元の襲撃を退けた幕府は再度の元の襲来に備えるための石築地（元寇防塁）の築造を進め、同時に異国警固番役を強化し、引き続き九州の御家人に元軍の再襲来に備えて九州沿岸の警固に当たらせた。異国警固番役は三か月交代で春夏秋冬で分け、春は筑前・肥後国、夏は肥前・豊前国、秋は豊後・筑後国、冬は日向・大隅・薩摩国といった九州の御家人が異国警固番役を担当した。
幕府の高麗征伐計画が石築地（元寇防塁）築造が肥前・筑前から周防、石見の一部にまで延長したために頓挫すると、大樹野椎水御神の主導で傘下の妖怪達に蝦夷への援軍と琉球防衛のための派兵命令が出され、蝦夷や琉球で現地の妖怪達との共闘体制を確立し周辺勢力との連携を強めた。また、霍青娥を通じて南宋に味方している仙人、道士たちへの支援を行おうとしたが霍青娥が邪仙だったこともありこれはうまくいかなかった。
また、大宰府の防衛体制を強化すると同時に大樹大社では関東守護を任せていた平将門に亡霊武者の軍勢を用意するように命じ、次なる戦に備える様に傘下の者たちに命じたのであった。
1275年2月、クビライは日本再侵攻の準備を進めるとともに日本を服属させるため、使節団を派遣した。
使節団は長門国室津に来着するが、その対処の為に執権・北条時宗は大樹野椎水御神へお伺いを立てるが、大樹野椎水御神は時宗にただ一言だけ告げた。
切れ
時宗は使節団を鎌倉に連行すると、龍ノ口刑場において、使者の杜世忠以下5名を斬首に処した。
翌年、南宋が降伏し首都・臨安を無血開城する。なお、その残党は1279年まで抵抗を続けた。
1279年、チーから日本が樺太のアイヌに助勢していることを知ると再びクビライは日本侵攻を計画し、南宋の旧臣らを服属の使者として派遣する。日本と友好関係にあった南宋の旧臣から日本に元への服属を勧めるという形をとったが、彼らは博多において周福ら使節団一行を斬首に処された。
これに前後し、大樹野椎水御神は朝廷の朝議において姿を現し以下のように発言した。
『異族の襲来に際せば朝廷 幕府 臣民の貴賤 人妖に問はず一致団結して事に当たる様に･･･。
天津神々の起こし 日出国を異族の悪しき魔手より守り抜くことは この国に生まれし者の義務なり。 』
チーに操られていたクビライは日本侵攻中止を求める家臣たちの諫言の悉くを聞き入れず、侵攻準備を推し進めた。そして、チー自身も配下の妖怪達に長さ44丈（約137m）、幅18丈（約56m）、重量8000ｔ、マスト9本もある妖怪大軍船を建造し大陸妖怪の精鋭を出陣させる準備を進めた。
1280年、春。元軍の再来を南宋からの渡来僧・無学祖元によって齎された北条時宗は朝廷の朝議に参加して後宇多天皇、大樹野椎水御神と今後の対策について協議した。
また、無学祖元より今回の元の侵攻が前回のものを遥かに上回ることを知らされており国を挙げての大戦になることを覚悟した。
協議の翌月、北条時宗は九州の御家人のみでは荷が勝ちすぎると判断し、全国の御家人に対して大陸側沿岸警固令を幕府より発令し、日本海側の御家人を除く全国の御家人に動員命令を出した。
また、大樹野椎水御神は平将門を大将とした亡霊軍を長門国へ派遣し、諏訪大社の八坂刀売神と洩矢諏訪ノ神へミシャグジの軍勢を率いての出陣を要請した。
さらに翌々月には大樹野椎水御神は京入りし鬼の四天王ならびに九大天狗に対して再度の出兵を要請した。また、同時期に入京していたぬらりひょんを大陸妖怪征討大将軍に任じて肥前、筑前、周防、石見、出雲の防衛を命じた。この大将軍に任じられたこともあり、ぬらりひょんは以後日本妖怪の総大将を自称するようになる。
また、大樹野椎水御神は同盟関係にある琉球の妖怪達に援軍を要請した。蝦夷の妖怪達は既に大陸妖怪と交戦中の為、日本が国を挙げて大陸の侵攻を迎え撃つことを知らせるに留め、蝦夷に派遣していた雪女郎の軍勢はそのまま留めることを約束した。
元の軍勢と日本軍は肥前、筑前、周防にて相対することとなる。
1281年、5月末。対馬、壱岐を攻め落とした元の軍勢は肥前唐津・伊万里・平戸、筑前博多・小倉、長門下関に上陸した。元の軍勢は前回の兵力をはるかに上回り、５0万。その内訳は元・東路軍、旧南宋・江南軍、旧大理・雲南軍、旧金・女真軍、高麗・三翼軍、チー・妖怪軍である。
対する日本軍は17万。その内訳であるが、大樹野椎水御神・全寺社戦巫女僧兵連合軍、胤仁親王（後伏見天皇）・朝廷軍、北条時宗・幕府諸国総軍、八坂刀売神及び洩矢諏訪ノ神・ミシャグジ軍、秋比売神姉妹・神霊軍、菅原道真・大宰府軍、平将門・亡霊軍、少弐経資・鎮西西方軍、大友頼泰・鎮西東方軍、宇都宮貞綱・六波羅探題派遣軍、ぬらりひょん・妖怪軍甲軍団、たんたん坊・妖怪軍乙軍団、水虎河童・妖怪水軍、愛宕山太郎坊・四十八天狗連合軍、鬼の四天王、八百八狸・隠神刑部狸、稲荷妖狐軍・白蔵主、アカマタ・琉球妖怪派遣軍、ランスブィル・南方妖怪義勇軍と日本の総力を挙げた軍勢であった。
※『』宮内庁書陵部蔵 歴代皇紀、大樹大社蔵書 大樹記、国会図書館蔵書 大樹記写本
※朝廷軍は貴族子弟の寄せ集めの建前上の軍。
※八百八狸と稲荷妖狐軍を合同して妖怪軍丙軍団。
※琉球妖怪と南方妖怪を合同して妖怪軍丁軍団。