ユダとの戦いから3年。
陸人は高校生になり、勉学と高校を機に入った天文学部を楽しみつつ、ユダの一件で、未だに起きる怪獣事件や、異星人騒動のために奔走する毎日を送っていた。
そんなある日、自身の前に現れた、神を名乗る存在と出会い、陸人ことウルトラマンアースの史上最悪の戦いが始まる。
青空 陸人
17才
高校2年生
ウルトラマンアースとして戦いながら、高校生活を謳歌する本作の主人公。
未だに背が伸びないことを気にしているが（これはウルトラマンになったことで、成長が遅くなっているのが大きい）、精神面では大きく成長しており、かなり大人びた性格になっている。
ただ根底は変わっておらず、誰かが苦しまないために、日々戦いの毎日を送っていた。
真海との関係だが、実は高校入学時に告白して振られており、それ以来少し疎遠になっているが、未だに真海のことを引きずっていて、吹っ切れていない。
しかし、虐められていた中学時代とは打って変わり、現在は実は結構モテており、学校では異性の友人も多くなっている。
勉強面は余り改善されていないが、運動神経に関しては、ウルトラマンになった影響から大幅に上昇しており、寧ろ思い切り手加減しないと相手に大怪我させてしまうため、その加減に苦労している模様。
そんなある日、神様と名乗る存在が現れて……？
ウルトラマンアース
陸人がグランフォンを使用して変身する姿。3年前の戦い以降も数多くの激闘を繰り広げた影響で、戦闘能力も当時より向上している。
グランドとは違い、他のウルトラマンの力を自身に上乗せして戦う事はできないが、様々なウルトラマンの技をアプリで使用して戦う。
水沢 真海
20才
陸人の幼馴染にして、現在は大学生。
陸人とは少し疎遠になっているが、今も陸人のことを大切に思っている。
そもそも、陸人を振ったのは、好意に全く気づいておらず、突然の告白に驚いたのが原因。今は寧ろ逆に意識してしまい、そのため話せなくなったらしい。
ただ陸人のというか、ウルトラマンアースの活躍は追っており、世間では新たに現れた正体不明のウルトラマンとして話題になっているアースの正体を知るものとして、その動向を気にかけていた。
そんな折、最悪の戦いに巻き込まれていくことになる。
神
自身を破壊と想像の神を自称する謎の青年。
男女問わず見た者を魅了する見た目をしており、陸人は逆に不気味と称している。
その正体は、正真正銘神様。あらゆる宇宙を作り出し、平行世界の全てを司る存在。
この世界は愚か、平行世界のあらゆる存在の上に立つ存在であり、完全無敵の力を持つ。
目的は、世界の整理。余りに増えすぎた世界を、整理するために来たのだが、宇宙の平和を守るウルトラマンという存在は、自分が出張る理由を無くす為に必要なコマのため、陸人に別の宇宙へ行ってほしいと言いに来たのだが、勿論陸人はそれを拒否すると、ならばお前ごと滅ぼそう。といい、空から大量の怪獣達が降ってくる事に。
その怪獣達の正体は、歴代ウルトラマンに勝った世界線の怪獣たちで、本来ならウルトラマン達に敗北する運命をある意味で乗り越えた存在達。それを世界を超えて呼び出すことで、他にも数多くの世界を消し去ってきた。
ラスボス以外にも、それぞれの話数で登場した怪獣達が街を襲う中、陸人はウルトラマンアースに変身。しかし多勢に無勢で、倒されてしまい、変身が解除されてしまう。
天を覆うほどの怪獣の群れに街は破壊されていき、陸人を心配して来た真海が陸人を連れて逃げるのだった。
それから半日経って陸人は目を覚ますが、既に街は無く、世界各地で怪獣が暴れ、地球崩壊のカウントダウンが始まっており、陸人は急いで再び戦おうとするが、真海に止められる。
もうこんなのを打開するのは不可能だと言う真海に、陸人は首を振ると、
「諦めない。だって俺はウルトラマンだから」
と言って、陸人は再びウルトラマンアースに変身。
しかし先程同様、多勢に無勢で苦戦を強いられる中、生き残った人々がアースに声援を送ると、それが光に変わり、アースは復活。そのまま光線で怪獣達を蹴散らしていくが、次の瞬間アースの胸を光が貫き、アースが地面に倒れた。
その攻撃の主は神で、抵抗されるのは面倒だと発言。そもそもその気になれば、指パッチンで世界を消せる彼が、何故こんな事をするのか。それは、絶望に包まれ泣き叫ぶ人々の姿を見るのが楽しいから。
せめて壊す前に、自分を楽しませてもらうはずが、思った以上に抵抗され、面倒くさくなったのか、神は手を上げ、指を鳴らすと、アッサリと世界が消滅。そのままアースも、消えてしまうのだった。
ウルトラマン エターナルアース
世界が消滅し、次の整理する世界に行くべく、移動しようとした所に現れた謎のウルトラマン。
手を振るだけで消滅した世界が元通りになるなど、その力は未知数。
スペックも既存のウルトラマン達を凌駕し、軽く拳を振るだけで、惑星をも消し飛ばす。
破壊と創造を司り、神如きウルトラマンというよりは最早、神をも超えた存在。
歴代ウルトラマンの力を、本人達以上に、ノーモーションで扱うことが可能。
必殺技は、全エネルギーを内包して放つ、エターナルアースィム光線。
その正体は、真海と融合し、更に他の宇宙のウルトラマン達と、その世界に住んでいた人々の願いが具現化した、アースの究極形態。
そして消滅し、暗闇を漂う中、陸人の元に真海が来て、無茶ばかりする陸人に怒り、それでも戦う彼に、涙を流すと、それが陸人の胸に落ちた時、光が溢れ出し、更に敗北し、バットエンドを迎えた世界のウルトラマン達だが、その魂はまだ残っており、それがアースに取り込まれ、更にそれぞれの世界の人々が、アースの戦いを見て、もう一度ウルトラマンを信じ、希望を託した。
これが行えたのも、アース自体が、歴代ウルトラマンの力を受け取って生まれた存在だったからというのもある。
そしてそれによって、陸人は復活し、真海と光りに包まれ、改めて真海に告白し、真海はそれを受け入れると、二人でウルトラマンに変身し、エターナルアースは生まれた。
神は自身をも超えるであろう存在となった、エターナルアースに敵意を向け、怪獣達をけしかけるが、全ての怪獣達を軽々と蹴散らしていき、最終的に、必殺のエターナルアースイム光線で、怪獣と神を纏めて撃破した。
その後、再び平穏の日々を取り戻した陸人と真海だが、高校生の彼氏（見た目中学時代から変わらず）に見た目犯罪だよねぇ。と真海は悩むのを背景に、物語は終了。
その後もこの形態にはなれるらしいが、陸人自身はこの形態は存在してはならない姿だと思っており、この形態にはならない方針らしい。