木枯らし吹きすさぶ秋深い頃。
『小笠原諸島に突如発生した台風の調査に気象観測船はるさめが向かっています。観測結果は後程お伝えします。』
鬼太郎たちは季節外れの台風に違和感を持って見ていた。
「な、なんだあれは！？うわぁあああ！！」
はるさめの調査隊は、大海蛇の妖怪に襲われ沈められてしまうのであった。
『人間どもめ！お前たちの時代は、もうお終いだ。これからはこの妖怪皇帝様が支配するのだ。』
「父さん！強い妖気を感じます！」
「こりゃ、只の台風じゃないぞ！」
台風の調査をすると妖気を感じ、目玉おやじがこれは怪気象だと気づきこのままでは危ないため仲間に協力してもらうことに。
「千年に一度起きると言われる怪気象じゃ！仲間に伝えて協力してもらおう。」
「はい！」
そして、怪気象に潜むのは妖怪ばかりではなかった。
「夢月様、悪魔軍団が到着しました。前衛は妖怪共に任せ、このまま中衛に布陣させます。」
「ご苦労です。わたしは姉さんに代わって軍団全体の統括を執ります。ベリアル、貴方はここで私の補佐をしなさい」
「っは！･･･ですが中衛の指揮は誰が？」
「ヘルマン卿あたりに取らせればいいでしょう。あれの使い魔のスライムたちもヘルマンの補佐ができる程度の知能があると聞いています。」
「幻月様、夢月様の御意に従います。」
悪魔ベリアルは恭しく頭を下げると、下級悪魔たちに担がせた神輿玉座でジュースを飲む幻月が軽く手を振って笑顔を向けた。
「幻月様、この度の侵攻は我ら悪魔による地上支配を目指したものなので？」
「そんなわけないでしょ？楽しそうだからに決まってるでしょ？」
「は、はぁ…左様でございますか。む、夢月様、では我々はどの程度の事をすればよいのでしょうか？」
「は？好きに暴れればいいのでは？好きなだけ殺していいと思うわ。」
「随分と雑なのですな。」
「人間の命なんか、なんとも思っていないのよ、私。いくら殺そうが知った事じゃないわ。手を貸せって契約だもの詳細は言ってないのだから、やり方にケチを付けられる謂れはないわ。」
夢月の言葉を聞いたベリアルは妖しく嗤う。
「それは大変結構なことで。では、その後は好きにしていいと･･･。」
「そういうこと、貴方達は地上を破壊しつくしてもいいし、人類を奴隷にしてもいい。私たちはこんな世界に興味はないから帰るけど。」
悪魔の軍団は怪気象に乗って日本に上陸しようとしていた。
しかし、人々に怪気象が迫ると伝える鬼太郎たちだが誰も話を聞いてくれない。
「あやしい奴め！」
挙句に警察官たちに追いかけ回される始末。
それを助けたのが漫画家の水木氏。
戦時中に妖怪に助けられたことがあった彼は人間と妖怪の友好のために鬼太郎を手助けした。
「怪気象で東京が滅びちまう！死にたくなきゃ、このサバイバルセットを買った買った！」
一方、怪気象が東京に近づいているなか、ねずみ男はお札付きのサバイバルセットを売って一儲け。
「怪気象って本当なの？ねずみ男さん？」
「まぁな。鬼太郎たちが大騒ぎしてたけどね。」
「大変、どうしよう。」
「なにが？ってあれ？これは･･････ぎゃあああ！逃げろ～！」
そんなねずみ男を見かけた夢子は心配するなか、ぐわごぜら妖怪たちが現れるたので夢子とねずみ男は慌てて逃げ出した。
「いくら焦っても怪気象からは逃げられないぞ。あっはははは！」
先行して上陸していたぐわごぜ達は肩慣らしと言わんばかりに人間たちを脅かして回っていった。
そんななか、政府は高野山から高僧を呼び出し怪しい雲を見てもらう事に。
そして、逃げ惑うねずみ男たちの前にはがしゃどくろが現れる2人は地下鉄に乗って逃げることに。
高僧は怪しい雲を怪気象だと見抜くと妖気を出している謎の生き物を退治するしかないと助言。時の首相である田中は先のクーデター未遂事件もあり自衛隊だけでは不安に感じ、自衛隊と国内破魔組織の法力僧たちを使う事にするのだった。
一方、地下鉄に乗ったねずみ男たちでしたが、地下鉄にも妖怪の魔の手が･･･
キッーーーー！！！
地下鉄が急停車する。
ねずみ男と夢子は先頭車両まで様子を見に行こうとしたがガツンと大きな音がすると運転席が土蜘蛛に襲われ運転手が丸吞みにされていたところであった。
「わぁあああ！！」「逃げろ！逃げろ！」
乗客たちが一斉に逃げだしていた。
ねずみ男も夢子の手を引いて逃げようとするのだが、女の子が泣いているを見つけて助けるのでした。
ねずみ男ですが外に出ると今度は大海蛇が襲い掛かった。
そこに鬼太郎がやってくると髪の毛針で応戦、一反もめんにねずみ男たちを安全な場所へ連れて行くように言うとオカリナを使って大海蛇を翻弄し、電線に感電させて焼きはらったのだった。
「大海蛇の表面は油だらけで火に弱いと思ったんです。」
「さすが我が息子じゃ！」
その様子を見ているぐわごぜ。
「鬼太郎め、やりおるわ。だが、必ず追い詰めてやつけてやる。ははははは。」
助けた女の子を水木氏の家に連れて行った一行、途中で助けた女の子は外人なのか話しかけても返事がありませんでした。
自分を助けてくれたねずみ男の怪我を治療しようと夢子から消毒液のついた綿を受け取って傷の手当てをするのでした。
「せめて、名前が解ればいいんだけどな。」
そんなねずみ男に女の子は答えます。
「カロリーヌ。」
「そうかい。俺、ねずみ男ちゃん。」
「ねずみ男ちゃん？」
「そっ、俺、ねずみ男っての。カロリーヌちゃん」
「ねずみ男ちゃん。」
「カロリーヌちゃん。」
「ねずみ男ちゃん。」
「カロリーヌちゃん。」
自分の名前を呼んでもらえたねずみ男は嬉しくなって女の子の名前を呼ぶと彼女もねずみ男の名前を呼び返します。
女の子には優しいねずみ男はしばらくいっしょに遊んであげるのでした。
「案外、気が合ってるんじゃない？あのふたり。」
「これで、ねずみ男も女の子に優しかったりするからの。」
猫娘の言葉に同意する目玉おやじ。
そんななか、水木の妻がテレビを見るように言うとテレビには妖怪総理大臣を名乗るぐわごぜが映り、妖怪皇帝からはメッセージが発せられたのであった。
『馬鹿な人間どもに遠慮して生きる時代は終わった。東京を妖怪の国にするのだ。だが、我が理想を邪魔する輩がおる大悪党ゲゲゲの鬼太郎だ。』
東京を妖怪の世界にするという妖怪皇帝を見て、目玉おやじも妖怪皇帝を知らないとその存在を奇妙に考え。
「なによ！悪党はそっちじゃない！」「そうよ！」
そんな妖怪皇帝は、鬼太郎を大悪党だと言うと猫娘たちは怒り爆発させた。
一方で、怪気象の前には自衛隊が集結しそこには戦車が砲塔を向けていた。
そして、自衛官が整列する先頭に法術師の集団が
「これより、妖魔討滅の為、妖気象に入る。」
まえにもチョイ役で出しましたが東方旧作キャラ出しました。