ぬらひょんたちは赤坂の料亭を貸し切って密談をしていた。
ぬらりひょんは建設会社経営、政財界には政治献金などを行い、裏社会に精通し暴力団にも影響力を持っていた。かつて大樹が皇族、政府、財界、軍に絶大な影響力を持っていたのに比べれば大したものには思えないかもしれないが、他の組織の長が人間社会に影響力を持っていない。もしくは小さい事を考えると、ぬらりひょんは妖怪勢力の長として頭一つ飛びぬけていた。
「戦後、大樹野槌水御神の権威は失墜。雪女郎やたんたん坊は己が里に引きこもり、隠神刑部狸は南洋の辺境から未だに戻れず。人間社会に多かれ少なかれ影響力を持っていた白蔵主やぐわごぜの勢力は決起に失敗し形骸化している。破魔組織の二大巨頭である関西呪術協会と関東魔法協会は未だに内輪揉め動きが鈍い。それ以外の破魔組織も多少力があった鬼道衆が壊滅した今、障害にはならん。警察や自衛隊など儂ら妖怪の敵ではない。それは先のぐわごぜの一件が証明している。儂らの最大の障害･･･それは･･･ゲゲゲ鬼太郎。奴さえ何とかすれば、日本妖怪の総大将は名実ともに儂となろう。･･･朱の盆！！邪骨婆！！今こそその時だ！！」
「っははぁ！！ぬらひょん様ぁ！！」
「ふぇふぇふぇ･･･ぬらりひょん･･･。主、やる気じゃの。」
ぬらりひょんは決意した。
そ鬼太郎を抹殺する一大作戦を行うことを…。
ぬらりひょん派の妖怪たちが再び人間たちを攻撃した。
燃え盛る町を駆けるかまなり、火車、邪魅、魍魎といった妖怪たち。
「火遊びはこのくらいにして、早くいこうぜ！」
「ああ、他の皆もきてるだろうからな。」
皆が集まっていると言ってスタジアムに向かうとそこには大勢の妖怪が…。
中央ではぬらりひょんが自身の支持妖怪たちに向かって演説を打っていた。
「集まったものの気持ちは皆同じだ！地球は人間どもによって汚くなる一方だ！そんな人間に遠慮し隠れて暮らすことは無い！自分たちだけが生き物だと思っている人間たちを叩き潰し消し去り、この地上に妖怪王国を築くのだ！！！その為にはまず人間に味方する鬼太郎を葬り去らなくてはならん！！すべてはそれからだ！！」
と言うと魍魎がぬらひょんに問う。
「ぬらりひょんの大将、そうは言うがどうやって倒すんだ？」
「倒す手は考えておる。見ておれ･･･。」
と言う。
鬼太郎は家で自称弟子のシーサーと一緒に居ると、鬼太郎はある事を考えていたと言う。
このところあちこちで起こる火事のことで、ニュースでは原因不明の火事とされているが、鬼太郎は妖怪が犯人ではないかと疑っている。
すると
ポン！ポン！ポン！
「少し様子を見てきます！」
怪しい音が聞こえて様子を見に行く鬼太郎。
鬼太郎が外に出ている間、目玉おやじはシーサーに昔、江戸の本所というところに七不思議が有ったと話し、その一つに狸囃子というのがあると言う。
「太鼓の音に聞こえるが実は腹をぽこぽこ叩いている音なのだが音の方に近づいていっても誰もいなかったという話じゃ。」
「ふ～ん。あ！！お前たち！？うわぁ！？」
「な！？お前たちは！？ひゃぁ！？」
そんななか、鬼太郎の家ではシーサーと目玉おやじが何者かに襲われてしまいます。
一方で竹林の中に入っていく鬼太郎だがそこには誰もいない。
気のせいでしたよと言って帰ってくる鬼太郎が家で見たのはシーサーが倒れている姿。そして目玉おやじはいない…。
残っていたのは、「目玉親父を生きて返してもらいたかったら一人で柳川の土手へ来い」というメッセージ。
急いで柳川の土手に向かう鬼太郎はそこでねずみ男と出会うと鬼の様な形相でねずみ男を問い詰める。
「父さんの事には関わりが無いんだな。」
すると、ねずみ男は何か食べさせてくれと言って近くの蕎麦屋の中に入ると、誰もいないが美味しそうな蕎麦がある。
ねずみ男は蕎麦を食べだして、鬼太郎も中へると提灯から火が出て蕎麦屋が燃え始める。
「「熱！？アチチ！！」」
そこに雷獣が姿を見せると鬼太郎に攻撃して痺れさせるため怖がるねずみ男はその場を去る。
「キシャー！！」
「お前か！！父さんを連れ去ったのは！！」
鬼太郎は雷獣が連れ去ったのではないと分かるとリモコン下駄と髪の毛針で攻撃し退治する。
「死ねぇ！！」
すると今度は狐者異（こわい）が姿を見せ鬼太郎に襲いかかるため、妖怪ムチで倒すが鬼太郎は川に転落してしまうのだった…。
「うわぁ！？」
その頃、足洗い屋敷では捕らわれた目玉おやじがぬらりひょんと朱の盆から鬼太郎が本所七不思議の刑にあっている事を知る。
