女性しか扱うことの出来ない装甲型兵器、インフィニット・ストラトス、通称IS。
希代の天才、あるいは天災と謳われた篠ノ之束により開発されたこの兵器により、世界は変わった。
ISを用いることの出来ない男性は蔑まれ、世界は徐々に女尊男卑の世界へと変わり、その思想を強く押し出す主義者まで生まれていた。
そんな中、ロボット工学の天才と謳われたトーマス・ライト博士は”人間と同じように思考し、行動し、「悩む」”機能を備えた自律型戦闘用ロボットを開発したが、自身に時間がないことを悟り、エックスを封印した。
ロボットと人間が平和的共存をするか、それともロボットが人間を淘汰するか。あるいは、人類と世界の未来に希望をもたらす存在となるか。
彼はエックスの安全性とその可能性を見ることが出来ないことを悟っていたライト博士は、遠からぬ未来で封印を解いてくれるであろう科学者に、その可能性を見守る観測者としての役割を託し、逝去した。
だが、ロボットと人間の良き未来が実現されることを祈った彼の想いに反し、封印から解放されたロボットたちは、対IS用の兵器として人間と対立することとなる。
封印から解放された「Code:X」、そして彼を元にして作られた「Code:Zero」の二体は、解放した科学者により、対IS用兵器としての実戦データの採取のために、表向きは二人のAI機能の向上のため、IS学園へと送られることとなる。

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  序、始まり~そのロボットの名は「ロックマンエックス」~()
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