時空移動でヒガナと対峙したガンバライダーたちはその戦力と真っ向から戦い、荒れ地を戦火に包んでいく。セイオウ含むガンバライダーたちはその相手に防戦一方を強いられる。
「サメハダー、アクアジェットだ！」
「バクーダ、かえんほうしゃだよ。」
その攻撃にセイオウはメロンディフェンダーを召喚して応戦する。しかし相手は人間である以上ガンバライダーが攻撃することは許されない。全員が防戦一方を強いられる中、一人だけ攻勢に出るものがいた。
クロスはヒガナの乗るボーマンダへと拳をふるい襲い掛かる。しかしボーマンダはその俊敏な動きで回避しながら炎を放つ。お互いに譲らず攻撃の隙を見せない。クロスは拳をふるいボーマンダは風と炎を放ち互角の勝負を繰り広げる。
「アイツ何やってんだ？」
勇七が変身するジーナは彼の挙動に疑問を抱く。武器を使わないとはいえポケモンに襲い掛かるとは何事か。人間に危害でも加えたらどうなるのかわかっているのだろうか？そう疑問に見ていたがひとりはその動きを冷静に見ていた。
「・・・なるほど、考えたな。」
ツルギは冷静な声でそう呟く。どういうことかと勇七が聞こうとしたその時に事態は動いた。
「・・・やれ。」
クロスの全身から放たれた黒い波動はボーマンダとヒガナを吹き飛ばして怯ませてそのまま距離をとる。その瞬時にボーマンダは炎を放つクロスの横を通り過ぎて後ろで火花となって消える。勿論クロスから放たれた光を見たこともないしデータにそんな攻撃があるわけでもないので全員唖然とする。しかし一連の攻撃でヒガナは何かを察したように舌をかんだ。
「・・・ナイトバースト。」
何かがおかしいと思っていた。人間に対して戦いを挑み、周囲が怖気づく中勇猛な戦いを仕掛けた。しかしこれが「ポケモン」であれば説明がつく。つまりこいつは
「すべてはアンタが考えている通りだよ、ヒガナ。」
そう岩陰から出てきたクロスは三つのモンスターボールからポケモンを放つ。
「さあ、暴れろ。サマヨール、ニンフィア、ナットレイ。」
その合図とともに放たれた三匹のポケモンはすぐに動き出し、サメハダーとバクーダを圧倒する。
「どうするカガリ？」
「ターゲット確認、抹消。」
サメハダーとバクーダの同時攻撃を回避してセイオウと肩を並べる。赤いガンバライダーの背中はやや事態にご不満なようだ。
「なーんで作戦も伝えてくんないかね？」
「バクーダとサメハダーはあの三匹でまともにやり合ったら打ち負けるからな。ちょっと頼ったってわけさ。」
そう話しているとヒガナはクロス目掛けて飛んでくる。それを察知した二人のガンバライダーは素早く回避、クロスはさらに指令を出す。
「ニンフィア、ハイパーボイス！ゾロアークはかえんほうしゃだ！」
ニンフィアとゾロアークの同時攻撃は炎を音で響かせて渦のようになりボーマンダへと直撃する。ボーマンダはその手痛い一撃を受けてか動きを鈍らせる。
「・・・よくも！！」
ヒガナの目に怒りの色が見える。どうやら戦いはもう少し続きそうだ。
フウとランの報告を受けてルネシティへと向かったルビーやサファイアたちのトレーナーはその変わりように驚きを隠せない。
「なんね・・・これ。」
「どうなってるんだ・・・？」
街は破壊され中心の海は増幅、周囲は熱波で包まれていた。その熱は少し近づいただけでも周囲の人間を巻き込み、耐えがたい痛みを与えるほどだ。ナギたちはすぐに街へと降りて倒れていたツツジ、トウキを介抱する。
「なにがあったんだ！？」
「アレに・・・。」
指さした先は街の中心、そこには巨大なポケモンが立ち塞がる。しかしその姿は伝説のポケモンであるグラードンの体に青い紋章、背に生えた翼はカイオーガのヒレを彷彿とさせる。
その強い一撃に戦闘していたポケモンたちは吹き飛ばされいく。
「ルビー・・・さん。」
「ミツル君！」
ミツルはポケモンたちの攻撃に巻き込まれたダメージと熱風の炎で倒れ込んでいた。その姿から満身創痍であることがうかがえる。
「何なんだアイツは・・・。」
モンスターの方から笑い声が聞こえる。そこにいたのはアオギリとマツブサだ。モンスターの上から見下すその目は嘲笑うようだった。
「あなたたちにやっと復讐を果たせますよ・・・。」
「ああそうさ。時空を歪めて作り上げたグラードンとカイオーガを融合させたこのグラオーガでな！」
