ミレイの卒業イベントから数日悲劇が起こった
ライはこの日中華連邦で星刻、藤堂の両将軍を連れ中華連邦に侵入したブリタニア軍を叩こうとしていた
「藤堂さんは北から、仙波さん卜部さんは東から、千葉さん朝比奈さんは西から、星刻さんは南から、螺旋陣で敵を追い詰めて下さい」
この時ライは少数精鋭で分隊を落としていた
数分後にブリタニア軍は壊滅したが、中華連邦反乱軍とブリタニアの騎士団が西に撤退し始めた。ライは直ぐに動く予定であったが星刻の補佐官、香凛＜チャンリン＞から連絡が来た
「ライ様、ゼロが零番隊を連れ蓬莱島に帰還せよと指示が来ています」
「このタイミングで？分かりました。この後の指揮は星刻さんに任せます」
「分かりましたこちらから連絡しておきます」
そしてライは蓬莱島に戻りルルーシュから最悪な知らせを聞いた。シャーリーの死を
時は戻りライが作戦を始める前ルルーシュはイケブクロにゲフォンデスターバーの点検に来ていた。そこにスザクとシャーリーの２人が現れ、いきなりシャーリー混乱してビルから身を投げ出すがルルーシュとスザクの２人で何とか助ける事に成功する
そんな中ロロからジェレミアがギアス教団の刺客としてイケブクロに向かっていると連絡がきた。
シャーリーはルルーシュが危険な事をすると思い、今なら追いつけると思いルルーシュを追いかけた。その途中ロロと鉢合わせしてしまった
そしてシャーリーはルルーシュを助けたいと言う。ロロもここまでなら何もしなかったが次の一言が彼女の命運を分けた
「妹のナナちゃんも、一緒に！」
「！」
ルルーシュはジェレミアから話を聞き本当に忠義を尽くす相手は自分の母親と聞き味方に引き入れる。そして移動していると、血の水たまりで倒れているシャーリーを見つける
「シャーリー！」
そしてシャーリーから語られる真実、ルルーシュは必死にギアスを使い何度も何度も「生きろ！生きろ！生きろ！」と涙を流しながら言い続けた
「だからいいよね・・・生まれ変わっても、また・・・ルルを好きになっても、何度も、何度も・・・好きに・・・なるから・・・」と言い残し彼女は逝った
ルルーシュはその横で咆哮ににた叫びをあげていた
これを見て皆泣いていた。ユフィもシャーリーも自分の大切な人に自分の思いを告げこの世を去った。この世界が理不尽に見えた
そして時は進み蓬莱島の自室でライにシャーリーの事を話し、ロロもろとも教団を潰すと宣言した
ルルーシュは零番隊には大まかにしか説明しなかった。それほどまでに頭に血が上っていた。ライは代わりに隊員に説明した
「今回の作戦はハッキリ言えばどぶさらいの汚れ仕事だ。この作戦に不平不満を持つ気持ちも分かるしかしそれでも僕達について来てほしい」と言い頭を下げた
隊員達はライの人柄を良く知っているので「貴方を信じます」とライは笑顔で感謝した
そして教団を急襲してＶ．Ｖを追い込むが、ライとルルーシュはＫＭＦごとＣの世界に引きずれこまれた。そしてＣの世界で皇帝シャルルと合いまみえる。ルルーシュはギアスを使い彼を殺した。と思った。皇帝は既にＶ．Ｖのコードを奪っており不老不死の存在になっていた。そこにＣ．Ｃも現れ自分の願いは死ぬ事と２人に教えた
２人はＣの世界を通してＣ．Ｃの過去をしる『愛されるギアス』で本当の愛が解らなくなったこと、コードと言う不老不死の呪いを押し付けられた事を知った。そして２人は思考エレベーターを開き２人は自分の意志でＣ．Ｃに叫ぶ
「Ｃ．Ｃ！何故俺を代替わりにして死ななかった！俺を哀れんだのか！」
「そんな顔で死のうとするなよ、最後なら笑顔で死ねよ。
君はそんなに弱い女じゃないだろ！最後まで求め続けろ！」
２人は叫ぶそしてその叫びでＣ．Ｃは皇帝から離れ２人はＫＭＦでＣの世界を攻撃しライがＣ．Ｃの元に腕を伸ばし掴まった所で元の世界に戻ったが、Ｃ．Ｃは記憶を失い奴隷の少女に戻っていた
それから数日『超合集国の建国』その式典が始まろうとしていた
中華連邦と近隣諸国合わして４７ヵ国が参加した。参加したら絶対に守らないといけないことが一つ
『超合集国に参加する国、団体は保有する戦力を永久に放棄する』
これを聞いて皆不安になる。戦力を放棄すればすぐブリタニアに蹂躙されると思ったからだ。しかし
「その上で各合集国の安全は”どの国家にも属さない”戦闘集団・黒の騎士団と契約します」
