第30潜水隊：伊65、伊66
第1連合通信隊：東京、高雄、父島海軍通信隊、沖縄通信隊、第3～6通信隊
朝日、室戸、朝日丸は1941年12月2日～1942年4月10日にかけて南遣艦隊へ増援
標的艦：矢風、摂津
工作艦：明石、松島
給炭艦：室戸
特設病院船：朝日丸、高砂丸
第1哨戒艇隊
第一艦隊
司令官 高須四郎中将
第2戦隊：伊勢、日向
第3戦隊：甲斐、山城
第7戦隊：青葉、衣笠、古鷹、愛鷹
第10戦隊：北上、大井
第1水雷戦隊：最上
第6駆逐隊：雷、電、響、暁
第17駆逐隊：高潮、秋潮、春潮、若潮
第21駆逐隊：初春、子日、初霜、若葉
第27駆逐隊：有明、夕暮、白露、時雨
第3水雷戦隊：阿武隈
第11駆逐隊：早風、夏風、冬風、初風
第12駆逐隊：雪風、天津風、時津風、浦風、
第19駆逐隊：浜風、谷風、萩風、舞風
第20駆逐隊：狭霧、山風、霜風、磯風
第3航空戦隊：鳳翔、龍翔
付属 妙風、夕風
第二艦隊
司令官 近藤信竹中将
第5戦隊：高雄、愛宕、鳥海 摩耶
第6戦隊：那智 、羽黒、足柄、妙高
第8戦隊：天城 赤城 葛城 笠置
第4水雷戦隊：熊野
第2駆逐隊：村雨、夕立、春雨、五月雨
第4駆逐隊：嵐、山霧、海霧、谷霧
第9駆逐隊：朝雲、山雲、夏雲、峯雲
第24駆逐隊：霧雨、氷雨、紅雨、霖雨
第2水雷戦隊：三隈
第8駆逐隊：朝潮、満潮、大潮、荒潮
第15駆逐隊：黒潮、親潮、早潮、夏潮
第16駆逐隊：川霧 青雲 紅雲、春雲
第18駆逐隊：霞、霰、陽炎、不知火
第三艦隊
司令官 高橋伊望中将
第16戦隊：長良、球磨
第17戦隊：厳島、八重山、辰宮丸（特設敷設艦)
第5水雷戦隊：鬼怒
第29駆逐隊：追風、疾風、朝凪、夕凪
第30駆逐隊：朝東風、大風、東風、西風
第6潜水戦隊：長鯨
第9潜水隊：伊123、伊124 ※1941年12月2日～1942年4月10日まで南遣艦隊に増援
第13潜水隊：伊121、伊122
第1根拠地隊：白鷹、蒼鷹、掃海艇、駆潜艇など
第2根拠地隊：若鷹、掃海艇、駆潜艇など
第32特別根拠地隊
附属：山陽丸、山彦丸、特設運送船2隻
第四艦隊
司令官 井上成美中将
独立旗艦：神通
第18戦隊：天龍、龍田
第19戦隊：沖島、常磐、津軽、天洋丸
第7潜水戦隊：迅鯨
第26潜水隊：呂60、呂61、呂62
第27潜水隊：呂65、呂66、呂67
第33潜水隊：呂63、呂64、呂68
第24航空戦隊：千歳海軍航空隊、横浜海軍航空隊、神威、五州丸
第3根拠地隊（パラオ群島防衛、司令部はパラオ本島）
第4砲艦隊、福山丸、第13掃海隊、第55駆潜隊
第3防備隊、第16航空隊
第4根拠地隊（カロリン諸島防衛、司令部はトラック環礁） 高栄丸、第14掃海隊、第56、57駆潜隊
第4防備隊、第17航空隊
第5根拠地隊（マリアナ諸島防衛、司令部はサイパン島） 第7砲艦隊、勝泳丸、第15掃海隊、第59、60駆潜隊
第5防備隊、第18航空隊
第6根拠地隊（マーシャル諸島防衛、司令部はクェゼリン環礁） 八海山丸、光島丸、興津丸、第16掃海隊、第62～65駆潜隊
第6防備隊、第51～53警備隊、第19航空隊
附属：聖川丸、松栄丸、山鳩丸、氷川丸、金剛丸、金龍丸 第4港務部、第4気象隊（トラック常駐）、舞鶴鎮守府第2特別陸戦隊（ソロモン諸島攻略部隊）
第五艦隊
司令官 細萱戊子郎中将
第21戦隊：多摩、木曾、君川丸
第22戦隊：粟田丸、浅香丸
第7根拠地隊
第17掃海隊、第66駆潜隊
父島海軍航空隊、第7防備隊
第六艦隊
司令官 清水光美中将
独立旗艦：由良
第1潜水戦隊：靖国丸、伊9
第1潜水隊：伊15、伊16、伊17
第2潜水隊：伊18、伊19、伊20
第3潜水隊：伊21、伊22、伊23
第4潜水隊：伊24、伊25、伊26
第2潜水戦隊：さんとす丸、伊7、伊10
第7潜水隊：伊1、伊2、伊3
第8潜水隊：伊4、伊5、伊6
第3潜水戦隊：聖川丸、伊8
第11潜水隊：伊74、伊75
第12潜水隊：伊68、伊69、伊70
第20潜水隊：伊71、伊72、伊73
第七艦隊
司令官 塚原二四三中将
第1航空戦隊：翔鶴、瑞鶴
第2航空戦隊：蒼龍、黒龍
第4航空戦隊：麗鶴、雅鶴
第5航空戦隊：大鳳、祥鳳
第6航空戦隊：龍鳳、瑞鳳
第7航空戦隊：海鳳、白鳳
付属 大鷹
第4戦隊：金剛、榛名、比叡、霧島
第9戦隊：利根、筑摩
第6水雷戦隊：川内
第7駆逐隊：秋雲、潮、曙、漣
第23駆逐隊：朧、江風、涼風、海風
第3駆逐隊：太刀風、汐風、帆風、北風
第7水雷戦隊：名取
第5駆逐隊：朝風、春風、松風、旗風
第22駆逐隊：清風、村風、里風、沖津風
第十一航空艦隊
司令官 南雲忠一中将
第21航空戦隊：鹿屋海軍航空隊、東港海軍航空隊、第1航空隊、葛城丸
第22航空戦隊：美幌海軍航空隊、元山海軍航空隊、富士川丸
第23航空戦隊：高雄海軍航空隊、台南海軍航空隊、第3航空隊、小牧丸
附属：りおん丸、慶洋丸、加茂川丸
第34駆逐隊：羽風、秋風
第一遣支艦隊
司令官 小松輝久中将
漢口方面特別根拠地隊、九江基地隊
第二遣支艦隊
司令官 新見政一中将
旗艦：五十鈴
第4掃海隊
附属：広東方面特別根拠地隊、厦門方面特別根拠地隊
第三遣支艦隊
司令官 杉山六蔵中将
磐手
附属：青島方面特別根拠地隊、首里丸
南遣艦隊
司令官 小沢治三郎中将
旗艦 大淀 占守
第9根拠地隊 初鷹
第1掃海隊
第11駆潜隊、相良丸、永興丸、長沙丸
第91駆潜隊、野鳥丸
第91警備隊、第91通信隊
第11特別根拠地隊 永福丸
第81通信隊