シンジは、目覚めるとすぐに「アーサー、情報収集急いで！ミネルバ発進！」と指揮を取った。そしてシンジは、情報から元の世界だとわかり、京都碇家上空に着くと次元操作をしてミネルバを空の空間に送った。その空間にいると時間が止まって次に出した時に一瞬に感じられるという物だ。そして碇家に入り、お祖父さんに挨拶をした。お祖父さんは、「よぉ、帰って来た。」と言ってくれた。その数ヵ月後お祖父さんは、病で亡くなった。碇家をシンジが継ぎ更に巨大な企業にしていった。そしてシンジは、特務機関ZAFTを設立し、来るべき使徒の為に準備を取った。その準備とは、対使徒用にモビルスーツの武器を製作することだ。シンジは、ATフィールドに対抗できるフィールドを発生させるコアを開発し、MSの武器と機体に搭載した。しかし、3機しかできなかった。そのパイロットには、シンジとレイとルナマリアがなった。特務機関ZAFTの基地は、第三新東京市の近くに存在している。それは、NERVのジオフロントから、3キロ離れた所だ。建物は地下にあり、何枚もの特殊装甲に守られている。その発令所は、NERVの発令所と酷似している。ZAFTの総司令は、碇シンジが勤めているまた、副司令はアーサーが勤めている。そして運命の日がやって来たのだ。つまりは、ゲンドウからの手紙である。そこには、ただ「来い ゲンドウ」と書いてあるだけだった。シンジは、「やっぱりムカつくなこの手紙」とイラつきながらもシンジは、第三新東京市に向かった。
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「やはり、戦闘機を出すべきだったかな。」とシンジは、嘆いている。それはというとNERVの職員が迎えに来ると書いてあるのに2時間経っても来ないからだ。使徒が来て緊急事態宣言が発令されりとシンジは、「仕方ないか」と愚痴りながら電話をZAFTの基地にかけた。そして数分後戦闘機が到着した。その戦闘機のコックピットの後ろに入ってNERVに向かっていく。シンジは、ミサトに電話をかけた『葛城ミサトさんですね。僕は、碇シンジです。NERVの戦闘機着艦場開けといてください。』と言って通信を切った。ミサトは、リツコに電話をかけて戦闘機着艦場開けておくように連絡をした。そしてシンジは、NERVの戦闘機着艦場に着艦した。リツコは、「貴方が碇シンジ博士ですね？私は、赤城リツコです。」と言って来た。シンジは、「はい、碇シンジです。」と言った。リツコ「シンジ博士、ついてきてください。」と言った。シンジは、「はい。」と言ってリツコについていった
シンジがNERVにつく頃にミサトは、ＮＮ地雷が投下されることがわかり全力で範囲から離れているところだったからね。