周囲を炎で包み、ポケモンたちを海に飲み込んでいく。その攻撃はトレーナーたちにもダメージを与えていく。
「ライコウ、かみなりだ！」
「ミロカロス、ハイドロポンプだ！！」
「チルタリス、はかいこうせん！」
「メタグロス、はかいこうせんだ！」
「キュウコン、かえんほうしゃだ！！」
「ちゃも、オーバーヒート！」
「ZUZU、ハイドロポンプだ！」
「ジュカイン、ソーラービームだ！」
放たれた攻撃はルネシティの中心のモンスターへと直撃する。爆風は周囲を包み込む。しかしその奥には巨大な影が見える。煙が晴れた先には無傷のグラオーガが直立していた。
「全く効いていない！？」
その絶望に追い打ちをかけるように当然ですよ。とアオギリは高笑いする。
「伝説のポケモンが二体分の力、君たちのような蟻んこが勝てるわけありませんよねぇ！」
「それに俺たちはこの世界で得た力がある！！」
"エボル ブラックホール"
"クロノス"
再び周囲に熱風を放ってポケモンとトレーナーたちを吹き飛ばし、熱風で再びルネシティの街は破壊されていく。そして再び彼らの目の前に異界のモンスターが立ち塞がり、破壊の渦は広がっていく。
ガンバライジング社は瞬時に消えたロード達の観測に追われていた。しかしホウエン地方に生体反応がなく生きているかどうかも不明な状態だ。こんな事態が起きたことは前例でも存在しない。檀はこの状況に頭を悩ませる。
「何がどうなっている・・・。」
ルネシティで起きた怪物の暴走、そして消えたロードたちとマツブサとアオギリが変身する怪人とドーパントや仮面ライダーたちの戦闘、そしてブラッド・スタークの存在、すべてが予想外すぎるのだ。そして事件の関連性も不明なままだ。
「そして何より・・・。」
あのヒガナという少女とセイオウたちの戦闘、彼女も何かが関係性があるのかそれとも・・・。すべてが謎に包まれている。
「どうされますか・・・ってあれ？」
研究員が声をかけた時、檀はその場所にいなかった。研究員たちは顔を合わせる。どこいったのだろうかと、そして何かあったのだろうかと
ここはどこだろう。
ロードとブレイズは一瞬のうちにどこかに飛ばされたような感覚と周囲の異質な感覚にすぐさま気付く。周りを見渡すと巨木が生えていて草原が広がっていて見たことのない木の実などが生えている。先ほどまでいた天気研究所ではないことは確かだ。タブレットを開いても開かないとなると何かで阻害されていることも確かと言える。何事かと二人が周囲を見渡していると一人の男の声が聞こえる。その声は静かで力強い声だ。
「・・・ここはマボロシじま、時空の歪みが起きた際に現れるとされる場所だ。」
男は紅い鎧を纏い、青い複眼にその姿を隠している。しかし二人はその男のことを知っていた。
「仮面ライダーカブト・・・。」
「天道・・・総司。」
仮面ライダーカブト、かつてZECT、およびワームと戦った仮面ライダーであり時間を司るクロックアップの使い手だ。その実力を知る二人はすぐに戦闘態勢に入る。
「天下の平成ライダー様が何の用だ？」
カブトはブレイズの問いに答える。
「今この世界は危機に瀕している、しかしそれをお前たちでは救えない。だから今から俺が今から鍛えてやる。」
「さっきから勝手なことぬかしてんじゃねぇよ！！」
"Clock up"
チヒロはカブトへと攻撃を仕掛けるがそれは回避されそのまま一撃を喰らい突き飛ばされる。木に叩きつけられて倒れたロードに対して話を続ける。
「アオギリとマツブサという男が俺たちと同じライダーの力を駆使している。あのブレイズというガンバライダーでも歯が立たないほどの力を持つ奴らにお前たちで勝てると思うか？」
「それは・・・。」
チヒロはカブトの問いに黙り込む。未知の力に対する戦いを強いられることへの不安が心のどこかで襲い掛かる。黙るチヒロにカブトは話を続ける。
「この世界の未来も他の世界の未来もお前たちに託されている。だからこそ俺はお前たちに戦い方を託すんだ。」
赤いガンバライダーの瞳は緑色に変わりファイズエッジを召喚した。
「やってやろうじゃないか・・・。僕らの未来は僕らがつかみ取る。」
「俺たちにしか救えないものがあるならそれのために戦ってやるよ。」
"Clock over"
見つめあうロードとカブトを見てブレイズは頭に疑問符を浮かべる。これ修行する流れなのか？