「これより、妖魔討滅の為、妖気象に入る。」
完全武装の自衛官たちと共に妖気象の影響下にある霧の中に入っていく法師たち。
天台宗の実働兵力である法術師たちであった。
天台宗は比叡山焼き討ちを中心に織田家の天下統一を拒み織田幕府から繋がる旧国家政府の全てに圧されていた存在であり、旧国家政府のやり方を全否定している現政府に積極的に賛同していた。逆に旧国家に優遇されていた真言宗は現政府に圧力を掛けられている。
戦車や装甲車をも連れだった討伐隊が妖気象に侵入して行った。
しばらくして、水木の家には鬼太郎を匿っているだろうと一本だたらが水木氏の家に押し入ってきた。
後ろから他の妖怪たちも続く。
「おのれぇ！鬼太郎！時代送りにされた恨み晴らしてくれる！」
さらに、蛇骨ばばあも押し入り家の中を探し出すので鬼太郎は表に出て戦うことに。
一番最初に乗り込んだ一本だたらは猫娘の切り裂き攻撃を受けて悶え、その後ろから夢子がゴルフクラブで滅多打ちにした。
「よし！ここで見てなよ！ねずみ男ちゃんのかっこいい所を見せてやるからな！さぁ！どっからでもかかってこい！」
ねずみ男も参戦し、邪骨婆とその手下妖怪を臭い息と屁で撃退したのだがその隙にカロリーヌが白溶裔（しろうねり）に捕まってしまいます。
鬼太郎が一反もめんに乗って追いかけるのですが、白溶裔の毒息に苦しみ見失ってしまいます。
しばらくして、テレビにはカロリーヌの姿が。
ぐわごぜはカロリーヌの命を救いたかったら1人で国会議事堂に来いと鬼太郎に伝えるので、ねずみ男たちには水木の家を守るように言い鬼太郎は国会議事堂へ。
その間に、仲間を呼ぶために怪気象を抜け出そうとする目玉おやじと一反もめんですが、行ったり来たりで怪気象からは出る事ができない。
そんななか、怪気象に侵入した自衛隊の討伐隊が妖怪たちを倒していると、上方から悪魔たちが襲い掛かる。
「うわぁあ！？応戦！！応戦しろ！」「撃て！撃ち落とせ！」
「ッ破！」
「「「グゲェエエ！？」」」
法術師たちが法力で悪魔たちを打ち負かす。
自衛隊の銃火器も悪魔たちに一定の効果があり、このまま悪魔たちを押し返すと思われたが･･･
「ふはははっはは！！この、ベリアルにそのような児戯は効かんぞ！」
悪魔ベリアルの登場で戦況は一気に悪魔たちの傾き、討伐隊が一方的に蹂躙され始めた。
その頃、地下から抜け出そうと下水道を通った目玉おやじはそこで自衛隊の討伐部隊が全滅したことを知り、怪気象内の悪魔たちの存在を知りなんとかしなくてはと急ぐのでした。
場所は変わって、国会議事堂の前では小豆とぎが鬼太郎を偵察し姿を見つけるとぐわごぜに報告した。
多くの妖怪の姿があるなか鬼太郎は1人で立ち向かいますが白溶裔（しろうねり）に捕まり妖怪たちに襲われてしまう。
そこをオカリナを使って白溶裔を切り捨て、脱出し妖怪たちと戦うなかぬりかべも現れて形成を整えるのだが、今度は自衛隊の討伐隊を倒した悪魔軍団が戻ってきたのだった。
「おぉ！よく戻ってきた！鬼太郎を倒してくれ！！」
ぐわごぜの頼みに幻月はベリアルに手で行くように示す。
「っは！お任せください！」
今度は鬼太郎たちは悪魔軍団と戦い始めたのだった。
そして、妖怪皇帝ぬらりひょんが行動を開始。
「朧車、しばらく怪気象作りは中止だ。悪魔どもと戦っている鬼太郎を後ろから襲ってやれ。」
「わかった。」
