応仁の乱以降、多くの守護大名が京都を離れ在国するようになり、守護在京制が形骸化した。理由の一つは幕府の権威が失墜したため、京都に残って幕政に参与する意義を見出し辛くなったためである。もう一つは、幕府の権威が失墜したことでそこに由来していた守護としての統治権が揺らぎ、大名は己の実力で領国支配を維持しなければならなくなったためである。配下であった守護代や国人衆による下克上、更には加賀一向一揆や山城国一揆に代表される民衆の一揆からもその領国支配を脅かされるようになっていくのである。
応仁の乱で将軍の権威は大きく失墜し幕府の権力は衰退したが、軍事的な実権はある程度保たれていた。義政が隠居した後、ぬらりひょんは義尚を諭して六角行高を討伐するため、守護大名や奉公衆の軍勢を率いて将軍親征を行った。しかし、義尚が陣中にて若くして病没したことで討伐が失敗。10代将軍の座に就いた義視の子・足利義材もまた義尚と同様に六角征伐に失敗し、義材と対立していた細川政元は、富子や伊勢貞宗と示し合わせて義材が京を離れた隙に挙兵し、堀越公方足利政知の息子である清晃（足利義澄）を11代将軍に擁立した。孤立無援となった政長は正覚寺で自害。義材は捕縛され、上原元秀の屋敷に幽閉されたが後に逃亡。一方で、このクーデターを認めず義材の方こそが正当な将軍であるとみなした大名もいた。
ぬらりひょんもこの足利家内の分裂で手を拱いて、自身の立場を曖昧にして足利将軍家と堺・阿波の公方家を放浪した。
家臣である管領が将軍を廃したこの事件で、政元は細川京兆家による管領職の世襲化と独占状態を確立、さらに将軍の廃立権をも手中に収めたが、程なく自らの後継者を巡る家中の内紛で暗殺された。以後、政元の養子である澄元と高国が細川京兆家の家督を巡って争いを始めた。これを知った前将軍義稙は、大内義興と共に中国地方の長門から上洛、細川高国の出迎えを受けて将軍位に復した。だが、大内義興が本国情勢によって帰国すると大内の軍事力を失った高国方は一時劣勢となり、澄元と三好之長に攻められ近江坂本まで後退する。この状況を見た義稙は高国を見限り澄元方へと鞍替えした。しかし、六角定頼の支援を取り付けた高国は再び京へ進軍し之長を破った。その後、高国の追撃を受けた澄元は阿波にまで追いやられそこで病没した。高国は亡命先で没した義澄の遺児・足利義晴を12代将軍に擁立して義稙を廃した。
だが、その細川政権も三好長慶に倒され、第13代将軍足利義輝と対立しつつも三好が政権を取りつつあった。
一方で元寇討伐成就後の祭礼を最後に、民の前に療養中の大樹野椎水御神が姿を見せることは無くなり、政にも謀にも軍事にも大樹大社はほとんど介入することは無くなった。その後の大樹大社はあまり一般に開かれることが無くなり、存在感を失っていた。朝廷、皇族や摂関家とのつながりは維持していたが、朝廷の権威が形骸化しており世の中を動かせるほどの力はすでに無かった。
また、妖怪たちの多くは神々の制御を離れ、傍若無人に振舞いだした。これに対抗する形でこの時代の退魔、破魔の術が磨かれ神鳴流や博麗の巫女と言った術者が台頭するようになる。