つまり各国の放棄した戦力を黒の騎士団が吸収し、更に日本人達の故郷エリア１１の解放の大義名分が立つ
しかしこのタイミングでブリタニア皇帝が帰って来て堂々と宣戦布告をしてきた
ルルーシュは焦った、何よりも人質のナナリーを助けようと考えるも中々思い浮かばずＣ．Ｃの言葉でもう一度スザクに頼る事にした
そしてスザクは枢木神社に１人で来るように指示した
そして遂に日本の解放を掛けた戦いが始まる
最初の戦闘は九州で行われた。ライはこちらに参加していた戦力は星刻率いる合集国中華軍そしてブリタニアはナイトオブテン、ルキアーノ・ブラッドリーとブリタニア最強の騎士ナイトオブワン、ビスマルク・ヴァルトシュタインがいた
この九州の一戦は天王山であるためラウンズがいてもおかしくない
「ラウンズには僕と星刻さんが当たります。その他の部隊は九州の基地を落として下さい」
ライは天月で戦闘しながら指示をだしていた。そして現在ナイトオブワンと対峙している。星刻はナイトオブテンの相手を
ライの天月とビスマルクのギャラハットは一進一退の攻防をしていた
「成程、手を抜いていては勝てんな」と言い左目を開けたその目にはギアスの紋章が浮かんでいた
「動きが読まれてる！？（資料では左目が閉じていた。これは未来を読むギアスでも持っていると思った方がいいな・・・）」
ライは正面から突っ込んだ
「死にに来たか！！」
ビスマルクは未来を見て天月が消えるのを見た。そして現実でも消えその瞬間左腕を斬られた。
ライはぎりぎりまで近づき一瞬の瞬発力でギャラハットの背後を取りＭＶＳで左腕を斬った
「終わりだナイトオブワン」
と言いッて右腕も斬った
「見事！！」
と言い脱出レバーを引いて脱出した
ナイトオブワン撃破により、合集国軍の士気は最高潮に達した
「間もなくトウキョウでも始まる！僕はトウキョウに向かう！九州の指揮は星刻さんに一任します」
「承知！」と星刻は返事をした
ルルーシュとスザクの対話は上手く行っていた
スザクはルルーシュがナナリーの事以外偽りだと悟り、ゼロとして責任を取るならナナリーを救うと言って手を取り合おうとするが、シュナイゼルの介入により、ルルーシュは、スザクに裏切られたと思った
これを見ていた皆は今の２人のすれ違いは起きてはいけないものだと思った
ルルーシュは予めギアスをかえていたギルフォードを利用して切り抜けた
「そうだスザクを頼った俺が馬鹿だった。
俺が信じるのはライとナナリーだけでいい」
ルルーシュはスザクに裏切られたと思い信じるのはこの２人だけだと思った
そしてゼロの命で海中に待機さしてた斑鳩が浮上し一気にトウキョウに雪崩れ込んだ
その間にロロ、咲世子率いる隠密部隊はナナリー奪還とカレン、紅蓮の奪還のために政庁に侵入した
「藤堂、朝日奈、千葉は制空権の確保！卜部、仙波はそれどれの部隊を引き攣れこちらに向かっているライの道を確保しろ！」
そこにジノとスザクとアーニャが現れた
スザクはゼロに呼びかけるがゼロは聞く耳を持たず、ジェレミアとギルフォードに迎撃を指示しルルーシュはモルドレットのハドロン砲を絶対守護で防ぐ耐久勝負が始まった
そのころ政庁ではカレンが咲世子に助けられ紅蓮の元にやって来たが、その紅蓮はロイドとセシルに改良されていて『紅蓮聖天八極式』となっていた
そしてカレンは新たな翼で戦場に舞う
カレンが救出された時ルルーシュはモルドレットから抜け出したが、ナイトオブテン、ルキアーノ・ブラッドリーの直属隊グランサム・ヴァルキリエ隊に蜃気楼の四肢を拘束し右腕のクローを回転させドリルのようにして絶対守護に当てていた
絶体絶命のピンチは紅と蒼の機体が救った。そう黒の騎士団の最高戦力『騎士団の双璧』のカレンの紅蓮とライの天月の２機である
そしてカレンはナイトオブテンをあっさり倒し、スザクのランスロットも追い込む
スザクはこれが報いと思い受け入れようとするが、ルルーシュがかけた『生きろ』と言うギアスが発動して、重戦術級の弾頭フレイヤの発射ボタンを押した
そしてフレイヤの光は政庁も飲み込みトウキョウ租界に半径数キロのクレーターを作った
そして東京決戦はたった一発の弾頭で終わりを迎えた
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