碇シンジは、ブラックホールに吸い込まれ着いた先は、SEEDDESTINYの世界だった。シンジは、デュランダルの家に世話になり、ザフト軍に入隊した。その後ミネルバ艦長になる。その後戦いの場に向かっているとちゅうで再びブラックホールにミネルバごと吸い込まれてもとの世界に帰って来たシンジは、元の世界で特務機関ZAFTの総司令官として使徒を倒す！
新世紀エヴァンゲリオンと機動戦士ガンダムSEEDDESTINYのクロスオーバー作品です。
下手なのはご勘弁を！
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