Ｅ組の皆は２人が引き金を引いた瞬間ライの思考が流れてきた
（や・・・め・・ろ）
２人が憎しみの目をお互いに向け銃を向けている光景にライは思わず止める言葉を言う
（・・・やめろ！）
２人が何を言っているか分からない、しかし銃声はハッキリ聞こえた
（僕はこんなこと望んでいなかった！僕は、僕は！）
ぼやけていた思考はなく鮮明に思考を持っていた
ライは自分が眠った遺跡で再び目を覚ました遺跡の前にはＣ．Ｃがいた
「済まないライお前を起こすつもりはなかったが今お前の力が必要なんだ、あいつを、ルルーシュを助ける為に力を貸してほしい」
「ちょっと待って！ルルーシュを助けるってどうゆう事！？」
Ｃ．Ｃは説明が面倒と言いライにキスした
「「「・・・ッ！？」」」
ライの頭にはライが眠た後の出来事が流れた。ブラックリベリオンの出来事黒の騎士団の敗北、そしてゼロがルルーシュで今はブラックリベリオンから３か月後だと分かった
「Ｃ．Ｃ僕は君の共犯者の為に動く君はどうするんだい？」
「分かり切った質問をするな」と言い２人は歩き始めた
短い掛け合いだけでお互いを理解している２人に何人かは嫉妬した
ライはまず隣の式根島に行きランスロットのフロートユニットが付いた量産機をギアスを使い強奪した
そしてＣ．Ｃの推薦で騎士団に入るが警戒された
しかしカレンはライの顔を見て泣いた、ライは自分が蒔いた種だと思いカレンが落ち着くまで傍にいた。落ち着いた後カレンに聞くと
「なんか、失った物が見つかったような気がして・・・」と言った
Ｅ組の皆はそれを聞いてライにも少し救いがあったと安心した
ライは奪った期待ヴィンセントを中華連邦にいるラクシャータに届け自分の機体の製作を依頼する。ラクシャータはこれを承諾した
再びライはカレンとコンビを組む。ライの機体はＣ．Ｃが残しといてくれた蒼の月下だった、しかし甲壱型腕は紅蓮に付けられているので普通の月下だった
ライが合流してから黒の騎士団の動きは格段に良くなった。
ライという指揮官が加わった事により、組織戦が出来るようになった。ライは各地に散らばった黒の騎士団の残党をほぼ集めいよいよ明日『飛燕四号作戦』がルルーシュを取り戻す作戦が始まる
ルルーシュは記憶を書き換えられ普通の学生として１年間過ごしていた。今日は弟を連れバベルタワーの賭けチェスをしていた。そこに黒の騎士団の襲撃をうけた
弟のロロとはぐれたルルーシュの元にＣ．Ｃが現れるが機密情報局がＣ．Ｃの心臓を撃った。ルルーシュも撃たれそうになるがＣ．Ｃにキスされた事により自分の記憶を取り戻しギアスを使い全員殺した
その後ルルーシュにかしこまるような姿勢で３機のナイトメアが現れた。ルルーシュはその内２機に指示を出した。そして残った蒼の月下に向かって
「ライお前だな、話したいことがあるから降りろ」と言われライは降りた。その様子をＣ．Ｃは傍観して見ていた
ルルーシュはライの顔を見る。そこには自分と同じギアスの紋章が両目に浮かんでいた
この事でライの記憶を消したのはライ自身だと気づいた
ライもルルーシュなら気づくと思いギアスの発動出来る状態で両目のギアスを見せる
この行動はライがルルーシュの事を信用している証拠であった
「何故俺達の前から消えた？」
ルルーシュの問いかけにライは自分の出自を話した
本来なら信じられないような事だが、不老不死の魔女にギアスが存在しているのでライの話は真実だと受け止めた
「最後の質問だ、なぜ俺達からお前に関する記憶を消した？」
その質問にライは本心を話した
「僕がいなくなったと知ったら君達は苦しむと思った。
僕は君達に苦しんで欲しくなかった」
ライの言葉を聞き遂にルルーシュの怒りが爆発した
「ふざけるな！記憶を消せば俺達が苦しまないだと！悲しまないだと！本当にそう思っているのか！？」
ルルーシュはライの胸倉を掴んで叫んだ。その手は震えていた
「俺達がどれだけ苦しんだと思う！？」
その言葉を聞きライはカレンの様子を思い出していた
ルルーシュもライの延命の為に最新の医療技術の資料を集めていた。そんな時に赤い光を見た瞬間ライの事を忘れた
ナナリーは誰と折ったか分からない折り紙を見て涙をながした
カレンは何かを失くした物を探すため探し続けた
スザクも無意識に、君ならどうする？と誰もいないのに意見を求めた
ルルーシュはギアスの宿る目を抑え自分の本心を言う
「約束しろ。もう俺の記憶を消すような事をするな。
二度と俺の傍を離れるな。これはギアスでも命令でもない、友としての頼みだ」
「僕はもう逃げないし裏切らない。君と共に歩む為に戻る事を決めたんだ」
２人は握手をした
そして光景が変わるバベルタワーはブリタニア軍に包囲されていた
Ｅ組の皆に害はないが皆焦っていた。そんな中ライとルルーシュは次々に指示を出しブリタニア軍を上の階に足止めしていた。このまま順調と思っていたがイレギュラーが現れルルーシュ達がいる所まできた
ライは冷静に分析し時間を稼ぐ事に成功した
そしてバベルタワーは崩壊した、倒れた先にエリア１１のカラレス総督の乗るＧ－１ベースがあり、総督殺害と脱出ルートを確保した。ルート先には中華連邦の総領事館で大宦官にギアスを使い中に入った
そしてゼロ復活を世界に流した。このゼロはライでルルーシュは学園に戻ったその理由は偽りの弟の存在があったからだ
そしてブラックリベリオンで捕まった黒の騎士団の処刑を、コーネリアの騎士ギルフォードが宣言した