一方で川から出ようとする鬼太郎は、おいてけ堀に捕まり水の中で息ができなくなってしまう。
「体内電気！！」
そこで、雷獣に注ぎ込まれた電流に鬼太郎のエネルギーをプラスしておいてけ堀を退治すると陸に上がる鬼太郎だった。
別の場所では逃げたねずみ男が墓場で蕎麦を食べていると、鬼太郎の命も今夜限りかと声を聞く。
そこでは、かまなり、邪魅、火車、魍魎の話し声がし、目玉おやじを人質に鬼太郎を本所七不思議の刑で始末する事を聞くのでした。
また、鬼太郎の家では砂かけ婆、子泣き爺、一反もめん、ねこ娘、夢子が集まっており、シーサーはみんなで助けに行くしか無いと言うが、朱の盆に襲われたという事はぬらりひょんの仕業だとし、鬼太郎が居ないのにどうしたものかと悩む。
その頃、鬼太郎は笹林を歩いていると今度は草鎌鼬が姿を見せる。
「この草鎌鼬があの世に送ってやる。」
鬼太郎に向かって攻撃してくるため、逃げて隠れてから隙を突いて妖怪ムチで攻撃をして退治します。
すると拍子木の音がして送り提灯が姿を見せると、目玉おやじのいる場所を知っていると言って、案内すると言います。
鬼太郎は怪しみながらも付いていくと送り提灯は居なくなっては姿を現わしたりしてぬらりひょんの居る古屋敷に案内するのでした。
一方でねずみ男は鬼太郎の家に到着。
仲間たちに本所七不思議の刑だと話すと、相手はぬらりひょんのためどうするか悩む仲間にこの際ぬらりひょんの方についた方がと言うためねこ娘に叱られてしまいます。
そんななか、本所七不思議を思い出した砂かけ婆は、目玉おやじは足洗い屋敷に連れて行かれたかもしれないと話し、そこには恐るべき妖怪・足洗いがいると言うのでした。
それから、鬼太郎は送り提灯についていき、鬼太郎の姿を確認した朱の盆はぬらりひょんに報告。
目玉おやじは茹っている釜の上に吊るされているなか、鬼太郎は送り提灯の案内で足洗い屋敷の中へと入っていく。
そこで目玉おやじの入ってはならんと言う声を聞くと、ぬらりひょんがここまで来いと言う。
ぬらりひょんは、妖怪王国を作るには鬼太郎が邪魔だと企んでおり、鬼太郎を退治したくてたまらない。
一方で目玉おやじは
「仲間と力を合わせてぬらりひょんの野望を打ち砕くのだと言うと、人間と妖怪が仲良く暮らす道を途絶してはいけない、その為なら死んでも悔いはないぞぉ！」
「そうか。死んでも悔いはないか。」
「茹で目玉にしてやるぞ。」
朱の盆が目玉おやじを煮えたぎる湯に入れようとするとぬらりひょんの前に姿を見せる。
すると、足洗いが襲いかかってきて鬼太郎を踏みつぶそうとするのだった。
「鬼太郎を踏みつぶせ！！」
ぬらりひょんは足洗いに命じたのでした。
そんな時、砂かけ婆たちはジッとしてはいられないとして、一反もめんとシーサーに仲間を集めることにさせ、夢子もみんなと鬼太郎を助けに行くと言うとねずみ男もついていく事にします。
足洗いに襲われる鬼太郎。
足洗が暴れた拍子に目玉おやじは飛ばされぬらりひょんに捕まってしまう。
鬼太郎も足洗いに踏み潰されてしまうと大ピンチになるのでした。
そこにぬりかべが助けに現れると鬼太郎をサポートし、一反もめんに乗って砂かけ婆とシーサーも現れるとぬらりひょんに攻撃をし、ぬらりひょんの手を離れた目玉おやじをねこ娘が助けます。
朱の盆はねずみ男に殴られると、足洗いには子泣き爺や助けに来ただるま、座敷わらし、まくら返し、ひでり神、あかなめ、呼子、がんぎ小僧、傘化けたち鬼太郎の仲間が取り押さえる。
そして鬼太郎は一反もめんに乗り、足洗いの後ろへ回るが、暗闇の中では実体が無く手の打ちようが無い。
ところが足洗いの攻撃を避けると屋敷の屋根が崩壊し、足洗いは陽の光を浴びて滅びてしまうのであった。
「ぐわぁあああああ！！」
それから、ぬらりひょんはもう一度出直しだと言って逃げると、朱の盆がボンネットに飛び乗った為、前が見えずにそのまま崖下に転落するのであった。
「降りろ！前が見えん！崖が！？うわぁ！？ばかもぉん！？ぎゃあああああ！？」
「ありがとう！みんな！」
最後に助かった鬼太郎は仲間たちに感謝をする。
「良い仲間を持ったお前は幸せもんじゃ。」
と目玉おやじが言うと、夢子に
「人間にも良い人もいる悪い人もいる妖怪だっておんなじじゃ。お互い良いところは見習い認め合って生きていくのが一番じゃぞ。」
と語り、みんなで仲間たちとゲゲゲの森に行くのでした。