銀髪の少年は無我夢中で走り続けていた。まるで何かから逃げるみたいに。
気が付けば学校みたいな所にいた。周りをキョロキョロと回りを見ていると人の気配がし木陰に隠れた
「ごめんね急に仕事入れちゃって。でもこの前サボってるんだからこれでチャラね」
「あれは不可抗力だと何度も説明したでしょう・・・」
金髪の女子と黒髪の男子は話していた
（ここの学生とはいえ見つかるのは不味い。使うかあの力を・・・）
「うっ・・・！」
力を使おうとしたら頭痛がして声を出してしまった。そのまま気を失った
２人は少年を生徒会室があるクラブハウスの１室に運んだ
少年が起きるとベットの傍に立っていた金髪の女性が人を呼んだすると数人の生徒が来た。少年・ライは自分の名前はわかるがそれ以外はわからなかった。ライは記憶喪失になっていた。ミレイはライを保護し面倒を見ることにした。そして１人１人自己紹介をした
ミレイ・アッシュフォード。このアッシュフォード学園の生徒会長で理事長の孫娘
ルルーシュ・ランペルージ。リヴァル・カルデモンド。シャーリー・フェネット。枢木スザク。ニーナ・アインシュタイン。カレン・シュタットフェルトそしてルルーシュの妹で中等部で準生徒会メンバーのナナリー・ランペルージ
この８人がライの面倒を見ることになった。最初ルルーシュは警察に突き出すと言っていたがミレイが強引に面倒を見ると言いルルーシュが折れて協力する事になった。そしてお世話係主任としてカレンが選ばれた
アッシュフォード学園での生活が始まったライだがその姿はＥ組の皆には見ていられなかった。なぜならライは人形のように表情を全く変えなかったのだから。しかし生徒会メンバーが根気よく接する内に喜怒哀楽という感情を知っていく
そして数日後にはナナリーにルルーシュと似てると言われよく折り紙をするようになった
「ライさん楽しそうだな」 「うん高校生らしいね」
そして光景が変わるライとカレンは記憶探しでシンジュクゲットーを訪れていたが、黒の騎士団の名声と活躍に便乗したテロリストがブリタニアのパトロール隊を殲滅していた民間人を巻き込んで。ブリタニアも相手が相手だけあって軍が動いた。テロリストを殲滅するために包囲網のイレヴンを見殺しにしろとの命令がでた。ライとカレンは逃げようとしたが被弾した無頼が倒れてきてライはとっさにカレンを両腕の間に抱きかかえ庇った。
倒れた無頼からパイロットが逃げ出しライはその無頼にカレンと乗り目視操縦でサザーランドを翻弄した。本物の黒の騎士団も出てきて２人は無事にゲットーから離脱した
数日後Ｃ.Ｃに会い自身の力が「ギアス」と言う物だと知った。更に数日後生徒会室ではスザクとナナリー以外のメンバーが揃っていた。ライはリヴァルとチェスをしていた、リヴァルがルルーシュ並みに強いと言ったら、ライとルルーシュの対局が始まった。４戦して、２勝２敗の互角だった。決着をつけようと提案するが今から始めたら日が暮れると言いこの日は解散する事になった。荷物を片付けていたらカレンはライに合図を送るかのようにライを見て部屋を出た。ライは直ぐに部屋を出た。その姿を確認したカレンは速足で中庭まで歩き、中庭でライに紙を渡し数日中にこの場所に来て欲しいと言い帰って行った。ライは場所を確認するとシンジュクゲットーのある場所が示されていた
そして数日後ライはシンジュクゲットーに来ていた。そして素のカレンと対面し彼女の所属している黒の騎士団のリーダーゼロに会い黒の騎士団に入る事になった。
ライの黒の騎士団としての初任務は日本人を標的にした麻薬組織の撲滅である❝リフレイン❞過去に戻ったような幻覚を見せる麻薬である。
作戦は無事に終わったがカレンの母親がリフレインを使っていた。
カレンの母がリフレインを使た訳は過去にカレンとの約束の「ずっとそばにいる」という約束を守るためだった。
カレンの母が入院している病室でカレンは自分の決意と本心を告げると
「頑張れ・・・頑張れ、カレン・・・私の娘・・・」
「！・・・うん！！私、頑張る・・・」
話せる筈のない母の言葉を聞きカレンは涙を流す
これを見ていたＥ組の皆は目に涙を浮かべていた。女子に至っては泣いていた
この時皆は、ルルーシュとスザクの意見を思い出していた。カレンの母親みたいな人を増やさないためにはやはりルルーシュのやり方が最善なのではないのかと思った
それから数日が過ぎ黒の騎士団は団員も増えてきた。ライが格納庫に行くとカレンに連れられ奥に行くと見たことのない赤いナイトメアがあった
「ライ、見てよこれ。初の純日本製ナイトメア❝紅蓮弐式❞よ」
紅蓮の特徴は何と言っても右腕に装備された輻射波動という新兵器である。輻射波動を簡単に説明すると電子レンジである
そして週末にはナリタ連山にハイキングとゼロが言い、週末になると黒の騎士団全員でナリタにいくと、新しくエリア１１総督に赴任した神聖ブリタニア帝国第２皇女コーネリア・リ・ブリタニアがここナリタを拠点としている日本解放戦線を殲滅しようとしていた。ゼロは黒の騎士団に入ったからには自分と死ぬか生きるかと言い銃を団員の方に持ち手を向けて言った。結果はゼロに従うという事になった。このやり取りを見ていたライは感心した。絶望の中を生き残れたら戦士としての成長という役目を果たす
その後ライとゼロはその事を話しお互いの能力を認めあった
そしていよいよ作戦が始まる。地下水脈を紅蓮の輻射波動を使い水蒸気爆発を起こしコーネリアを孤立させることに成功した。
ライは取り残した部隊の足止めをゼロに任された。ライの戦力はライの無頼と数人の歩兵、それに対して敵はサザーランド５機。圧倒的不利をライは地形と伏兵を使い無傷で５機全てを倒した
「ライさんスゲー！！」 「ゼロの作戦も凄い・・・」 「圧倒的不利を覆す戦略」 「俺達では考えつかない事をするな」
光景が変わる今度は現時点で最高性能を誇る、ランスロットと紅蓮弐式の戦闘。お互い一進一退の攻防戦をしていたが、紅蓮の右腕が破壊されたので撤退する事になった
後にナリタ攻防戦と呼ばれる事になったブリタニアと黒の騎士団の戦いは、ブリタニアは敗北を味わい。黒の騎士団は組織としての力を高めた