ハイパークラスのバトルのためにシンオウ地方のナギサシティを訪れたサトシ達。そこでシンオウ地方最強ジムリーダー・デンジに見事勝利を収めた。サトシ達はバトルの後、以前訪れたことがあるデンジとオーバがよく通い詰めている行きつけの喫茶店に来ていた。そこでサトシはデンジにある相談を受けていた。
サトシ「シンオウ地方の異常気象、ですか？」
デンジ「ああ。ここ最近、シンオウ地方のナギサ沖、キッサキシティ近くの森、マサゴタウン近くの草原で謎の異常気象が発生しているんだ。」
オーバ「その原因が何なのか未だに解明されていないんだ。」
ケルディオ『ポケモンの仕業かな？』
シンジ「或いはそれを利用した何者かだな。」
デンジ「兎に角、被害が拡大する前に事態を収めたいんだが、協力してくれるだろうか？」
サトシ「分かりました、俺にできることなら。」
マーマネ「分析できることがあるなら任せて。」
ヒカリ「マサゴタウンが危ないのならほっとけないわ！」
オーバ「助かるよ。」
リーリエ「では早速調査しましょう。」
マオ「だとしたら・・・。」
ノゾミ「此処から一番近いナギサ沖だね。」
スイレン「行ってみよう！」
こうしてサトシ達はシンオウ地方の異常気象について調査することに協力した。
サトシ達はシンオウ地方で何が起きているのか調べるために一番近いナギサ沖にやって来た。
サトシ「特に変わった感じはないけど・・・。」
ハルカ「異常気象ってどれくらい起こっているんですか？」
デンジ「週に一度、今の時間帯辺りだ。」
オーバ「そのお陰でナギサスタジアムの建設も遅れたこともあるんだ。」
マーマネ「そうなんだ。」
ゴーーーーー！
ラングレー「な、なに！？」
デンジとオーバにどのくらいの頻度で異常気象が発生しているか尋ねていると突然激しい音が響いた。そして先程まで快晴だった空が雷雲に覆われた。
スイレン「空が！」
デンジ「始まったか！」
オーバ「ああ！」
セレナ「一体どうなってるの！？」
カキ「っ！・・・おい！あそこに何かいるぞ！？」
カキが指した方向に視線を移すとそこには水色の肌に青紫色の斑紋があり、下半身は白い雲状のエネルギー体で覆われていて、そこから6つの黒い球体が数珠つなぎに生えている人型に近い鬼のようなポケモンがいた。
ボルトロス「ボト！」
サトシ「あれは・・・ボルトロス！？」
ピカチュウ「ピーカチュウ！？」
デンジ「荒ぶる
ラングレー「なんでイッシュ地方の伝説のポケモンが此処に！？」
その正体はイッシュ地方の伝説のポケモンの一体、ボルトロスだった。
ボルトロス「ボトーーーレイーーー！」
マーマネ「ボルトロスの雷だ！」
ケルディオ『いきなり！？』
オーバ「皆逃げろ！」
ドゴーン！
ボルトロスは何のためらいもなくサトシ達に向けて雷を放ってきた。サトシ達は咄嗟に避けて難を逃れたが、ボルトロスはそれを気にすることなくテンガン山の方角に飛んで行った。
サトシ「危なかった。」
ピカチュウ『初めて会った時みたいに容赦なかったね。』
デンジ「皆、大丈夫か？」
ハルカ「はい。」
ヒカリ「なんとか。」
シンジ「ボルトロスは？」
ノゾミ「テンガン山に向かったみたい。」
ケルディオ『相変わらずボルトロスは見境なしなんだから。』
デンジ「だが、これで異常気象の原因が分かった。」
オーバ「ああ。異常気象はボルトロスが起こしたものだったようだ。」
ラングレー「でもどうしてシンオウ地方に？」
サトシ「兎に角今はボルトロスを追い掛けよう！」
リーリエ「そうですね！」
マオ「でも他の異常気象が起きてる場所も気になるし。」
ケルディオ『だったらここは分かれて行動した方がいいんじゃない？』
デンジ「ならキッサキシティ、マサゴタウン、ボルトロスを追い掛けるチームに分かれよう。」
それから話し合いの末、キッサキシティにはシンジ、ノゾミ、ラングレー、リーリエが、マサゴタウンにはヒカリ、ハルカ、ケルディオ、スイレン、マオが、ボルトロスの追跡はサトシ、セレナ、カキ、マーマネ、デンジ、オーバが担当することになった。
キッサキシティ
シンジ達はそれぞれ空を飛べるポケモンを用いてキッサキシティの近くに到着した。因みにリーリエはアローラガーディアンズの時のライドポケモンのチルタリスだ。