朧車に怪気象作りはしばらく中止と伝えると鬼太郎の後ろに朧車が現れ、鬼太郎をかばったぬりかべが石膏のように動けなくなり、ぐわごぜが鬼太郎にペンダントをぶつけ隙を作ると鬼太郎も朧車の攻撃で石膏みたいに固まってしまったのだった。
「やったわい、鬼太郎をやつけたぞ！」
「どうかしら？ぐわごぜ？悪魔たちは役に立った？」
「もちろんだ！このまま、日本全土を乗っ取ってしまおう！」
「それは楽しそうね。姉さん。」「ふふ、そうね。」
ぐわごぜは歓喜の声を上げ、それを幻月、夢月は不敵に笑って眺めていた。
そしてぬらりひょんは朧車に怪気象を広めるように引き続き命令、ぐわごぜは理想の国家を作るのに一歩近づいたと歓喜しますが、目を覚ましたカロリーヌがそれらを目撃。
父であるぐわごぜに鬼太郎を倒すために自分が使われたと思ったカロリーヌは悲しみ泣きふさぎ込むのであった。
その頃、麻帆良学園の学園長室では悪魔出現と言う事もあり、政府より援軍を出すように要請されたのだが、ベリアルやヘルマンと言った高位悪魔の存在もあって並大抵の援軍では役に立たないと言う事もあった為、学園長の近衛近右衛門はエヴァンジェリンに特例的に対処してもらおうとしたのだが、彼女の出した交換条件に頭を抱えていた。
「私を出すなら、大樹も連れて行きたい。」
エヴァンジェリンが東京の事態の対応の為に出ることを聞いた大樹はエヴァに自分も連れて行くように頼んだ。
この事態の首謀者はぬらりひょんで因縁の相手、さらに協力者は元側近ぐわごぜである。
大樹自身、何か異常事態を感じ取っていたこともあったのか。エヴァに「気になることがあるんだ。」と告げただけであったが、親友の頼みを素直に聞いてやるのはエヴァの身内に甘い性格と大樹とエヴァの長い付き合いからのものであった。
「嫌なら、私は行かんぞ。」
近右衛門は少し唸ってから観念したように応じる。
「わかった、わかった。じゃが、常に判を押し続けねばならんのじゃ。早く戻って来てくれよ。」
戦後初めて大樹は学園の外を見ることになるのだった。
そしてそんななか、国会議事堂のマンホール下ではねずみ男が様子見を。
ミサイルはあと30分で発射するなか、怪気象を抜け出した目玉おやじと一反もめんは夜行さん、子泣き爺、砂かけ婆と合流し救出作戦を考えてることに！
ねずみ男はカロリーヌを助けようと下水から国会議事堂に侵入して、カロリーヌの名前を呼んで探し回っていると「ねずみ男ちゃん！」と声が聞こえ、扉を体当たりで突き破って助け出します。
そのまま逃げようとするねずみ男であったがカロリーヌが鬼太郎を助ける方法を知っていると言うのでカロリーヌに案内されて朧車のもとへ向かうのであった。
そして、場面は変わって国会議事堂では
「た、大変だ！新手だ！めちゃくちゃ強えぇ！」
伝令の妖怪は「ひぃいいい！！」と悲鳴を上げて議事堂の中に逃げて行った。
「ふははははははっはは！！久しぶりに思う存分暴れられるぞ！
テンション爆上げのエヴァンジェリンは雑魚妖怪や下級悪魔を蹴散らし、ベリアルを劣勢に追い込んでいた（ヘルマンは既に撤退）。
「大悪魔であるこの私が！？妖怪如きに！？」
ベリアルに止めを刺そうとエヴァが氷の槍を投げつけたのですが、その槍が圧倒的な魔力の奔流に飲み込まて消滅する。
「あらぁ･･･闇の福音ダーク・エヴァンジェルがこんな極東の国で何をしているのかしら？」
「？魔法使いの犬にでもなりましたか？」
光の奔流が消えてそこから現れたのは2人の少女。それを見たエヴァは呟く。
「最凶の悪魔･･･幻月、夢月。」