着替えたシンジは、ゲンドウのいる司令室にミサトと向かっている。ミサトは、「シンジ君、どうしてあそこまで動けるの？」と聞いた。シンジは、「そりゃ軍の人に鍛えてもらってましたからね。」と言った。（まぁ、自分が軍人だからです。なんて言えないからな。）と思っているとシンジとミサトは、司令室の前に着いた。ミサトは、「碇司令！葛城一尉であります！サードチルドレンを連れて参りました！」と言うと中から「入れ」と声が聞こえた。シンジとミサトは、司令室に入っていきソファーに座る。ゲンドウのそばにいる冬月コウゾウは、「シンジ君には、第三新東京市にいてもらいたい」と言って来た。シンジは、「わかりました。しかし、エヴァには、乗りませんからね」と言う。ゲンドウが、「構わない」と言った。シンジは、それを聞くと司令室を出ていった。シンジはミサトに、「葛城一尉、戦闘機着艦場開けといてくれますか？あと住む場所は、自分で確保してあります。」と言った。ミサトは、「わかったわ、開けておくわ」と言ってくれた。シンジは、NERV本部に着いた戦闘機に乗り込み帰っていった。その中戦闘機は、ステルス機能を発動してZAFT本部に向かって行った。その頃NERV本部では、サードチルドレンを見失ったとして大騒ぎしていたとかいなかったとか。
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シンジは、本部に着くと白服に着替え発令所に行き「ZAFT職員の皆！今回はNERVに勝利を渡した！しかし、次からは私がこちらにいる！もう勝利をNERVには、渡さんぞ！」と宣言をした。するとZAFT職員は、「「「はい！碇司令！」」」と言ってくれた。その後シンジは、第三新東京市の中のマンションに向かい、就寝した。
次の日シンジは、市立第壱中学校に通うことになり、アーサーに学校に送ってもらった。そして職員室に入っていった。その後シンジは、先生に連れられて2年A組の前に来ていた。先生に呼ばれシンジは、教室に入っていった。そしてシンジは、「碇シンジです。第二中学から転校してきました。趣味は料理です。よろしくお願いします。」と軽い自己紹介をした。するとクラスの人が騒ぎ出した。ごく少数の人物達は、クラスの騒ぎに加担せずにシンジは、じっと見ていた。
シンジが1限目の授業中にパソコンに届いた一通のメールをシンジは、開いた。そこには、『碇君は、昨日のロボットのパイロットY/N』と書いてあった。シンジは、（まぁいいか。）と思ってYESを押した。すると次の瞬間クラスの皆が立ち上がりシンジの方を向いた。シンジは、「授業中だよ。今は、授業に、集中しよう。」と言ってクラスの騒ぎを沈めた。授業が終わるとある少年に体育館裏に呼び出された。
原作のシンジってよく言えば認めてもらいたくて努力する少年におもえる。