剣士達はババルンとの死闘ののちに勝利を収め、その後におこった「剣士との結婚権争奪戦」からも逃げ切り、剣士一行はラシャラの国であるシュトレイユ皇国にラシャラの船もとい現在は「剣士の国」であるスワンで向かっていた。
「いやー、聖機神との戦いも終わったし次は剣士の婚約者をどうするかじゃのぉ」
「ラシャラ様、結婚相手ぐらい好きに決めさせてくださいよぉ」
「ならん！お主との婚約でどれほど儲かると思っておるのじゃ！」
「はいはい、ラシャラ様も剣士もそれくらいにしてください。」
「そうそう、やっと平和になったんだから。それより剣士、機工人のテスト付き合ってよ」
と騒がしいながらも平和な日々を取り戻していた。
現在、スワンには剣士にラシャラ、護衛のキャイア、キャイアの姉でありドールだったメザイア、聖機工のワウアンリー、ネイザイもといレイア・セカンド、セレスとその幼馴染であるハヅキ、その他にラシャラの従者たちが乗艦していた。
「しかし、ラシャラ様本国の方は大丈夫でしょうか」
「わからぬ、しかしいざとなったら剣士達に出てもらうし、学園や各国に助力を要請すればよかろう」
「ですがラシャラ様、、、」
「キャイアも心配性じゃの、こちらには剣士にメザイアも居るこの二人に勝てる聖機士などそうそうおらぬわ、わーはっはっは！」
この時の剣士達の戦力は状態の回復した改良型聖機人３体に機工人２機という感じだった。
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航行は順調にいっていたがシュトレイユ皇国目前となったところでスワンの前方に謎の発光体が現れたのだった。
「ラシャラ様大変です、スワン前方に謎の発光体が現れました。回避不可能です！」
とスワンの操舵室から連絡が入った。
「なんじゃと、ババルン残党の攻撃やもしれぬ。剣士、キャイア、メザイアは聖機人で、ワウとセレスは機工人で迎撃の準備に当たるのじゃ！」
「「「「「はい！」」」」」
と各員が動き出した。それから少しして謎の発光体にスワンが接触するとスワン全体が光に包まれ、そしてジェミナーから完全に姿を決してしまったのだった。
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「織斑先生大変です！学園近くの浜に謎の巨大物体が出現しました！」
と山田先生が職員室に飛び込んできたのだった。弟の一夏のことでただでさえ大変なのにさらにさらに悩み事の種が飛び込んできたことで織斑千冬は大きくため息をつくのだった。
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「キャイア、大丈夫キャイア」
「うぅん」
剣士は気絶していたキャイアを起こす。
「一体どうなったの」
「わからない、僕もさっき目が覚めたところなんだ」
「姉さんは？」
「先に格納庫に向かったよ。僕たちも急ごう」
剣士とキャイアが格納庫に向かおうとしたところで船内放送が入った。
「スワンの亜法動力炉停止！スワン墜落します！」
とそのあとズシーンという大きな衝撃とともにスワンが墜落した。スワンは浜辺に座礁する形となっていた。
「いてて、大丈夫キャイア」
「剣士こそ、とりあえず格納庫に急ぐわよ」
と二人は格納庫に走って行った。
しかし、格納庫でも問題が発生していた。
「なんで、どうしてよ！」
そこではコクーンの前で奮闘しているメザイアの姿があった。
「どうしたの姉さん」
「聖機人が起動しないのよ！」
「えぇ、本当ね私も無理みたい、剣士はどう？」
「僕も無理だ。まるで亜法動力炉が反応しない」
「そういえばワウ達の機工人は？」
「私たちはどうにか動かすことができたわ！」
「剣士くん、僕たちは先に出てるよ！」
と剣士達が動かない聖機人と挌闘している間に出撃準備のできたワウとセレスが先に出て行ったのだった。
動かない聖機人と挌闘すること２０分ほどした頃ようやく聖機人を起動することができた。とそれどほぼ同時くらいにコロたちが鳴き始めた。
「コロの警報！」
剣士達は気を引き締めて出撃していくのだった。すると、そこには動甲冑程度の大きさの敵？が８体ほどいた。
「ここは剣士の国の領地内である。即刻撤退せよ！、、、なんちゃって」
と剣士は外の敵と思われる一団に忠告する。
「何をバカなことをここは日本領地でありIS学園の周辺地域である！即刻退避せよ！さもないと実力を持って対処する！」
と先頭の動甲冑のようなものを纏った女性が忠告してきた。
「やはり敵か！」
と全員の緊張が高まり、キャイアとメザイアが聖機人の出力を上げる。
「みんな待って！」
と剣士が制止する。しかし、キャイアとメザイアが聖機人の出力を上げたためか亜法動力炉の波動に当てられたのだろう、動甲冑のようなものを纏っていた女性が４人が倒れた。
「貴様らやはり敵か！」
と先ほど先頭に立っていた女性が大声を出す。まさに一触即発の雰囲気となった。
「待って、待ってください！」
どうにか戦闘を回避しようとする剣士だが、謎の攻撃によって４人が戦闘不能になり、自分以外の残ったもの達も立っているのがやっとという感じになった状態で待てというのが無理な話だった。
「問答無用！」
どうにか動けるリーダーであろう女性が突っ込んできた。
「みんなは攻撃しないで！」
と剣士が周りのみんなに言うと自分の乗っている聖機人の出力を一気に上げていく。すると立っていた女性達が一人また一人と倒れていく。そして最後の一人も剣士の乗っている聖機人の足元で倒れ、敵と思われる一団が全滅したのを確認するとキャイアからの通信が入った。
「剣士、どういうことよ、説明してちょうだい！」
「さっきこの人はここが日本の領域だと言った。日本ていうのは僕のいた国なんだよ！」
と剣士は少し興奮気味に言った。
「じゃあ、私たちは剣士ちゃんの世界に来ちゃったって言うことかしら？」
と今度はメザイアから通信が入った。
「かもしれない、、、」
と先ほどとはうってかわって冷や汗をかきながら答える。
「とりあえず、さっき倒れた人たちを介抱して事情を説明して誤解をとかなくちゃ！」
と話題を変えた。自分たちが再び別の世界へと飛ばされたということを知らないままに。