ガメラが邪神イリスとの京都駅での大激闘を勝利した後、ガメラに対して憎しみを抱く少女、比良坂綾奈をバニシングフィストで貫通させたイリスの体内から助け出し、その真実を知った綾奈はガメラに対して謝罪をしたのだった。そんな中、地球に100体以上のギャオスハイパーが大量のマナを消費したガメラの元にやって来たのだった。そして、イリスとの戦いで片腕をなくしたガメラは燃え盛る京都の街に舞い降りようとしていたギャオスハイパーの集団に咆哮を上げながら最後の戦いに挑もうとしていたのだった。
ガメラ「キュルルルグワーッ！」
綾奈「ガメラ…。」
浅黄「ガメラは1人になっても戦うつもりだわ…。」
そんな事を1人呟いた浅黄に対して鳥類学者である長嶺真弓はこう告げたのだった。
真弓「いいえ。ガメラは1人じゃないわ。」
そんな真弓の言葉通り、今までガメラを攻撃対象にしていた自衛隊にも動きがあったのだった。
自衛官「攻撃目標をガメラからギャオスに変更！陸海空全勢力を注いでガメラを援護しろ！」
自衛隊員「了解！」
自衛官の指示によりガメラ援護のために全国から陸海空全ての戦力が京都に向かって集結し始めたのだった。そして、それに呼応するかのようにガメラもまた京都の空に向かって咆哮を上げながらゆっくりと歩みを進めるのだった。例え片腕を失おうとも最後まで地球の守護神としての使命を全うするために。
ガメラ「キュルルルグワーッ！」
そして、ガメラは舞い降りてきた1体のギャオスハイパーにプラズマ火球を放つのだった。
ギャオスハイパー「ギャオー！」
そしてたった一撃でギャオスハイパーを撃墜したが次のギャオスハイパーはガメラの背後から攻撃を仕掛けようとした矢先、自衛隊が戦闘機のミサイルを放った。
自衛隊「目標、ギャオス！ミサイル発射！」
そしてガメラの真横を通り過ぎて背後にいたギャオスハイパーにミサイルが当たると振り返ったガメラが甲羅のジェット気流で吹き飛ばすと咆哮と共に爪を突き刺すのだった。
ガメラ「キュルルルグワーッ！」
ギャオスハイパー「ギャオー！」
そして、二体目のギャオスハイパーを倒した次の瞬間、目の前にいた３体のギャオスハイパーが急に宙を旋回し始めるとその光景を見ていたガメラと自衛隊も驚いたのだった。
ガメラ「…？」
自衛隊「なんだ、何が起きてるんだ？」
自衛隊B「隊長！」
自衛隊「どうした？」
自衛隊B「上空から謎の熱源が発生！我々の目の前に現れようとしています！」
自衛隊「なんだと！総員、ガメラと共に周囲の異変に気を付けろ！」
自衛隊C「了解！」
自衛隊B「了解！」
自衛隊D「了解！」
そして、自衛隊の戦闘機とガメラの目の前に高速で急接近した物体、それは今までに見たことがない新種のギャオスだった。
自衛隊「なんだ、あれは！」
自衛隊B「識別反応はギャオスです！」
自衛隊C「白と赤のギャオス。」
自衛隊D「そんな…もう終わりだ…。」
自衛隊「全員狼狽えるな！新手のギャオスであろうともギャオスはギャオスだ！総員、ガメラと共に新手のギャオスを撃破しろ！」
自衛隊B「了解！」
自衛隊C「了解！」
自衛隊D「了解！」
ガメラ「キュルルグワーッ！」
アルビノギャオス「ギャオー！！」
京都の上空で自衛隊とガメラ、アルビノギャオスが睨み合っていた頃、地上ではガメラによって砕かれて肉片となったはずのイリスの身体にもまた異変が起きていたことをこの時はまだ誰も知らなかったのだった。