その後も、ネギ君が惚れ薬を作ったり、ウルスラの高等部とドッジボール対決をしたり、近衛木乃香さんのお見合い騒動があったりしましたが、相も変わらず麻帆良は平和でした。
その一方で、学園の外。
渋谷のスクランブル交差点に森が出現。
街行く人々が突然木に変身してしまう不可思議な現象が発生していた。
そんな中、中学生の犬山まなが半信半疑で妖怪ポストに手紙を出すと、カランコロン下駄を鳴らす音とともにゲゲゲの鬼太郎がやってきた。
「手紙をくれたのはお嬢さんかね？」
「ひぇえええ！？め、目玉がしゃべってる！？」
鬼太郎の髪の中から姿を見せた目玉おやじにびっくりして距離を取るまなに、鬼太郎が近づいて「驚かしてごめん。これは僕の父さんだ。」と声をかけた。
混乱するまなに目玉おやじは
「見えている世界がすべてじゃないぞ。見えない世界と言うものもあるんじゃ。」
と言い聞かせて、納得させた。
まなの話を聞いた鬼太郎と目玉おやじは、まなに連れられて渋谷の現場に向かい調査した。何百年も昔に封印されたはずの妖怪の仕業だと確信。
そして、スマホからネットの投稿動画の中から動画配信者がのびあがりの封印された祠を破壊する動画を見つけ、原因を探るため都市の地下貯水施設へと向かうがそこで鬼太郎とまなを待ち受けていたのはのびあがりであった。
まなにはのびあがりの姿が見えず、のびあがりからまなを守ろうとした鬼太郎が木に変えられてしまったのであった。ですが、鬼太郎は死んでおらず。実になって出てくることが分かった目玉おやじはまなに妖怪の事を語るのだった。
「わたしには何も見えなかった。」
「まなちゃん、今の人間は自分たち世界がすべてだと思っておる。じゃがな、見えてるものがすべてじゃない。見えんけどおるんじゃ。その中には悪い奴もおるんじゃ。そいつらは人の心の闇に惹かれる。わかるかね？」
「･･･わかんない･･･でも･･･解りたい。」
そして、鬼太郎が吸血木から脱した後。
鬼太郎は再びのびあがりに戦いを挑もうとまなの下を去ろうとした。
「まだ、わからないのか？のびあがりは危険なんだ。」
「でも、でも、着いていきたい。わたしにも何かできることがあるはずだよ！」
まなは、無理にでもついていこうとして鬼太郎もそれ以上は止めなかった。
そして、地下貯水施設でのびあがりと戦う鬼太郎。その姿はまなにもしっかりと見えていたのでした。
そして鬼太郎を助けようとして、まなが投げた空き瓶があらぬ方向へ飛んで行ったかと思うと、積み上げていた建材を崩し、パイプを壊し、クレーンが動き伸びあがりにぶつかって、のびあがりが怯るみ逃げた。
「なんという偶然力じゃ！」
逃げるのびあがりを追いかける鬼太郎は髪の毛針と霊毛ちゃんちゃんこの連携、そして指鉄砲で止めを刺して倒すのだった。
しかし、のびあがりに勝った鬼太郎を背後から狙う仮面の人ならざる者。
不意を突かれて背後から矢を打たれてしまう鬼太郎。
ゲゲゲの森までまなに連れて行ってもらった鬼太郎は仲間たちに介抱されて回復したのだった。
さらにそのすぐ後のことだ。
何者かの手によって見上げ入道の封印が解かれたのだ。
見上げ入道はアイドルのコンサート会場に現れ、そこにいた人間を霊界に飲み込んでしまったのであった。
鬼太郎とねこ娘が駆けつけると、偶然まなも会場にやってきたところだった。
「人間は妖怪のことに関わるな」
まなを遠ざけようとする猫娘だったが、「友達が行方不明になっているから」と帰ろうとしない。
鬼太郎は仕方がないとまなを連れて会場にもぐりこむと、そこには来場者たちを吸い込んで膨れ上がった妖怪見上げ入道の姿が。
5万弱の人間を霊界送りにして強くなった。見上げ入道を相手にした鬼太郎は霊界送りにされてしまう。
「鬼太郎なら大丈夫！あんたは早く逃げな！」
猫娘はまなを逃がすために見上げ入道に挑みかかります。
しかし、見上げ入道は猫娘を相手にはせずにまなを霊界送りにしようとし、猫娘が身代わりに。
しかし、自力で脱した鬼太郎のリモコン下駄で見上げ入道を怯ませ、霊毛ちゃんちゃんこで見上げ入道の喉を突き破り、まなの「見上げ入道見こしたり！」の言葉で倒されるのだった。
その帰り道では「猫姉さん！かっこよかった！」のまなの一言ですっかり気を許してしまう猫娘だった。
「ま、まぁね。」
「でも、まな･･･これ以上は関わらない方がいい。本当に危険なんだ。」
鬼太郎も猫娘も人間と距離を置こうとしている。でも、天童夢子と仲良くしていた過去を見ても解るように彼らは人間が好きなのだ。どこかで心を許してしまうのは必然であったと言えるだろう。