「黒乃奈々絵」先生のデビュー作『ワガママ天使の育て方。』かも知れません。
旧版『新撰組異聞PEACE MAKER』の6巻に収録されていたかと思われます。
-追記-
『ワガママ天使の育て方。』は黒乃奈々絵先生の月例ガンガン杯準入賞作品・デビュー作の読み切り（1999年）で、月刊少年ガンガンで連載された同作者の『新撰組異聞PEACE MAKER』（1999～2001年）とは、まったく別の作品になります。世界観も登場人物も一切共通しておりません。一方は天使と悪魔の存在する中世ファンタジーで、一方は幕末の動乱を生きた新選組の物語になります。Wikipediaに記載がないのも無理はありません。
黒乃先生のデビュー作たる『ワガママ天使の育て方。』は読み切り作品であるため、同作者の連載単行本『新選組異聞PEACE MAKER』のガンガンコミックス、いわゆる旧版の最終6巻に収録されたのですが、ブレイドコミックスの新版には収録されておりません。
なので、もう一度読みたい場合はガンガンコミックスのPEACE MAKER6巻を入手するとよろしいかと。

原作：Fate/
Fate/作品二次創作でウェイバー・ベルベットがロード・エルメロイ二世を召喚する、みたいな作品ないですか？

▶︎一応『特定』しましたが、まだまだ受け付けてます

原作：オリジナル作品
・商業作品
・可愛いというよりもCLAMP作品のように綺麗な画風
・中世ヨーロッパのような雰囲気
・悪魔の女の子が神父（イケメンだけど目付きが鋭いから眼鏡をかけてた気がする）と共に生活をする
・結末で、女の子が天使に昇華する
・1～3話程度の短編
・何らかの短編集に収録されていたのか、長編漫画のおまけのような形で収録されていたのかは不明

小学生の頃に学童保育所で読んだため、少なくとも10年以上、下手すると20年以上前の作品です。
たとえ読んだことがあったとしても、忘れてしまっている方がほとんどだと思いますが、これかな？というのがあれば教えて下さると幸いです。

原作：ONEPIECE
・男主人公
・元貴族
・三歳の誕生日プレゼントで悪魔の実を貰い食べた。
・親に気味悪がれて捨てられた。
・青キジに拾われ賞金稼ぎをしていた。
・バロックワークスでMr.パンドラと呼ばれていた。
・ルフィと友人になり囚人たちを脱獄させ、黒ヒゲを倒した。
・エースを処刑場から助け、脱獄囚を社員に運送会社を立ち上げ、七武海就任。

上記の作品に心当たりがありましたら、完全に作品が削除させてしまったのか？他の場所で投稿されていないか？教えていただけないでしょうか。

ハルジオン〜口だけ野郎一代記〜
勘違いものでほぼ必ずおすすめに上がる作品。
まあ主人公は意図してそう思うようにしているので純粋な勘違いものとは少し違いますが、主人公の内面と周囲の反応のギャップ、地の文の鋭いツッコミが腹筋をことごとく殺しに来るような秀逸な作品です。

子持ち勇者とお人好し魔王
https://ncode.syosetu.com/n5382fc/
※暴虐ではないですけども、お人好し（勘違い）

主人公が善人だと勘違いされるもの。
主人公が強いやつだと勘違いされるもの
主人公が全て知っているキャラと勘違いするもの。

勘違い作品が読みたいです。
一番いいのは主人公がが主人公が実はいいやつみたいに勘違いしてる系ですが、他の勘違いもの大丈夫です。

打ち砕くロッカ
https://ncode.syosetu.com/n6394bu/?p=2

連載中かつ女主人高かつ非(逆)ハーレムかつ面白い作品です。
転生とかではない王道ファンタジー学園モノです。

アルバート家の令嬢は没落をご所望です
https://ncode.syosetu.com/n4499cf/
転生物。 恋愛要素はあるものの、基本コメディ。

重装令嬢モアネット〜かけた覚えのない呪いの解き方〜
https://ncode.syosetu.com/n3986di/
現地主人公。 恋愛要素はあるものの、基本コメディ。

かわいいコックさん
https://ncode.syosetu.com/n7657bb/
憑依？物。 別視点多数。
お気に召されたら、作品ページから行ける企画部屋や小話部屋もどうぞ。

ボーイッシュキャラクターを調べたとはいえ、主観的に判断しています。

※シノン
罪背負いし影
ソードアート・オンライン　心優しき阿修羅の男

※青セイバー
もしも騎士王の直感スキルがＥＸだったら

※ビーデル（高校時代）
DRAGONBALL IF ―ハイスクール編―

※名瀬夭歌
龍帝になれなかった少年