『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド』からそう遠くない過去の話、ホウエン地方はポケモンリーグ本部に支配されていた。
ホウエンに残された最後の希望は……。
「ポケモンへの愛だけは、裏切らない！」
ホウエンに漂着した謎の少年、エルトとバシャーモのイチロー。
駆逐艦１０００、巡用艦５００、戦艦２００、空母５０隻の大艦隊出現！ ホウエン地方に最後の時が迫る！
ポケットモンスターＯＲＡＳ発売記念！ 『灰色の疾風』の重要キャラクター、エルトの活躍を描いた前日談にして完結編開幕！
「神の名の下に……自由は守ります！ とりあえず引きこもる権利だけでも！」
「部屋の中だけ？」
「エルトだろうと引きずりだそうもんなら……この国崩しをぶっ放す！」
ミシロ教会最後のシスター、リンとミズゴロウ。全力で引きこもる為に敵艦隊に向けて大砲を放つ。
「効率は大事です。というわけで、その厚着は洗濯する枚数が増えるので何とかして下さい」
「これ脱ぐと逆にマズイんだよボクは……」
効率を大事にする研究者の卵、レインとキモリ。非論理的、非効率的なポケモンリーグ本部の政策に反旗を翻す。
「堅気の人間に手を出したらどうなるか……見せてあげます」
「うん、無駄に怒鳴り散らすより怖いぞこの笑顔」
「エルト君、本当の迫力という物は静かなのよ」
ホウエンの裏社会を管理する任侠『シマズ組』の組長イエヒサが残した妻、ユキとエルレイド。新興暴力団の横暴を阻止すべく、立ち上がる。
後にジムリーダー達も次々参戦！
「笑う門にも十万ボルト。笑えないこの地方は、おじいちゃんとしてなんとかせにゃな！」
「生まれて来る娘の為、この地方を解放する」
「今のホウエンは美しくない」
「あなたは……？」
「私はコルコンブル。君達の絆に力を与えに来た」
そして与えられる、メガシンカ！ バシャーモ、ラグラージ、ジュカイン、今こそメガシンカの時！ 未来を賭けた最後の戦いが始まる！
「ダイゴ、このポケモンリーグの初代チャンピオンは君だね」
「チャンピオンに相応しく、派手に始末するか」
ホウエンリーグの伝説に残る初代チャンピオン、ダイゴとエルトの秘話が明かされる。
これが、ホウエンリーグ始まりの物語だ！
「本部の連中が狙っていた古代ポケモンの力があれば、目的を果たせるやもしれん」
これは未来に繋がる物語。
「今までフレア団と戦ってたはずなんだけど……」
「誰ですか？」
「ん？ 私？ 私はレベッカ。この子は相棒のジャンヌ」
「見たことないポケモンですね」
「マフォクシーってポケモンなんだ」
ポケットモンスター ΩRevolution αSign
最後の進化、始まりの証。
来年冬、開幕
トレーナーカード
ポケモンブリーダー エルト
ホウエンに流れ着いた謎の少年。あるポケモンと再会するため、ホウエンとリーグ本部の戦いに身を投じる。
手持ち
アチャモ♂（イチロー）
研究員 レイン
研究者の卵。効率を尊重するため、リーグ本部の支配に反発する。
手持ち
キモリ♂
シスター リン
敬謙なシスターだが、日光が苦手で外に出たがらない。ちなみに、本部に虐殺されたホウエンの聖職者最後の生き残り。ヒサメといい、なんで生き残りは皆こんなんなのか。
手持ち
ミズゴロウ♂
ポケモントレーナー ユキ
その策略を必要としない豪胆な武勇でホウエンの裏社会を纏める『シマズ組』の組長の妻。夫のイエヒサは病没。彼女自身若いが、息子４人に娘が１人いる。
手持ち
エルレイド♂
キリキザン♂