ノゾミ「ここにも異常気象が発生しているって聞いてやって来たのはいいものの・・・。」
ラングレー「手掛かり無しね。」
シンジ「唯一分かっているのは突然雪を舞い上がらせる強い風が吹いているということくらいだな。」
リーリエ「ボルトロスのようにポケモンの仕業という線がありそうですが。」
ラングレー「・・・ボルトロスのようなポケモン。」
ノゾミ「心当たりがあるの？」
ラングレー「まだ確信が出たわけじゃないんだけど・・・。」
ビューーーーーー！
ラングレー「うわぁ！？」
ノゾミ「急に風が！」
???「トーネーー！」
シンジ・ノゾミ・ラングレー・リーリエ「「「「！？」」」」
突然の強風がシンジ達を襲い、それと同時に謎の声がした。声のした方向を見ると下半身はボルトロスのように白い雲状のエネルギー体で覆われていて、そこから紫色で先端が巻いており、上面に黄色く丸い突起が4つ並んでいて、緑色の肌に紫色の斑紋がある人型に近い鬼のようなポケモンがいた。
トルネロス「トーネーー！」
ノゾミ「あれって確か！？」
リーリエ「トルネロス！荒ぶる風の神と呼ばれているポケモンです！」
ラングレー「またイッシュ地方の伝説のポケモン！？」
トルネロス「トネトネトネトネ！」
シンジ「トルネロスの暴風か！」
ドーーン！
トルネロスはボルトロスのようにシンジ達に暴風を放った後、テンガン山へと向かっていった。
ノゾミ「トルネロスもテンガン山に向かったみたいだね。」
ラングレー「もう！一体どうなってるのよ！？ボルトロスに続いてトルネロスまで！」
シンジ「だがこの流れで行くと、マサゴタウンの異常気象の原因はあのポケモンしか考えられんな。」
リーリエ「・・・！豊穣の神、ランドロス！」
ラングレー「それなら辻褄が合うわね！」
ノゾミ「兎に角私達もテンガン山に向かおう！」
シンジ達はトルネロスを追ってボルトロスが向かったテンガン山に急行した。
マサゴタウン
シンジ達がキッサキシティでトルネロスと遭遇した同じ頃、ヒカリの故郷であるマサゴタウンにやって来たヒカリ達も謎の異常気象の調査を始めていた。
ヒカリ「久しぶりだな、マサゴタウン。」
ハルカ「ヒカリ、今はそれどころじゃないかも。」
ケルディオ『そうだね、ここでの調査を早く終わらせてボルトロスを追っていったサトシ達と合流しないと。』
スイレン「うん。」
マオ「聞いた話だとここら辺では砂嵐が起こっているみたいだけど。」
ビュオオオオーーーーーーー！
ヒカリ・ハルカ・スイレン・マオ・ケルディオ「「「「『うわぁ！？』」」」」
すると突然砂嵐が発生し、ヒカリ達の視界を遮った。
ケルディオ『砂嵐だ！』
???「ラッド！」
マオ「あれ？今何か・・・。」
スイレン「っ！・・・皆、あれ！」
ヒカリ・ハルカ「「え？」」
謎の声が聞こえてスイレンが見つめる先には下半身が白い雲状のエネルギー体で覆われていて、そこから茶色で左右に枝を切断したような突起が並んでいて、橙色の肌に茜色の斑紋がある人型に近い、鬼のような筋肉質のポケモンがいた。
ランドロス「ラッド。」
ケルディオ『ランドロス！』
ヒカリ「それって、豊穣の神っていわれているポケモンよね！？」
ランドロス「・・・ラド。」
ランドロスはヒカリ達を見つめた後特に何もせずにテンガン山に向かっていった。
マオ「行っちゃった。」
スイレン「テンガン山に。」
ケルディオ『僕達も行こう！』
ヒカリ「ええ！」
ハルカ「サトシ達にも知らせないと！」
ボルトロスを追ってテンガン山に向かっていたサトシ達の下にシンジ達とヒカリ達の連絡が来ていた。
サトシ「トルネロスとランドロスも！？」
シンジ『ああ。まさかイッシュの化身ポケモンがシンオウにやって来るとは思わなかった。』
ヒカリ『兎に角早く合流しましょう！』
サトシ「分かった！」
ピッ！
サトシ「一体何が起きているんだ？」
シンオウ地方に発生している異常気象の原因はイッシュ地方の伝説のポケモンの化身ポケモン、トルネロス、ボルトロス、ランドロスだった。果たして彼らの目的とは？
???「ラーーーブ。」