体育館裏に呼び出されたシンジは、鈴原トウジに、「ありがとな、転校生。お陰で助かったわ。」と言われた。
～回想～
トウジ「なぁ、あのパイロットって誰なんや？ワシお礼言いたいんやけど。」
保安部「パイロットは、機密で言えないけどいつかわかった時に言ったらどうだい？」
トウジ「せやな、そうするわ」
～回想～
あそこにいたのがトウジ達で、その時に保安部に言われたらしい。トウジが、お礼を言った後にシンジは、「だけど、もう僕は乗らないけどね。」と付け足した。トウジとシンスケ「「なんでなんや！」」と言って突っかかってきた。シンジは、冷静に「その時に別のところで戦うからだよ。」と言った。トウジ達は、「別のところて、どこや？」と聞いてくるがシンジは、「ナイショだよ。機密だもん。」と返してその場を撤退して行った。
その3週間後のある日の授業中にシンジの携帯が鳴った。それをシンジは、電話に出た。電話の相手は、アーサーで「艦長！使徒が第三に来てます！今、車で着きましたから降りてきてください！」と言ってきた。電話を切るとシンジは、「先生、急用が出来たので失礼します。」と言って窓を開けて飛び降りた。クラスメイトは、「「「「「え～！」」」」」と言って窓から覗いた。そこには、車に乗って走り出していくシンジがいた。シンジが走り出して数十分後に非常事態宣言が発令された。その頃シンジは、ZAFTの基地について白服に着替えてミネルバに乗り、第三新東京市の上空に向かった。NERV本部ではエヴァに乗るパイロットがいないというのに国連からエヴァの出撃要請が来ていたがパイロットがいないため皆、戸惑っている。そこにもうひとつの特務機関ZAFTから指揮権の引き渡しの通信が入ってきた。ゲンドウは「静かにしろ！」と一喝し、黙らせて通信をメインモニターで開いた。そこには、特務機関ZAFTの白い制服をきて帽子をかぶってフェイス隊のバッチリを着けたシンジが映っていた。NERVの面々が驚いた顔をした。ミサトは、「なんであなたがそこに居るの！シンジ君！」と言った。シンジは、『改めて自己紹介をしましょう。特務機関ZAFTの総司令兼ミネルバ艦長のを碇シンジ少将であります。今日は指揮権を頂きたく思います。』と言った。ミサトは、「そんなこと出来るわけないじゃない！」と言った。サードチルドレンの碇シンジがもうひとつの特務機関のトップとわかりパイロットがいないNERVには、使徒に対抗する力は、なくゲンドウが「構わない」と言った。シンジは、「感謝します。今回は、ZAFTが勝利させて貰うね。」と言って通信を切った。NERVの職員は、それを黙っているしかなかった。
次も楽しみに