主人公ニコ・クロフトは暁の蜂起を経てテストパイロットとなり、グリフォン小隊に配属される事になる。小隊を束ねるルドルフ・イェーガーや狙撃手オリガ・エレノワ、そして相棒のソーニャ・カミンスカヤと共にブリティッシュ作戦に参加し、些細な諍いからジオン海兵隊と因縁を持ってしまう。その対立を軸に暗躍するキシリア・ザビの陰謀、腐敗したジオン・連邦両軍の狭間で鎬を削りながら、次第にグリフォン小隊は追い詰められて行く。苦しみ悩みながらも大戦を生き抜き、そして散って行った若者達。最終決戦の地ア・バオア・クーでニコは虹のキセキを見る───